Protein–RNA interactions for Protein: Q8CFK2

Brf1, Transcription factor IIIB 90 kDa subunit, mousemouse

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Length 676 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Brf1Q8CFK2 Prr3-206ENSMUST00000173585 770 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm5294-201ENSMUST00000179205 651 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm37800-202ENSMUST00000193667 553 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Cabcoco1-201ENSMUST00000020103 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm2875-201ENSMUST00000211333 360 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm40639-201ENSMUST00000214642 625 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 AC114645.1-201ENSMUST00000215831 187 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 AC156501.1-201ENSMUST00000228219 270 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 AC135114.1-201ENSMUST00000228682 270 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 AC154589.2-201ENSMUST00000228847 251 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Olfr354-201ENSMUST00000068475 1084 ntAPPRIS P1 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Lepr-203ENSMUST00000106921 5542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Kirrel2-201ENSMUST00000045817 3352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Phc1-204ENSMUST00000159252 3744 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Vars2-201ENSMUST00000043674 4425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Spata7-203ENSMUST00000101146 1913 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Zfp518b-203ENSMUST00000179555 6816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Ska3-201ENSMUST00000022536 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Entpd8-201ENSMUST00000044078 2299 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm10803-201ENSMUST00000099692 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Zswim9-203ENSMUST00000119558 3111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Nlrp6-203ENSMUST00000183845 4436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Nudt7-203ENSMUST00000109109 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Pcdhga3-201ENSMUST00000073447 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Auts2-209ENSMUST00000161804 5392 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 4933413J09Rik-202ENSMUST00000059648 3387 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Brd4-202ENSMUST00000114475 2731 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Zfp862-ps-201ENSMUST00000203457 3282 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Wdr36-201ENSMUST00000053663 3281 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 1500012K07Rik-201ENSMUST00000181846 2345 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Pigq-219ENSMUST00000208071 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Bcat2-208ENSMUST00000211173 1684 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm9035-201ENSMUST00000218318 1697 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Hgs-203ENSMUST00000106205 2898 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Rapgef3-205ENSMUST00000129223 3750 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Cacna1c-205ENSMUST00000112825 7577 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Tas1r2-202ENSMUST00000166773 2524 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Cd55-201ENSMUST00000027650 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Lrrc74b-203ENSMUST00000100123 2231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm16582-201ENSMUST00000159627 1930 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Fam206a-201ENSMUST00000045368 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm31816-202ENSMUST00000209591 1332 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Bbs2-201ENSMUST00000034206 3064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Mab21l1-201ENSMUST00000075422 2492 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Ikbkg-204ENSMUST00000114128 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Ktn1-220ENSMUST00000190252 4436 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Ifna15-201ENSMUST00000102809 573 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Hist1h3d-201ENSMUST00000105105 1249 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Mrps17-204ENSMUST00000119604 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm14460-201ENSMUST00000121511 639 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm15726-201ENSMUST00000144738 509 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 4631405J19Rik-204ENSMUST00000145926 936 ntTSL 3 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm42657-201ENSMUST00000201746 211 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gadd45a-206ENSMUST00000204282 460 ntTSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm18561-201ENSMUST00000206027 804 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 6430531B16Rik-204ENSMUST00000209335 898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm36176-201ENSMUST00000218749 501 ntAPPRIS P1 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 AC124433.1-201ENSMUST00000224483 1063 ntBASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Mitd1-201ENSMUST00000027257 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Krtap5-1-201ENSMUST00000084413 588 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Mok-203ENSMUST00000084974 1132 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Cklf-202ENSMUST00000098464 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Trpv6-201ENSMUST00000031902 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Tenm3-206ENSMUST00000190840 8663 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Cep97-203ENSMUST00000118500 3389 ntTSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Acoxl-201ENSMUST00000028859 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Thg1l-201ENSMUST00000011398 2250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Igsf3-202ENSMUST00000195164 3876 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Reps1-210ENSMUST00000164556 2537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Lrrc8a-201ENSMUST00000095078 4301 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Rasgef1a-202ENSMUST00000203482 2227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Rxfp2-206ENSMUST00000201612 2470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Pdcd10-205ENSMUST00000161137 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Slc38a4-202ENSMUST00000166223 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Lamc2-203ENSMUST00000185356 4916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Ippk-201ENSMUST00000021817 2856 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Pabpc1l-201ENSMUST00000067715 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Cldn12-201ENSMUST00000060947 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Esr2-205ENSMUST00000218621 3342 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 AC169511.2-201ENSMUST00000226674 2063 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Slc4a8-204ENSMUST00000162049 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Zmat1-201ENSMUST00000064659 3501 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Usp24-201ENSMUST00000094933 10575 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Ccnk-202ENSMUST00000221167 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Sec24d-201ENSMUST00000047923 3903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Slc35b3-202ENSMUST00000167513 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Cyp2a22-201ENSMUST00000170227 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Pdcd11-201ENSMUST00000072141 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Rad18-204ENSMUST00000113182 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Il2rb-201ENSMUST00000089398 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Zscan10-201ENSMUST00000095595 2698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Xlr4c-204ENSMUST00000114531 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm14592-201ENSMUST00000117201 560 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm14398-201ENSMUST00000117287 1073 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm8876-201ENSMUST00000120768 1122 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Dusp13-204ENSMUST00000120984 976 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 2810408I11Rik-201ENSMUST00000122813 435 ntTSL 2 BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm15856-201ENSMUST00000124853 1162 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Gm11269-201ENSMUST00000157011 595 ntTSL 1 (best) BASIC13.46□□□□□ -0.25
Brf1Q8CFK2 Rps19-ps10-201ENSMUST00000159750 435 ntBASIC13.46□□□□□ -0.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.8 ms