Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 D930048N14Rik-202ENSMUST00000117859 3410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Fam26e-201ENSMUST00000069125 5323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Fgl2-201ENSMUST00000035799 3788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Thbs4-201ENSMUST00000022213 3198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Riox2-202ENSMUST00000120667 2200 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm24830-201ENSMUST00000102024 166 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Agbl3-203ENSMUST00000115014 805 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Rapgef3os2-201ENSMUST00000124374 920 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 4930456L15Rik-201ENSMUST00000145577 1185 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Egfl7-208ENSMUST00000149789 683 ntTSL 3 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Cabp2-202ENSMUST00000159556 781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Mettl26-203ENSMUST00000163356 534 ntTSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm7714-201ENSMUST00000169154 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Vmn2r-ps76-201ENSMUST00000173876 739 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm5745-201ENSMUST00000183748 313 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm28351-201ENSMUST00000186261 559 ntTSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm31326-201ENSMUST00000191856 1048 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm35911-201ENSMUST00000198837 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 B9d2-203ENSMUST00000205658 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC122463.1-201ENSMUST00000214559 597 ntTSL 3 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 4930407I19Rik-201ENSMUST00000220265 923 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm20063-201ENSMUST00000220757 1089 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC156560.2-201ENSMUST00000221232 264 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC134254.1-201ENSMUST00000221362 167 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 AC124732.1-201ENSMUST00000221551 910 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm807-202ENSMUST00000224929 408 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Lcn5-201ENSMUST00000028306 696 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ins1-201ENSMUST00000039652 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Cyb5d1-201ENSMUST00000051620 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm10254-201ENSMUST00000052888 867 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Olfr488-201ENSMUST00000072968 945 ntAPPRIS P1 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm26232-201ENSMUST00000083360 166 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Rnu1b6-201ENSMUST00000083839 166 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Tex10-206ENSMUST00000164866 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ebag9-201ENSMUST00000022964 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Megf11-203ENSMUST00000118485 3944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Plekhg4-206ENSMUST00000214056 3654 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pnpla6-201ENSMUST00000004681 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Dnm3-202ENSMUST00000086074 7523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Unkl-201ENSMUST00000015271 3414 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Cyp21a2-ps-201ENSMUST00000172970 1383 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm42852-201ENSMUST00000202649 1379 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Pnoc-202ENSMUST00000224594 1388 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Vrk1-201ENSMUST00000021539 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Kat6b-201ENSMUST00000069648 7649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Chmp1b-202ENSMUST00000210564 2490 ntAPPRIS P1 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Nr5a2-205ENSMUST00000192929 1756 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 4930473A02Rik-202ENSMUST00000136793 1409 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Zswim9-201ENSMUST00000108532 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Loxl3-201ENSMUST00000000707 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm5740-201ENSMUST00000211003 1857 ntBASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Muc3-201ENSMUST00000041226 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Fastkd5-201ENSMUST00000110262 3015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 1500009C09Rik-201ENSMUST00000136948 1526 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Zfp687-201ENSMUST00000019482 4632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Rprd1b-203ENSMUST00000109518 4399 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Vipas39-203ENSMUST00000179379 2418 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Ckmt1-201ENSMUST00000000317 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.44
Rnf40Q3U319 Gm5124-202ENSMUST00000132683 2083 ntBASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Spata13-210ENSMUST00000162945 5469 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Npas2-201ENSMUST00000056815 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ppdpf-202ENSMUST00000108841 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Cryba4-202ENSMUST00000112383 754 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm13844-201ENSMUST00000134541 581 ntTSL 3 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm11630-201ENSMUST00000152825 382 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Nme9-202ENSMUST00000163199 1196 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm4540-201ENSMUST00000170669 429 ntBASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm20442-201ENSMUST00000174630 492 ntTSL 3 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Trav13d-3-201ENSMUST00000179512 391 ntAPPRIS P1 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Trav13n-3-201ENSMUST00000179580 337 ntAPPRIS P1 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm28221-201ENSMUST00000185617 347 ntTSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Panct2-202ENSMUST00000188631 625 ntTSL 3 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm28237-202ENSMUST00000189477 748 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm8239-201ENSMUST00000204094 444 ntTSL 2 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm45258-201ENSMUST00000210042 853 ntBASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 1700023F06Rik-201ENSMUST00000021323 1199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 AC096628.1-201ENSMUST00000226060 641 ntBASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Pdcl2-201ENSMUST00000031145 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Pcdhb17-201ENSMUST00000053856 4660 ntAPPRIS P1 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Kcnmb3-201ENSMUST00000164954 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Son-203ENSMUST00000117633 8731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Sgf29-201ENSMUST00000032956 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Slc6a5-201ENSMUST00000056442 7065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm43242-201ENSMUST00000199507 1776 ntBASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Msh5-202ENSMUST00000097338 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 4930594M22Rik-202ENSMUST00000161599 3595 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Erbin-201ENSMUST00000022222 6369 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Nol6-201ENSMUST00000030138 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Cant1-206ENSMUST00000164927 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Nedd9-202ENSMUST00000163623 4626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Gm11033-203ENSMUST00000156185 2321 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Nup210-201ENSMUST00000032179 7037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Fam71f1-203ENSMUST00000164560 1411 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Olfr1112-202ENSMUST00000216772 1443 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Inpp5j-201ENSMUST00000044507 3370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Chdh-202ENSMUST00000118917 3406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Aldoa-203ENSMUST00000106348 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ascc1-202ENSMUST00000164083 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Ikbkb-202ENSMUST00000063401 3977 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Rnf40Q3U319 Rbm14-202ENSMUST00000113793 3508 ntTSL 1 (best) BASIC12.27□□□□□ -0.45
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 73.8 ms