Protein–RNA interactions for Protein: P10628

Hoxd4, Homeobox protein Hox-D4, mousemouse

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd4P10628 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Dnajb2-207ENSMUST00000188290 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Xrcc6-202ENSMUST00000100399 3296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 4933431K14Rik-201ENSMUST00000195799 1352 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Gm5131-201ENSMUST00000212776 1238 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Tmem178-201ENSMUST00000025092 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Rpf2-201ENSMUST00000045114 1853 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Hcn4-201ENSMUST00000034889 6118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Ptf1a-201ENSMUST00000028068 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Pds5a-209ENSMUST00000201948 8934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Gse1-202ENSMUST00000118136 4492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Sdhaf1-201ENSMUST00000098586 2490 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Cdk5r2-201ENSMUST00000160379 2799 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Bend7-204ENSMUST00000184139 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Fgfbp3-201ENSMUST00000057337 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Sox2-201ENSMUST00000099151 2057 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Rpl38-203ENSMUST00000106599 457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Znrf1-207ENSMUST00000173506 1238 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Atoh8-201ENSMUST00000042646 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Tnpo2-207ENSMUST00000211601 2941 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 D030056L22Rik-202ENSMUST00000062753 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Tmem86a-201ENSMUST00000010451 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Morf4l1-202ENSMUST00000169860 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Cd248-201ENSMUST00000070630 2560 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Mark2-206ENSMUST00000164205 3104 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Foxo3-204ENSMUST00000175881 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Ascl1-201ENSMUST00000020243 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 B130046B21Rik-201ENSMUST00000181510 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Hoxd4P10628 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Tsen54-201ENSMUST00000021134 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Efhd1os-201ENSMUST00000138844 332 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Rfx8-202ENSMUST00000151913 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Nipsnap2-201ENSMUST00000086046 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Grin2c-202ENSMUST00000106554 4895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Dbf4-201ENSMUST00000002368 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Hs2st1-201ENSMUST00000043325 6177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 E2f1-202ENSMUST00000103145 2732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Zbtb7a-202ENSMUST00000117956 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 L3mbtl4-201ENSMUST00000093007 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Ubp1-201ENSMUST00000009885 3742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Kazald1-202ENSMUST00000111948 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Cops7a-201ENSMUST00000032220 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Gm5913-201ENSMUST00000119397 1399 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Ralgapa1-204ENSMUST00000219432 6631 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Tmem164-205ENSMUST00000112891 1654 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Syt5-201ENSMUST00000065957 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Usp2-202ENSMUST00000065461 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Inafm1-201ENSMUST00000169612 1605 ntAPPRIS P1 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Lrig1-202ENSMUST00000101126 4951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Hcn2-202ENSMUST00000099513 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Dda1-202ENSMUST00000124745 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Syt17-203ENSMUST00000203485 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Bsg-201ENSMUST00000067036 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Bspry-202ENSMUST00000107449 2167 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Shc4-202ENSMUST00000110477 1988 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Alx3-201ENSMUST00000014747 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Arhgap23-202ENSMUST00000107601 5450 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Luc7l2-201ENSMUST00000057692 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Meg3-207ENSMUST00000143836 1896 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Epn1-202ENSMUST00000098845 2565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Ipmk-201ENSMUST00000079252 5447 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
Hoxd4P10628 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.4 ms