Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Msra-201ENSMUST00000067927 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 St7-204ENSMUST00000077080 1887 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Kalrn-203ENSMUST00000114947 2922 ntTSL 5 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 4930528D03Rik-203ENSMUST00000225577 1348 ntBASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Nlgn1-205ENSMUST00000193603 11807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Krt31-201ENSMUST00000007318 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Fam71f1-201ENSMUST00000090487 1584 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Morf4l2-204ENSMUST00000113097 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Dao-202ENSMUST00000112292 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Glb1l2-207ENSMUST00000162702 2555 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Clic3-202ENSMUST00000114265 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Rpl35a-204ENSMUST00000115078 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Pom121l12-201ENSMUST00000117584 1039 ntAPPRIS P1 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm15004-201ENSMUST00000119192 630 ntBASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm13388-201ENSMUST00000126659 425 ntTSL 3 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm17077-201ENSMUST00000133179 279 ntTSL 5 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Psma1-203ENSMUST00000135570 960 ntTSL 3 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 4930515B02Rik-201ENSMUST00000140588 591 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm17334-201ENSMUST00000170390 907 ntAPPRIS P1 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm25700-201ENSMUST00000177693 110 ntBASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 H2al1g-201ENSMUST00000179859 509 ntAPPRIS P1 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm9034-201ENSMUST00000182071 1005 ntBASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm27239-201ENSMUST00000184638 642 ntTSL 3 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 S100a3-205ENSMUST00000200508 587 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 C530044C16Rik-202ENSMUST00000205217 1239 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Emp3-203ENSMUST00000210297 601 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 1700008C04Rik-201ENSMUST00000218606 797 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Tmem14a-202ENSMUST00000027065 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Tmem50a-201ENSMUST00000030626 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Vps54-201ENSMUST00000006221 4323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Mapk8-204ENSMUST00000111944 1528 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 March7-202ENSMUST00000102747 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Capn3-204ENSMUST00000110716 2752 ntTSL 5 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Kcnk18-201ENSMUST00000065204 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Stk17b-201ENSMUST00000027263 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm17767-201ENSMUST00000189410 1470 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Abi1-209ENSMUST00000140164 3403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Dclk1-213ENSMUST00000199702 2922 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 AC207128.2-201ENSMUST00000223708 1924 ntBASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Nuak2-202ENSMUST00000082125 3107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Nrap-202ENSMUST00000073536 5501 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r26-205ENSMUST00000189694 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Ppp1r26-201ENSMUST00000040324 5466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 AC125374.1-201ENSMUST00000213573 1400 ntBASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Nme8-202ENSMUST00000091763 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 BC034090-201ENSMUST00000035914 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Tuft1-204ENSMUST00000196733 2555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Olfm4-201ENSMUST00000088735 1640 ntTSL 2 BASIC10.66□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Rbm3-201ENSMUST00000040010 2792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Pfkfb3-202ENSMUST00000049849 2076 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm8146-201ENSMUST00000192106 1847 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Prkd2-201ENSMUST00000086104 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Ldb3-202ENSMUST00000022328 2468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Sh2d3c-202ENSMUST00000113242 3107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm43242-201ENSMUST00000199507 1776 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm43807-201ENSMUST00000200678 1781 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Ltbp1-203ENSMUST00000112516 5140 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Timeless-201ENSMUST00000055539 4457 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm22133-201ENSMUST00000102082 109 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Eif3i-201ENSMUST00000102593 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Tnfrsf18-203ENSMUST00000122001 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm15869-201ENSMUST00000126427 734 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm15979-201ENSMUST00000149741 590 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 AA672651-201ENSMUST00000151550 489 ntTSL 2 BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm26361-201ENSMUST00000158868 186 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm5616-201ENSMUST00000165252 384 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Rps13-201ENSMUST00000170953 589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Ly6g6c-201ENSMUST00000173207 598 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Ly6g6c-202ENSMUST00000173478 962 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Gm8741-201ENSMUST00000174736 384 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Rhox5-201ENSMUST00000179626 633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Ighv5-7-201ENSMUST00000192302 244 ntBASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Zfp706-203ENSMUST00000226453 517 ntAPPRIS P1 BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Nppc-201ENSMUST00000027449 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Arhgap11a-202ENSMUST00000110947 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Nxpe5-201ENSMUST00000110929 2312 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 F730311O21Rik-201ENSMUST00000189288 5447 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Rhobtb1-201ENSMUST00000020101 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Rabgef1-203ENSMUST00000119797 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Epb41-202ENSMUST00000054917 4948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Zfp280d-211ENSMUST00000184036 3459 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.7
Ddx28Q9CWT6 Mllt3-201ENSMUST00000078090 6069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Vill-202ENSMUST00000074734 2440 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Synj2-203ENSMUST00000115784 2634 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Ahnak2-201ENSMUST00000101010 2821 ntAPPRIS ALT2 BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Gm13652-201ENSMUST00000143898 3412 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Ncapd2-201ENSMUST00000043848 4629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 D830039M14Rik-202ENSMUST00000217740 3362 ntBASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Ccdc136-208ENSMUST00000180829 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Meox2-201ENSMUST00000041183 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Btnl7-ps-201ENSMUST00000023469 1763 ntBASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Tom1-201ENSMUST00000078847 1769 ntTSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Gramd2-201ENSMUST00000098661 1368 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.65□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Nfkbiz-202ENSMUST00000096026 4067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Gm10463-202ENSMUST00000195772 2889 ntBASIC10.64□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 A430033K04Rik-203ENSMUST00000198958 2264 ntTSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 8430408G22Rik-201ENSMUST00000067354 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Dzip1l-202ENSMUST00000112884 3791 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.64□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Scpep1-201ENSMUST00000000287 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.64□□□□□ -0.71
Ddx28Q9CWT6 Frmpd3-203ENSMUST00000208130 7314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.64□□□□□ -0.71
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.7 ms