Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Slc7a4-207ENSMUST00000172164 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Faim2-201ENSMUST00000023750 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Mccc1os-202ENSMUST00000137198 2686 ntTSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 AC131029.1-201ENSMUST00000226391 2929 ntBASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 E130308A19Rik-202ENSMUST00000070150 10856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Etfrf1-203ENSMUST00000111721 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Slc45a1-202ENSMUST00000117997 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Pask-201ENSMUST00000027493 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Cpsf7-201ENSMUST00000038379 3604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Dmac2-201ENSMUST00000077338 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Samd4-206ENSMUST00000137543 6874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Slf2-201ENSMUST00000096053 6880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Fndc7-207ENSMUST00000180063 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 2210010C04Rik-201ENSMUST00000031931 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 H2afv-202ENSMUST00000109737 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Brat1-201ENSMUST00000041588 3333 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Srcap-201ENSMUST00000066582 4545 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Dysf-215ENSMUST00000204591 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Rasal2-204ENSMUST00000132699 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Fxyd5-212ENSMUST00000162733 2998 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Wt1os-203ENSMUST00000172701 2960 ntTSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm9072-201ENSMUST00000218390 1514 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Stox2-206ENSMUST00000210030 2734 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Col4a6-201ENSMUST00000101205 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm42971-201ENSMUST00000199228 2079 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm26714-201ENSMUST00000181338 1655 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Hnrnpa2b1-202ENSMUST00000090002 1662 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Rpl15-203ENSMUST00000100799 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Limd2-203ENSMUST00000106875 936 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm12690-201ENSMUST00000132108 354 ntTSL 3 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Tctex1d1-205ENSMUST00000140654 891 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm24749-201ENSMUST00000157838 343 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm454-201ENSMUST00000160126 751 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm4310-201ENSMUST00000177847 889 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Zfp229-206ENSMUST00000183192 653 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm2260-201ENSMUST00000184965 657 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm38117-201ENSMUST00000194653 939 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 9230114K14Rik-203ENSMUST00000199547 437 ntTSL 3 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm6450-201ENSMUST00000200896 574 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 4930578M07Rik-202ENSMUST00000212946 552 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm9797-202ENSMUST00000218003 294 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm21027-201ENSMUST00000219300 1236 ntBASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Ndufaf5-201ENSMUST00000044825 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm11555-201ENSMUST00000073126 492 ntTSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Rpl9-ps6-201ENSMUST00000078034 691 ntAPPRIS P1 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Olfr605-201ENSMUST00000080660 1011 ntAPPRIS P1 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Dgkb-205ENSMUST00000221176 1439 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Unc45a-202ENSMUST00000107368 3635 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Tagln2-202ENSMUST00000111230 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 2310043M15Rik-201ENSMUST00000180967 1580 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Dchs2-201ENSMUST00000191829 10783 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Asxl2-207ENSMUST00000153102 4462 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Ankub1-202ENSMUST00000197088 1854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Rnf13-210ENSMUST00000200497 2573 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm7538-201ENSMUST00000200918 1348 ntTSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Spatc1l-201ENSMUST00000009259 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 4931428F04Rik-202ENSMUST00000171788 3552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Flad1-204ENSMUST00000129308 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Dnajb12-203ENSMUST00000142819 1495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Ltbp1-202ENSMUST00000112514 4870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC10.55□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Furin-202ENSMUST00000120753 4332 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Zfp957-201ENSMUST00000040802 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Hal-202ENSMUST00000129421 5319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Pigk-201ENSMUST00000045029 1761 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Sirpa-201ENSMUST00000049262 3644 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Zfp956-201ENSMUST00000101445 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Pard3-213ENSMUST00000160766 4949 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Akap12-202ENSMUST00000215696 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Rtl1-201ENSMUST00000149046 6358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Serinc4-202ENSMUST00000110613 2240 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm38089-201ENSMUST00000193585 1514 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Dpep2-206ENSMUST00000227363 1844 ntAPPRIS P1 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 5730460C07Rik-201ENSMUST00000081193 1834 ntTSL 2 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Nr4a2-202ENSMUST00000112627 2400 ntTSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Apc-203ENSMUST00000115781 12346 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Spint5-201ENSMUST00000103097 443 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Ighv5-2-201ENSMUST00000103442 350 ntAPPRIS ALT2 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm23949-201ENSMUST00000104027 127 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm14190-201ENSMUST00000105073 153 ntAPPRIS P1 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Hexim2-202ENSMUST00000107037 1221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Pld5-203ENSMUST00000111167 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Rs1-202ENSMUST00000112368 731 ntTSL 3 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Lcn6-203ENSMUST00000114199 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm11439-201ENSMUST00000118598 409 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm12380-201ENSMUST00000119012 544 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 BC004004-203ENSMUST00000149405 1402 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm44805-202ENSMUST00000150569 587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm15954-201ENSMUST00000160746 466 ntTSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm16570-201ENSMUST00000161951 436 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Trmt112-204ENSMUST00000174786 646 ntTSL 1 (best) BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Trav13d-3-201ENSMUST00000179512 391 ntAPPRIS P1 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Trav13n-3-201ENSMUST00000179580 337 ntAPPRIS P1 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Spint5-202ENSMUST00000180193 443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Mir7677-201ENSMUST00000184226 67 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm28937-201ENSMUST00000185413 695 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm29400-201ENSMUST00000187208 695 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm28662-201ENSMUST00000188446 695 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm28251-201ENSMUST00000188835 695 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm37318-201ENSMUST00000194325 695 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Ddx28Q9CWT6 Gm38017-201ENSMUST00000194768 695 ntBASIC10.54□□□□□ -0.72
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 112.9 ms