Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Atp5f1-201ENSMUST00000118209 1604 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm26642-201ENSMUST00000180981 2782 ntTSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Igf1-203ENSMUST00000105300 1673 ntTSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Als2cl-201ENSMUST00000084926 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ubxn6-201ENSMUST00000019722 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Mpp4-204ENSMUST00000186477 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tcn2-201ENSMUST00000020710 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ing1-204ENSMUST00000210041 1881 ntTSL 5 BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Sertad2-201ENSMUST00000093292 5647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Olfr183-204ENSMUST00000214831 1906 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Dntt-201ENSMUST00000051806 2128 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Syk-201ENSMUST00000055087 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Armc1-201ENSMUST00000029125 3673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Entpd8-201ENSMUST00000044078 2299 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Numa1-201ENSMUST00000084852 7180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Sgk1-201ENSMUST00000020145 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Zfp384-205ENSMUST00000112424 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Kcnh7-203ENSMUST00000112454 3073 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm37368-201ENSMUST00000193173 3212 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Celsr3-207ENSMUST00000213524 9930 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ighv8-9-201ENSMUST00000103533 301 ntAPPRIS P1 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ighv8-13-201ENSMUST00000103542 303 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tssc4-202ENSMUST00000105920 895 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ropn1l-201ENSMUST00000110408 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm3054-201ENSMUST00000111075 265 ntTSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tfpi-207ENSMUST00000111722 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ninj2-202ENSMUST00000112711 853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Atf7ip2-203ENSMUST00000117220 1230 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm5687-201ENSMUST00000118252 640 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm22985-201ENSMUST00000122754 116 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Rmrp-201ENSMUST00000157463 271 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 1700015G11Rik-202ENSMUST00000185758 366 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm43569-201ENSMUST00000196200 559 ntTSL 3 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm42433-201ENSMUST00000196806 940 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm29755-201ENSMUST00000196976 948 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm42836-201ENSMUST00000197198 728 ntTSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm7238-201ENSMUST00000206467 973 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Sftpa1-201ENSMUST00000022314 851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Pim2-204ENSMUST00000223553 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 AL732506.1-201ENSMUST00000226420 281 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Erp29-201ENSMUST00000052590 1123 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Pcna-ps2-201ENSMUST00000088040 1257 ntAPPRIS P1 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Sprr2a2-202ENSMUST00000090871 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Vmn1r195-201ENSMUST00000091736 1088 ntAPPRIS P1 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Olfr1061-201ENSMUST00000099889 942 ntAPPRIS P1 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 4933434E20Rik-204ENSMUST00000159064 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 AC160966.1-202ENSMUST00000216860 1318 ntTSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 AC154767.3-201ENSMUST00000225150 1342 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Fut4-201ENSMUST00000061498 4074 ntAPPRIS P1 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tspan8-203ENSMUST00000179196 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 A430108G06Rik-201ENSMUST00000153461 1428 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ldhal6b-201ENSMUST00000189788 1445 ntAPPRIS P1 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 1110034G24Rik-202ENSMUST00000110132 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Rab3gap2-204ENSMUST00000194740 4418 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm5884-201ENSMUST00000036712 1479 ntBASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Plaur-201ENSMUST00000002284 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Dlk1-201ENSMUST00000056110 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm5860-202ENSMUST00000151038 1711 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ube2a-201ENSMUST00000016452 1732 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tm9sf1-202ENSMUST00000120041 2164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Thoc5-201ENSMUST00000038237 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Dph6-201ENSMUST00000028640 2632 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Mcam-202ENSMUST00000098852 2772 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Cxcr5-202ENSMUST00000179828 2824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Arc-202ENSMUST00000110009 3054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Arc-201ENSMUST00000023268 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Zfp30-202ENSMUST00000122387 3342 ntTSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Man2b2-201ENSMUST00000031002 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Akap10-203ENSMUST00000108710 3394 ntTSL 2 BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Kcnh5-201ENSMUST00000042299 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Zfp46-201ENSMUST00000069195 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Plin4-202ENSMUST00000190703 5756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Nynrin-201ENSMUST00000100529 6990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Btbd9-202ENSMUST00000168787 6857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Prx-202ENSMUST00000098644 4841 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Frmd4a-216ENSMUST00000176828 4355 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Rab14-202ENSMUST00000113025 4346 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Snx13-202ENSMUST00000163677 3681 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Plekhn1-204ENSMUST00000218699 3196 ntTSL 2 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 1110051M20Rik-201ENSMUST00000064652 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Ctnnb1-214ENSMUST00000178812 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 6430571L13Rik-201ENSMUST00000042581 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Rxfp2-206ENSMUST00000201612 2470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Araf-201ENSMUST00000001155 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Dlec1-206ENSMUST00000140326 5815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Nfia-202ENSMUST00000075448 9526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Nrap-203ENSMUST00000095947 5214 ntTSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Celf2-205ENSMUST00000114927 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Xkr6-202ENSMUST00000120820 1702 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Asic5-201ENSMUST00000029641 1657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 AC154186.1-201ENSMUST00000227711 1597 ntBASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Dera-207ENSMUST00000203693 1446 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Tdrd12-205ENSMUST00000205407 1412 ntTSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 D630033O11Rik-204ENSMUST00000210588 1358 ntTSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 2610524H06Rik-201ENSMUST00000100850 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Cdpf1-202ENSMUST00000125947 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Gm14268-201ENSMUST00000132465 682 ntTSL 3 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 P2rx4-204ENSMUST00000139631 1030 ntTSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 P2rx4-206ENSMUST00000142664 1111 ntTSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Rnf40Q3U319 Bricd5-202ENSMUST00000164508 701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.49□□□□□ -0.41
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 49.9 ms