Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Fgf8-202ENSMUST00000026241 1168 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Ndufaf1-202ENSMUST00000110801 1478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Dcxr-202ENSMUST00000106148 830 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Trmt13-210ENSMUST00000198454 880 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Espn-205ENSMUST00000084114 1645 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 1600012H06Rik-203ENSMUST00000174004 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Ndufaf1-201ENSMUST00000028768 1451 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Gm27045-201ENSMUST00000182145 1402 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Gm13647-201ENSMUST00000154654 622 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 AC137127.1-201ENSMUST00000213466 1078 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 AA465934-203ENSMUST00000177150 383 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Stum-202ENSMUST00000179826 601 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Gm19426-201ENSMUST00000181711 726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Hgfac-206ENSMUST00000202573 434 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Vkorc1-203ENSMUST00000206053 606 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Ovol2-201ENSMUST00000037423 1539 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Svbp-203ENSMUST00000106345 684 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Ccdc9-202ENSMUST00000118976 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Fnta-201ENSMUST00000016138 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Prmt1-210ENSMUST00000208829 621 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Cant1-205ENSMUST00000106289 1600 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Rassf7-201ENSMUST00000046890 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Scn4aQ9ER60 Zfp637-201ENSMUST00000112858 650 ntTSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Zfp637-203ENSMUST00000112860 1231 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Rab6b-202ENSMUST00000189134 716 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Ube2b-202ENSMUST00000109086 585 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Dnajb3-201ENSMUST00000119972 1051 ntAPPRIS P1 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 2900042K21Rik-201ENSMUST00000194444 653 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 1700017B05Rik-204ENSMUST00000215298 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Dnajb11-205ENSMUST00000178320 1628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Henmt1-202ENSMUST00000098680 1466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Cklf-203ENSMUST00000211809 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Plin1-206ENSMUST00000205915 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Tial1-209ENSMUST00000141126 1344 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 1700016H13Rik-203ENSMUST00000120108 797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Cxxc4-201ENSMUST00000166288 1290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Mthfsl-201ENSMUST00000113110 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Mthfs-203ENSMUST00000118870 705 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Mthfs-201ENSMUST00000085256 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Ccnh-201ENSMUST00000022030 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 2610528J11Rik-202ENSMUST00000106367 736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 1700067K01Rik-203ENSMUST00000172548 986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Igfbp6-201ENSMUST00000023807 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Cck-201ENSMUST00000035120 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 1700067K01Rik-201ENSMUST00000060357 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 A930001C03Rik-204ENSMUST00000154407 1402 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Scn4aQ9ER60 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Bdh1-201ENSMUST00000089759 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Nfkbid-203ENSMUST00000108176 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Evi5l-209ENSMUST00000177053 1542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Speg-204ENSMUST00000113589 833 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Gm53-201ENSMUST00000129907 1172 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Wbp1-202ENSMUST00000113936 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Rpl18-202ENSMUST00000209287 1027 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 4833428L15Rik-202ENSMUST00000215652 641 ntTSL 3 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Tmem126a-201ENSMUST00000032844 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Tomm40-201ENSMUST00000032555 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Anapc16-201ENSMUST00000020307 1379 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Nxph4-201ENSMUST00000095266 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Scn4aQ9ER60 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 57.3 ms