Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Lig3-204ENSMUST00000131537 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Lig3-209ENSMUST00000173009 1785 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Ankra2-202ENSMUST00000091356 1949 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Fdx1l-201ENSMUST00000010348 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Rgs19-207ENSMUST00000108779 642 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Ntn5-201ENSMUST00000107742 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Shisa6-201ENSMUST00000066679 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Gm13168-201ENSMUST00000121771 632 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Gm45894-202ENSMUST00000212728 1097 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Fxyd1-215ENSMUST00000206474 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Asphd1-203ENSMUST00000106340 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Col18a1P39061 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Vdac2-201ENSMUST00000022293 1954 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Cldn5-201ENSMUST00000043577 1414 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Sept4-206ENSMUST00000122067 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Olfr1411-201ENSMUST00000073748 972 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Atp23-202ENSMUST00000168520 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Nsfl1c-202ENSMUST00000089140 1486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Zfp560-202ENSMUST00000143992 608 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 E130307A14Rik-208ENSMUST00000145971 830 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Hoxa2-201ENSMUST00000014848 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Gm2990-201ENSMUST00000180662 1118 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 1700018M17Rik-201ENSMUST00000052502 456 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Stac3-201ENSMUST00000035839 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Prmt1-202ENSMUST00000107843 1508 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 D030056L22Rik-201ENSMUST00000055792 1631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Gm7977-201ENSMUST00000193787 748 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Tmem260-210ENSMUST00000227440 2222 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Tmem239-201ENSMUST00000055421 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 March11-201ENSMUST00000126304 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Gsto2-201ENSMUST00000056159 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Slc22a17-208ENSMUST00000228119 2348 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col18a1P39061 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
Col18a1P39061 Sebox-202ENSMUST00000125670 1300 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col18a1P39061 Moap1-201ENSMUST00000173760 1312 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
Col18a1P39061 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
Col18a1P39061 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col18a1P39061 Aifm2-201ENSMUST00000067857 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
Col18a1P39061 Exosc4-201ENSMUST00000059045 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Coro1a-209ENSMUST00000173108 1170 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Rab28-203ENSMUST00000201422 1697 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
Col18a1P39061 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col18a1P39061 Hdac1-201ENSMUST00000102597 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Col18a1P39061 Sncb-201ENSMUST00000036825 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col18a1P39061 Rexo5-201ENSMUST00000033218 1966 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col18a1P39061 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC27.54■■■□□ 2
Col18a1P39061 Tbxa2r-201ENSMUST00000105325 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col18a1P39061 Bicdl2-201ENSMUST00000062967 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col18a1P39061 Dedd2-201ENSMUST00000058702 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col18a1P39061 Cavin3-201ENSMUST00000047040 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Col18a1P39061 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Tnnt2-201ENSMUST00000027671 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 P3h4-201ENSMUST00000066489 2178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Ube2a-208ENSMUST00000202812 719 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC27.53■■■□□ 2
Col18a1P39061 Kcnq5-205ENSMUST00000173058 2472 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
Col18a1P39061 Memo1-201ENSMUST00000078459 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.9 ms