Protein–RNA interactions for Protein: P09027

Hoxd3, Homeobox protein Hox-D3, mousemouse

Predictions only

Length 433 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd3P09027 Gsx1-201ENSMUST00000065382 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Stbd1-201ENSMUST00000050952 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Gorasp2-201ENSMUST00000028509 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 0610010K14Rik-208ENSMUST00000108578 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Gm13790-201ENSMUST00000156209 473 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Rps7-203ENSMUST00000221871 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Krtap5-4-201ENSMUST00000061403 1046 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Pla2g12a-201ENSMUST00000029629 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Tab2-204ENSMUST00000146444 4380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Thoc6-201ENSMUST00000047436 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Gm5577-201ENSMUST00000134600 1434 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Purb-201ENSMUST00000179343 8319 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Flvcr1-202ENSMUST00000191946 1216 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Zfp36l1-202ENSMUST00000165114 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Tusc3-203ENSMUST00000209440 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Stmn4-201ENSMUST00000074523 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Fance-202ENSMUST00000114801 1751 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Cdx1-201ENSMUST00000025521 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Pde7a-202ENSMUST00000099195 6298 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Fah-201ENSMUST00000032865 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Srsf1-202ENSMUST00000107920 1209 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Rps2-208ENSMUST00000170715 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Fdx1-201ENSMUST00000034552 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Rtn4rl2-201ENSMUST00000054514 1263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 1700012B09Rik-201ENSMUST00000060330 688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Smad4-201ENSMUST00000025393 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Lrp3-202ENSMUST00000122409 4147 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Sult4a1-201ENSMUST00000082365 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Adamts18-201ENSMUST00000093113 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Tysnd1-201ENSMUST00000020284 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Gabpb1-203ENSMUST00000103226 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Trim3-203ENSMUST00000106791 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Ank1-202ENSMUST00000084038 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Lsm12-201ENSMUST00000021297 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Bend3-202ENSMUST00000167488 6337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Bspry-201ENSMUST00000030088 1757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Gm20621-202ENSMUST00000176618 1234 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Selenos-205ENSMUST00000206575 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 4930519A11Rik-202ENSMUST00000221053 667 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Hyi-201ENSMUST00000006562 910 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Tbxa2r-202ENSMUST00000220312 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Gm12504-201ENSMUST00000120860 2231 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Phf12-202ENSMUST00000108360 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Slc16a10-201ENSMUST00000092566 5397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
Hoxd3P09027 Bpifb4-202ENSMUST00000109757 2420 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Wnt11-205ENSMUST00000167303 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Nkpd1-203ENSMUST00000214205 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Smc6-201ENSMUST00000020931 5603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Ache-209ENSMUST00000196208 1911 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Best2-202ENSMUST00000209322 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Arhgap27-202ENSMUST00000092557 1504 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Plk5-202ENSMUST00000105351 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Paip2-204ENSMUST00000115736 857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Paip2-205ENSMUST00000115737 713 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Gm26833-201ENSMUST00000180899 440 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Gm44731-201ENSMUST00000203086 542 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Gpx7-201ENSMUST00000030332 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Tomm40-202ENSMUST00000093552 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Gnb2-201ENSMUST00000031726 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Ewsr1-205ENSMUST00000102930 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Bin1-201ENSMUST00000025239 2451 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Cog1-202ENSMUST00000063776 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Has1-201ENSMUST00000003762 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Prdm13-201ENSMUST00000076206 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Prkar1b-201ENSMUST00000026973 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Ppp1r14c-201ENSMUST00000043374 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Kansl1-204ENSMUST00000106972 5427 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Rbfox3-206ENSMUST00000120061 2150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Sumo2-205ENSMUST00000121185 911 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Rpusd3-204ENSMUST00000129047 1045 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Gm20163-202ENSMUST00000212288 989 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Arl6ip4-201ENSMUST00000031351 1192 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Rpusd3-201ENSMUST00000060634 1224 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Mgll-202ENSMUST00000113581 1308 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Tekt5-201ENSMUST00000043415 1803 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Serbp1-207ENSMUST00000203436 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Kcnk1-201ENSMUST00000046765 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Atg3-201ENSMUST00000023343 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Nr5a1-202ENSMUST00000112883 2994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Hoxd3P09027 Barhl1-203ENSMUST00000113849 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.6 ms