Protein–RNA interactions for Protein: Q04857

Col6a1, Collagen alpha-1(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,025 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a1Q04857 Gprc5b-204ENSMUST00000208394 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Pkp2-203ENSMUST00000162150 1959 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Slc16a11-205ENSMUST00000126388 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Hoxd4-202ENSMUST00000111980 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Hotairm1-201ENSMUST00000129546 409 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Stx6-209ENSMUST00000195302 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Ferd3l-201ENSMUST00000061035 886 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Hist1h2ap-201ENSMUST00000081342 482 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Rhno1-203ENSMUST00000112152 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Etv4-212ENSMUST00000164750 2336 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Anapc1-202ENSMUST00000110332 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Hyal2-203ENSMUST00000193747 1532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 BC037034-201ENSMUST00000048421 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Stx18-202ENSMUST00000042146 1473 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Dpysl3-201ENSMUST00000025379 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Dtnbp1-208ENSMUST00000222805 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Sap18b-201ENSMUST00000074053 789 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Col6a1Q04857 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Tcte2-210ENSMUST00000148430 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Prpsap2-201ENSMUST00000004955 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Map2k2-202ENSMUST00000105331 1556 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Gtpbp6-201ENSMUST00000077220 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Zcchc14-201ENSMUST00000046386 7444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Smad6-203ENSMUST00000179458 273 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 AC114678.1-201ENSMUST00000219640 622 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Theg-202ENSMUST00000077433 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Cirbp-202ENSMUST00000105365 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Parl-201ENSMUST00000048642 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 AC166356.1-201ENSMUST00000228236 1426 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Mpzl1-202ENSMUST00000111435 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Zfp467-201ENSMUST00000101443 599 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Nr2c2ap-201ENSMUST00000095273 1161 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 A930012O16Rik-202ENSMUST00000156418 1541 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Nabp2-201ENSMUST00000026439 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Chkb-201ENSMUST00000023289 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Aebp2-203ENSMUST00000095350 2575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Prcd-205ENSMUST00000178875 1227 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 AC153962.1-201ENSMUST00000218530 1948 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Atf5-201ENSMUST00000047356 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Gm32051-202ENSMUST00000197905 2385 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 P2rx2-202ENSMUST00000112478 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Ndufb2-202ENSMUST00000119379 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Gadd45b-201ENSMUST00000015456 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Eloc-203ENSMUST00000185771 742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Gm30085-201ENSMUST00000209694 594 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Rasl10a-201ENSMUST00000037218 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Tmem234-201ENSMUST00000102591 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 1700030C10Rik-201ENSMUST00000110971 1471 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Gdf15-202ENSMUST00000110103 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Man1a-201ENSMUST00000003843 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 AC167978.1-201ENSMUST00000182488 456 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Hspb1-201ENSMUST00000005077 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Mfap2-201ENSMUST00000071977 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Col6a1Q04857 Sec22c-202ENSMUST00000111560 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gga1-201ENSMUST00000041587 3034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm26617-201ENSMUST00000180381 4429 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Fam241b-209ENSMUST00000142821 1283 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm43530-201ENSMUST00000195920 274 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Wdr41-208ENSMUST00000222995 1112 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm11492-201ENSMUST00000060360 1972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Olfr94-201ENSMUST00000055324 1304 ntAPPRIS P2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Dcun1d5-202ENSMUST00000215683 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Pianp-204ENSMUST00000160704 1116 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Plac9b-203ENSMUST00000184142 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Ctf1-204ENSMUST00000206506 784 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Pycr2-201ENSMUST00000027802 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Atpaf1-203ENSMUST00000176047 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Tshz1-201ENSMUST00000060303 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Crnde-206ENSMUST00000179421 773 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Gm2464-202ENSMUST00000194841 877 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Col6a1Q04857 Cck-203ENSMUST00000215228 783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.1 ms