Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULL6

Upf3b, UPF3 regulator of nonsense transcripts homolog B (yeast), mousemouse

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3bQ3ULL6 Fam49b-202ENSMUST00000164532 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Ankrd33b-203ENSMUST00000110410 2070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Olig1-201ENSMUST00000056882 2162 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Col23a1-201ENSMUST00000102765 5658 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Cep78-201ENSMUST00000047704 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Gm20522-201ENSMUST00000173576 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Tusc2-203ENSMUST00000193418 410 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Dtnb-210ENSMUST00000173199 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Nr0b1-201ENSMUST00000026036 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Trak1-208ENSMUST00000210636 2197 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Tmem164-206ENSMUST00000112896 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Trp73os-201ENSMUST00000143429 2192 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Neo1-202ENSMUST00000214547 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 D830036C21Rik-202ENSMUST00000208263 1548 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Mir6236-201ENSMUST00000184437 123 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Sh3bp1-204ENSMUST00000109698 1923 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Ercc6l2-208ENSMUST00000144763 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Rell2-212ENSMUST00000177058 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Ccnd3-201ENSMUST00000037333 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Hyi-205ENSMUST00000194248 936 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Rbm38-201ENSMUST00000029014 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Tusc3-203ENSMUST00000209440 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 Rabgap1l-216ENSMUST00000195442 1877 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
Upf3bQ3ULL6 AC152827.1-201ENSMUST00000221143 2189 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Gm20548-204ENSMUST00000174528 791 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Mapkapk3-208ENSMUST00000192054 944 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 N4bp2os-203ENSMUST00000202673 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Pdcd7-201ENSMUST00000048184 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Naa20-202ENSMUST00000110000 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Slc12a8-204ENSMUST00000121925 2656 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Npr3-205ENSMUST00000228603 2437 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Krt79-201ENSMUST00000023799 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Maf-202ENSMUST00000109104 6360 ntAPPRIS P2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Rgs19-201ENSMUST00000002532 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Fbxw2-203ENSMUST00000113075 2260 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Shisa5-202ENSMUST00000112059 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Kalrn-208ENSMUST00000114961 6128 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Ppp2r5a-201ENSMUST00000067976 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Jagn1-201ENSMUST00000101070 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Gm37035-201ENSMUST00000194809 2148 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Gpr137-204ENSMUST00000099782 1742 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Mfsd4a-202ENSMUST00000112365 1536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Bag5-202ENSMUST00000160576 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Pnkd-204ENSMUST00000113805 740 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 4933406I18Rik-202ENSMUST00000163996 904 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Tor3a-208ENSMUST00000190607 453 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Rhbdd3-201ENSMUST00000036320 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Six5-201ENSMUST00000049454 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Olfm1-204ENSMUST00000113920 2513 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Ezh2-201ENSMUST00000081721 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Gm9828-202ENSMUST00000126622 1446 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Upf3bQ3ULL6 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Gm6569-201ENSMUST00000154520 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Proca1-201ENSMUST00000060539 960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 1110004F10Rik-201ENSMUST00000032899 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Tfap2e-201ENSMUST00000048194 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Gyg-201ENSMUST00000118015 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Notumos-201ENSMUST00000151998 2659 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Upf3bQ3ULL6 Cox5b-204ENSMUST00000193210 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 120.6 ms