Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Polr2i-203ENSMUST00000108193 488 ntTSL 3 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm15615-201ENSMUST00000118876 198 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm14395-201ENSMUST00000120494 563 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm13937-201ENSMUST00000121000 988 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm13166-201ENSMUST00000123828 940 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Platr20-202ENSMUST00000143209 937 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm13236-201ENSMUST00000153010 940 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Mrgpra2a-201ENSMUST00000159004 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Elof1-202ENSMUST00000166335 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm25951-201ENSMUST00000175330 64 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Scgb2b27-203ENSMUST00000185399 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm29543-201ENSMUST00000188138 967 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm28760-202ENSMUST00000190376 481 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 4930405N21Rik-201ENSMUST00000199950 1200 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 1700012D14Rik-204ENSMUST00000210788 547 ntTSL 3 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm46336-201ENSMUST00000221894 279 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm36423-202ENSMUST00000222215 1298 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Psmb7-201ENSMUST00000028083 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Decr1-201ENSMUST00000029877 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm10093-201ENSMUST00000079363 1977 ntAPPRIS P1 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Robo4-203ENSMUST00000115048 3392 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Orc4-201ENSMUST00000028098 4066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm16429-202ENSMUST00000201400 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm7971-201ENSMUST00000086950 1848 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Pcdh15-233ENSMUST00000191709 5346 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 H2-Eb2-201ENSMUST00000050325 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm5403-201ENSMUST00000117105 2795 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 App-206ENSMUST00000227723 8167 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Dusp16-202ENSMUST00000129433 3993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Msh3-202ENSMUST00000185852 3946 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Lmo3-207ENSMUST00000163065 2425 ntTSL 3 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Disp1-201ENSMUST00000003035 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Cfap53-201ENSMUST00000114895 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Il1f5-206ENSMUST00000168941 1722 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Dmrtc1b-203ENSMUST00000118842 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zfp956-201ENSMUST00000101445 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm10857-201ENSMUST00000195343 2794 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Trp63-207ENSMUST00000115308 2380 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zbtb8b-201ENSMUST00000053042 3288 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Sorbs1-201ENSMUST00000099466 2223 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Pde9a-206ENSMUST00000134525 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Dnajc10-201ENSMUST00000028392 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zfp827-203ENSMUST00000119254 4549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 AC156802.2-203ENSMUST00000226032 1906 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Htr3b-201ENSMUST00000008734 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ighv5-9-201ENSMUST00000103448 418 ntAPPRIS P1 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 S100a4-201ENSMUST00000001046 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Vbp1-202ENSMUST00000114070 632 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Rbm3-205ENSMUST00000115619 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ywhaq-ps2-201ENSMUST00000117738 643 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm16166-201ENSMUST00000118291 787 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm12986-201ENSMUST00000119037 967 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gad1-207ENSMUST00000148210 1021 ntTSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm26134-201ENSMUST00000178484 110 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 1600010M07Rik-202ENSMUST00000188662 654 ntTSL 2 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm19087-201ENSMUST00000191430 946 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm30946-201ENSMUST00000198288 724 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm44158-201ENSMUST00000203881 505 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm9139-201ENSMUST00000218817 700 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 CT030170.2-201ENSMUST00000223267 126 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Krtap4-2-201ENSMUST00000058987 974 ntAPPRIS P1 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zmat1-201ENSMUST00000064659 3501 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Cdc23-203ENSMUST00000133181 4133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 AC121574.1-201ENSMUST00000228770 3132 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zfp174-201ENSMUST00000041778 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Adcy6-205ENSMUST00000228566 3707 ntAPPRIS ALT1 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Slc45a3-202ENSMUST00000177943 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Cckar-202ENSMUST00000200691 3230 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ndrg4-202ENSMUST00000073139 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Olfr464-205ENSMUST00000217112 2232 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Otx2-202ENSMUST00000119070 1708 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Pear1-201ENSMUST00000029714 4260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Myo18a-207ENSMUST00000102488 7409 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Pmp22-201ENSMUST00000018361 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm44926-201ENSMUST00000207898 1826 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ogdh-204ENSMUST00000101554 4106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Slc36a2-201ENSMUST00000039305 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Cenpo-202ENSMUST00000111169 1550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Zfp780b-201ENSMUST00000081618 3004 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Ank1-204ENSMUST00000117270 5652 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gramd1b-202ENSMUST00000118159 2781 ntTSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm21358-201ENSMUST00000191645 1659 ntBASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Nfyc-204ENSMUST00000120779 2006 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Commd1-204ENSMUST00000159081 4508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Prdx6-202ENSMUST00000071718 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Smco1-201ENSMUST00000093183 1408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 P4ha1-201ENSMUST00000009789 4043 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Odf2-205ENSMUST00000113757 3082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Efcab12-201ENSMUST00000032468 2551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Dglucy-201ENSMUST00000069782 3295 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Nod1-202ENSMUST00000168172 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Calr4-201ENSMUST00000030285 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Clic3-201ENSMUST00000102918 791 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Nudt6-203ENSMUST00000108117 879 ntTSL 5 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Adig-202ENSMUST00000109484 488 ntTSL 2 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm12419-201ENSMUST00000116649 636 ntBASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Hint1-202ENSMUST00000117710 580 ntTSL 2 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm28037-201ENSMUST00000122365 611 ntTSL 3 BASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm9116-201ENSMUST00000192400 1018 ntBASIC11.11□□□□□ -0.63
Usp4P35123 Gm5100-201ENSMUST00000195631 589 ntBASIC11.11□□□□□ -0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 37.4 ms