Protein–RNA interactions for Protein: Q8BWR4

Usp40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, mousemouse

Predictions only

Length 1,235 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp40Q8BWR4 Gm13561-201ENSMUST00000136879 1826 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Mrgprg-201ENSMUST00000058092 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Tgfbr1-202ENSMUST00000044234 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Pcdhgc3-201ENSMUST00000076807 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 9930014A18Rik-201ENSMUST00000180730 3074 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Rara-207ENSMUST00000164748 3129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Fbxo25-204ENSMUST00000209913 2035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Rbm10-207ENSMUST00000177738 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Rbm10-201ENSMUST00000064911 2793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Wdr20rt-201ENSMUST00000046331 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Mirt1-202ENSMUST00000180667 1633 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Gm9947-201ENSMUST00000067599 2920 ntBASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Mpv17-202ENSMUST00000200744 1653 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Slc38a6-206ENSMUST00000140523 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Fam214b-205ENSMUST00000107959 3060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Fam214b-201ENSMUST00000036462 3074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Jrk-201ENSMUST00000050234 5853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Ifi47-202ENSMUST00000109202 1773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Chit1-202ENSMUST00000159963 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Osbp2-201ENSMUST00000070552 4097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Clec16a-203ENSMUST00000115823 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Rtp4-202ENSMUST00000209422 1859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 Nt5dc2-206ENSMUST00000227794 1858 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
Usp40Q8BWR4 1110051M20Rik-203ENSMUST00000102594 1977 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Sema3d-201ENSMUST00000030868 6307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm14071-201ENSMUST00000117817 509 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm11700-201ENSMUST00000119409 403 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm22442-201ENSMUST00000157256 144 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 3110031N09Rik-201ENSMUST00000201115 326 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Nutf2-202ENSMUST00000212042 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm11149-203ENSMUST00000215465 805 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 AC114645.1-201ENSMUST00000215831 187 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 AC099645.1-201ENSMUST00000226476 1105 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Sst-201ENSMUST00000004480 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 n-R5s211-201ENSMUST00000093689 119 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Rnf170-201ENSMUST00000014022 3929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Wdr18-201ENSMUST00000045247 3911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Dtx1-201ENSMUST00000031607 4035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Ppp1r15a-201ENSMUST00000042105 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm3765-201ENSMUST00000130985 1447 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Eif2s1-201ENSMUST00000071230 3405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 CT025624.1-201ENSMUST00000224007 2700 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Armc5-201ENSMUST00000044660 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Arhgap20-204ENSMUST00000130405 3881 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Asic5-201ENSMUST00000029641 1657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Klf11-201ENSMUST00000020982 4086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Otop1-202ENSMUST00000114099 3141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Jup-201ENSMUST00000001592 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Rnf225-201ENSMUST00000045870 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Slc24a5-201ENSMUST00000070353 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Abca3-201ENSMUST00000039013 6476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 1700001L05Rik-201ENSMUST00000100370 2270 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Trf-203ENSMUST00000112645 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Rgs12-205ENSMUST00000114283 2628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Spata20-201ENSMUST00000041705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Cnot7-211ENSMUST00000149992 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm4294-201ENSMUST00000105169 614 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm15374-201ENSMUST00000119313 844 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm12446-201ENSMUST00000123933 798 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm11789-203ENSMUST00000140645 737 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 4631405J19Rik-204ENSMUST00000145926 936 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm25492-201ENSMUST00000157383 129 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Isl1-202ENSMUST00000176044 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Fxyd4-202ENSMUST00000203066 522 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 1700011B04Rik-204ENSMUST00000220859 422 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Omt2b-201ENSMUST00000043734 735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Olfr411-201ENSMUST00000080365 1049 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Ankrd53-201ENSMUST00000014891 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Arhgef5-201ENSMUST00000031750 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Dtnb-201ENSMUST00000077930 2376 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Pou2af1-201ENSMUST00000034554 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Pik3r6-202ENSMUST00000102613 3225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Pik3r6-201ENSMUST00000060441 3237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Pex1-201ENSMUST00000006061 4433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Ccdc85a-202ENSMUST00000093253 5431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Daglb-201ENSMUST00000045593 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Arhgap33-207ENSMUST00000208538 4372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Bysl-201ENSMUST00000024783 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Sun2-202ENSMUST00000089311 3709 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Stat5a-203ENSMUST00000107357 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Nuak2-202ENSMUST00000082125 3107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Zbtb49-201ENSMUST00000094833 2978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Dnajb1-202ENSMUST00000212300 2854 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Fgd6-201ENSMUST00000020208 8044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Msh5-202ENSMUST00000097338 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Bpgm-201ENSMUST00000045372 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Mdh1b-201ENSMUST00000114094 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Foxh1-201ENSMUST00000037824 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Trpm2-201ENSMUST00000105399 731 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm13791-201ENSMUST00000123263 608 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm14154-201ENSMUST00000142642 579 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm35625-201ENSMUST00000210416 316 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Gm18065-201ENSMUST00000221395 526 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Ly6i-201ENSMUST00000023250 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Uqcc1-201ENSMUST00000006036 808 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Olfr1047-201ENSMUST00000099901 960 ntAPPRIS P1 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Desi2-201ENSMUST00000027783 8802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Abi1-204ENSMUST00000114544 2790 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Lgr5-206ENSMUST00000172806 2652 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Usp40Q8BWR4 Coq3-201ENSMUST00000029909 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41 ms