Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Ffar4-201ENSMUST00000067098 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Mex3b-201ENSMUST00000082237 3355 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Prss16-201ENSMUST00000006341 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Wbp1-208ENSMUST00000151393 837 ntTSL 3 BASIC20.66■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Eva1b-203ENSMUST00000106152 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Arpc5-202ENSMUST00000097536 1737 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Mafg-201ENSMUST00000058162 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Maneal-201ENSMUST00000064444 2727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Usp21-201ENSMUST00000065941 2219 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 D130058E05Rik-201ENSMUST00000173856 1372 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Fam105a-203ENSMUST00000226170 3043 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Otud5-203ENSMUST00000115666 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Cachd1-201ENSMUST00000030257 5765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Rasl11b-201ENSMUST00000051937 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Plekhm2-202ENSMUST00000084203 4136 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC20.64■□□□□ 0.9
Rnf40Q3U319 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Wnk2-210ENSMUST00000162403 6147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.64■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Csnk1e-203ENSMUST00000122044 3174 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC20.64■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tmem230-206ENSMUST00000180286 1531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tada2b-201ENSMUST00000031097 3791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Mfsd6-205ENSMUST00000156876 4932 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 P2ry2-204ENSMUST00000207916 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gm10300-201ENSMUST00000094662 2296 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Rem2-202ENSMUST00000164766 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Cobll1-202ENSMUST00000102726 5031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Cobll1-203ENSMUST00000112429 5045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Pafah1b1-201ENSMUST00000021091 5803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Atrn-201ENSMUST00000028781 8745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tsen54-202ENSMUST00000106481 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Fiz1-204ENSMUST00000207030 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Glra1-203ENSMUST00000108853 1797 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Kdm1a-202ENSMUST00000105847 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 5031439G07Rik-201ENSMUST00000047144 6845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Spock1-204ENSMUST00000186271 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Chtop-202ENSMUST00000049937 2012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gm43231-201ENSMUST00000202960 2258 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gls-202ENSMUST00000114510 5596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Rarb-207ENSMUST00000225921 2756 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Irx5-201ENSMUST00000034184 2450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Sh2d4b-202ENSMUST00000096000 1597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Abhd13-202ENSMUST00000139793 5191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Adcy3-202ENSMUST00000124505 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gabbr1-201ENSMUST00000025338 5248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Ntn5-202ENSMUST00000182750 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Pex7-203ENSMUST00000166511 1047 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Wnk2-204ENSMUST00000110096 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Fra10ac1-201ENSMUST00000067167 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Slc30a4-202ENSMUST00000099457 3170 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Cep170b-202ENSMUST00000101018 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Fgfrl1-202ENSMUST00000112560 2318 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Pigv-202ENSMUST00000067902 990 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tesmin-201ENSMUST00000025840 2234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Dynll1-201ENSMUST00000009157 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tmem55b-205ENSMUST00000160835 2755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Rin3-202ENSMUST00000101114 2394 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Cacnb1-205ENSMUST00000107562 1745 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Mprip-201ENSMUST00000066330 7765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Slc35b2-201ENSMUST00000041353 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Rnf40Q3U319 Celf6-202ENSMUST00000118164 1583 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Rnf40Q3U319 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Rnf40Q3U319 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Rnf40Q3U319 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
Rnf40Q3U319 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Rnf40Q3U319 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Rnf40Q3U319 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 100.3 ms