Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Snx13-202ENSMUST00000163677 3681 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Rps28-202ENSMUST00000166693 271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Creb3-206ENSMUST00000167751 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Prox2os-201ENSMUST00000177043 1133 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Mir7085-201ENSMUST00000184353 66 ntBASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Rab3gap2-204ENSMUST00000194740 4418 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Svip-203ENSMUST00000209193 487 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Hspb2-202ENSMUST00000217159 552 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Dck-201ENSMUST00000031311 3078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Muc3-201ENSMUST00000041226 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Mrpl41-201ENSMUST00000045604 776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 S1pr2-201ENSMUST00000054197 6394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Gm6169-201ENSMUST00000071118 1030 ntAPPRIS P1 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Olfr171-201ENSMUST00000079891 945 ntAPPRIS P2 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Sdf4-202ENSMUST00000097734 973 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Erlin2-201ENSMUST00000033873 4838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Fli1-201ENSMUST00000016231 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Tardbp-206ENSMUST00000105702 6425 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Zeb1-201ENSMUST00000025081 5805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Slc4a9-202ENSMUST00000115694 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Ap2b1-206ENSMUST00000176523 2742 ntTSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Klhl29-202ENSMUST00000218384 2716 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Serhl-205ENSMUST00000166427 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Ddo-202ENSMUST00000213442 2408 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Acin1-203ENSMUST00000111484 4048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Swap70-201ENSMUST00000033325 4027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Fbxo43-201ENSMUST00000058643 4035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Ces2d-ps-201ENSMUST00000043209 1656 ntBASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Fut8-203ENSMUST00000177595 2980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Susd4-201ENSMUST00000085724 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Il1rap-202ENSMUST00000096129 4438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Hvcn1-202ENSMUST00000100747 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Tnip1-201ENSMUST00000018482 2810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Gm37580-201ENSMUST00000192408 2800 ntBASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Pip5k1a-205ENSMUST00000107233 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Myh13-203ENSMUST00000180845 5991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Trpm1-221ENSMUST00000206706 2350 ntTSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Scaf1-206ENSMUST00000211735 4209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Ints10-201ENSMUST00000034328 4201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Angptl4-201ENSMUST00000002360 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Akap12-202ENSMUST00000215696 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
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Use1Q9CQ56 Sorcs1-207ENSMUST00000211008 3617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Aire-202ENSMUST00000105395 1630 ntTSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Kdm3a-202ENSMUST00000167220 4853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Bzw1-201ENSMUST00000050552 3876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Ppp4r1-201ENSMUST00000073104 3850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Inpp4a-206ENSMUST00000132615 3038 ntTSL 5 BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Anks1b-218ENSMUST00000182595 3715 ntTSL 5 BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Gm17281-201ENSMUST00000180732 3589 ntTSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Kyat1-206ENSMUST00000113663 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Olfr1349-204ENSMUST00000207820 1325 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Ebf2-203ENSMUST00000176161 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Fmnl1-207ENSMUST00000218163 3824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.87□□□□□ -0.67
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Use1Q9CQ56 Itgb1bp1-206ENSMUST00000173729 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Thegl-201ENSMUST00000031161 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Phkg2-201ENSMUST00000033086 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Vwa1-201ENSMUST00000042196 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Epn3-202ENSMUST00000127305 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Eif4ebp2-202ENSMUST00000167087 1422 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.87□□□□□ -0.67
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Use1Q9CQ56 Cts7-204ENSMUST00000225321 1257 ntBASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Hist1h3a-201ENSMUST00000091701 534 ntAPPRIS P1 BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Mpv17-202ENSMUST00000200744 1653 ntTSL 2 BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Pik3cd-202ENSMUST00000105688 4335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Unc79-202ENSMUST00000101099 8874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Pou2f1-202ENSMUST00000069609 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Gm45871-202ENSMUST00000209969 1368 ntTSL 5 BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Gm45234-201ENSMUST00000129411 4359 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Pik3r5-201ENSMUST00000021283 4370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Anxa7-202ENSMUST00000100844 2904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 C130050O18Rik-202ENSMUST00000163940 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Zfp366-201ENSMUST00000056558 6382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Itgal-204ENSMUST00000120857 4533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.87□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Tpp2-201ENSMUST00000087933 4649 ntTSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Wdr75-201ENSMUST00000027139 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Gfra1-209ENSMUST00000169850 3224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Osr2-204ENSMUST00000228152 1324 ntAPPRIS P1 BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Gm2464-201ENSMUST00000180838 2551 ntTSL 5 BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Src-204ENSMUST00000109531 3586 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Kcns2-202ENSMUST00000228725 4906 ntAPPRIS P1 BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Faim2-201ENSMUST00000023750 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 5430405H02Rik-201ENSMUST00000153616 1431 ntTSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.67
Use1Q9CQ56 Kars-201ENSMUST00000034426 2008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.86□□□□□ -0.67
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 67.1 ms