Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Abca2-201ENSMUST00000102919 8033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.16□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Slc4a9-202ENSMUST00000115694 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.16□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Dgkh-202ENSMUST00000226342 15261 ntAPPRIS P1 BASIC12.16□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Brat1-202ENSMUST00000100505 3431 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Fbrs-201ENSMUST00000048896 2650 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 CT868720.1-201ENSMUST00000223069 2544 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Ttc17-203ENSMUST00000111237 4409 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Zfp354b-201ENSMUST00000109124 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 A230077H06Rik-202ENSMUST00000189574 2477 ntTSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Gm35021-201ENSMUST00000210105 2329 ntTSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Abcf1-201ENSMUST00000043757 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Ncf1-202ENSMUST00000111275 2721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 4930453L07Rik-201ENSMUST00000209053 1439 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Scn10a-202ENSMUST00000213392 6692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 A430005L14Rik-202ENSMUST00000105645 977 ntTSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Hist1h2br-202ENSMUST00000110476 381 ntAPPRIS P1 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Bud23-203ENSMUST00000111205 1169 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Ccl20-202ENSMUST00000113437 794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Lcn6-202ENSMUST00000114197 635 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Gm14957-201ENSMUST00000121069 817 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Gm2231-201ENSMUST00000125661 612 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Pyy-202ENSMUST00000127381 529 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Pelp1-202ENSMUST00000135148 562 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Gm11655-201ENSMUST00000153899 765 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 B230119M05Rik-201ENSMUST00000154072 979 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Gm17075-201ENSMUST00000171924 670 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Vmn1r155-201ENSMUST00000177632 924 ntAPPRIS P1 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Vmn1r137-201ENSMUST00000177884 924 ntAPPRIS P1 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Vmn1r130-201ENSMUST00000177936 924 ntAPPRIS P1 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Gm21887-201ENSMUST00000178789 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Vmn1r107-201ENSMUST00000179079 924 ntAPPRIS P1 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Vmn1r165-201ENSMUST00000179594 924 ntAPPRIS P1 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Ccl20-203ENSMUST00000186832 772 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Ccl4-201ENSMUST00000019074 660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 1700016F12Rik-201ENSMUST00000198159 655 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Igkv2-116-201ENSMUST00000199327 362 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Gm19220-201ENSMUST00000222682 803 ntBASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Oit1-201ENSMUST00000022269 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Hist1h2bq-201ENSMUST00000078156 381 ntAPPRIS P1 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Sphk2-202ENSMUST00000107737 3548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Ppp1r10-201ENSMUST00000087210 4222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Vps9d1-202ENSMUST00000118279 2696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Sh2d2a-202ENSMUST00000107581 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Myh6-201ENSMUST00000081857 6113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Zfp454-201ENSMUST00000050595 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Lins1-202ENSMUST00000077967 2647 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Als2-204ENSMUST00000163058 5379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Fam228a-201ENSMUST00000111154 3004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Csnk1g1-214ENSMUST00000206594 2482 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Spata5-201ENSMUST00000029277 2890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.46
Rnf40Q3U319 Tctn3-201ENSMUST00000025981 2743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Nmt2-201ENSMUST00000081932 4461 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 D630003M21Rik-201ENSMUST00000046944 3910 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Stau2-214ENSMUST00000162007 2964 ntTSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm45089-201ENSMUST00000208082 2040 ntBASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ctsb-201ENSMUST00000006235 4743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Armt1-201ENSMUST00000095893 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Tcof1-202ENSMUST00000175934 4595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.15□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm28774-201ENSMUST00000187087 1498 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Vars2-201ENSMUST00000043674 4425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm37960-201ENSMUST00000192402 1897 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Rpe65-202ENSMUST00000196999 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Slc9a8-201ENSMUST00000047815 4521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm12153-201ENSMUST00000148504 2509 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Prdm5-204ENSMUST00000172638 1714 ntTSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm43341-201ENSMUST00000200104 1308 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Csgalnact1-203ENSMUST00000130214 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm45210-201ENSMUST00000206401 1577 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ccndbp1-201ENSMUST00000060455 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Plekhb1-203ENSMUST00000107044 1806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm45828-201ENSMUST00000206938 1836 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ip6k2-201ENSMUST00000085018 1846 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Triobp-204ENSMUST00000109690 7023 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 AC169511.2-201ENSMUST00000226674 2063 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ppara-201ENSMUST00000057979 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Angel1-201ENSMUST00000021682 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Bace2-201ENSMUST00000047275 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Pex19-202ENSMUST00000111252 2844 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 A130071D04Rik-201ENSMUST00000194467 5864 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Ins2-203ENSMUST00000105931 472 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Sval2-203ENSMUST00000120605 497 ntTSL 2 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Mia-202ENSMUST00000121848 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm14441-201ENSMUST00000121960 540 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 1700030C14Rik-201ENSMUST00000139912 756 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm16137-201ENSMUST00000161571 664 ntTSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm5795-202ENSMUST00000166275 612 ntTSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm8279-203ENSMUST00000170040 612 ntTSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm10413-202ENSMUST00000177913 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm3424-202ENSMUST00000178418 618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm3187-201ENSMUST00000178429 618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm10338-202ENSMUST00000178623 612 ntTSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm8246-201ENSMUST00000179411 618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm3012-202ENSMUST00000179486 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm26854-201ENSMUST00000180418 705 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm26727-201ENSMUST00000180773 366 ntAPPRIS P1 BASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 V1rg10-201ENSMUST00000183378 937 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm27437-201ENSMUST00000183429 107 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm27306-201ENSMUST00000183970 107 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm27989-201ENSMUST00000184721 107 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Rnf40Q3U319 Gm37676-201ENSMUST00000195496 507 ntBASIC12.14□□□□□ -0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.8 ms