Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Adam8-202ENSMUST00000106069 3117 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Adam8-201ENSMUST00000026546 3100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Scamp2-201ENSMUST00000045791 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Kcnq1-202ENSMUST00000185383 1535 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm33831-201ENSMUST00000211696 1542 ntTSL 5 BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Slc22a18-201ENSMUST00000052348 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Slc45a1-202ENSMUST00000117997 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Dpep1-201ENSMUST00000019422 2236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Exosc1-202ENSMUST00000112123 1499 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Sept9-203ENSMUST00000100193 2924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm13556-201ENSMUST00000132692 1412 ntTSL 3 BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Skp1a-201ENSMUST00000037324 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Plscr3-203ENSMUST00000108633 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Zfp462-202ENSMUST00000079605 4684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 4632427E13Rik-202ENSMUST00000147198 6559 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Mtss1l-205ENSMUST00000144041 3225 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 D330041H03Rik-205ENSMUST00000181014 1903 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 F10-201ENSMUST00000033821 1903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Fbxo40-201ENSMUST00000075869 5137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ndufa13-201ENSMUST00000110167 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Clnkos-201ENSMUST00000114080 439 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Tmem242-202ENSMUST00000185896 780 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Snapc2-203ENSMUST00000208316 1190 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm45401-201ENSMUST00000209456 733 ntBASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 AC159376.1-201ENSMUST00000218504 630 ntBASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 AC158392.1-201ENSMUST00000223720 1069 ntBASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 AC167013.1-201ENSMUST00000228592 202 ntBASIC12.22□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Fam25c-201ENSMUST00000052126 408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Mms19-201ENSMUST00000026168 3162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ncdn-201ENSMUST00000030637 3681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Myh2-201ENSMUST00000018641 6018 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm38100-202ENSMUST00000201297 1789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Eif4g2-206ENSMUST00000161051 3548 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Nfkbiz-202ENSMUST00000096026 4067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Slc19a1-209ENSMUST00000144234 2309 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Bmp3-203ENSMUST00000200388 6609 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Lingo1-201ENSMUST00000053568 3295 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Olfm4-201ENSMUST00000088735 1640 ntTSL 2 BASIC12.22□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Prorsd1-202ENSMUST00000133103 2126 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Sdccag8-202ENSMUST00000056773 1551 ntTSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ripor1-201ENSMUST00000043531 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.22□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ces3a-201ENSMUST00000093222 2046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Tgfb1i1-201ENSMUST00000070656 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Bbip1-201ENSMUST00000135402 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Pced1a-201ENSMUST00000089581 3496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gtf2f1-201ENSMUST00000002733 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ndufs1-203ENSMUST00000168099 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Lcn5-202ENSMUST00000100312 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 Sumo2-203ENSMUST00000117589 987 ntTSL 3 BASIC12.21□□□□□ -0.45
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Rnf40Q3U319 4931428L18Rik-201ENSMUST00000127775 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Msrb3-202ENSMUST00000130950 561 ntTSL 3 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 2410080I02Rik-201ENSMUST00000142712 414 ntTSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm12907-201ENSMUST00000148027 507 ntTSL 2 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm17226-201ENSMUST00000166637 780 ntTSL 3 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Lamtor3-201ENSMUST00000168345 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm17727-201ENSMUST00000171898 643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Rnf141-207ENSMUST00000176716 1080 ntTSL 2 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Cox6b2-203ENSMUST00000182111 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm28065-201ENSMUST00000185290 833 ntTSL 3 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm38250-202ENSMUST00000195108 462 ntTSL 3 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm10069-203ENSMUST00000204081 907 ntTSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm44200-201ENSMUST00000204883 662 ntTSL 5 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm18307-201ENSMUST00000206864 949 ntBASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Olfr1077-ps1-201ENSMUST00000213225 1212 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Dhrs4-202ENSMUST00000226168 828 ntBASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Lats2-202ENSMUST00000038381 933 ntTSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Uchl4-201ENSMUST00000039011 1162 ntAPPRIS P1 BASIC12.21□□□□□ -0.45
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