Protein–RNA interactions for Protein: Q78JW9

Ubfd1, Ubiquitin domain-containing protein UBFD1, mousemouse

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Length 368 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ubfd1Q78JW9 Rbfox2-202ENSMUST00000111581 3072 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Npy5r-203ENSMUST00000212563 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm17518-201ENSMUST00000181232 1346 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Slc25a25-205ENSMUST00000113310 3278 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Sh3bp2-201ENSMUST00000067638 2885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Ddah1-201ENSMUST00000029845 3764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Art3-202ENSMUST00000117108 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Art3-203ENSMUST00000118106 1401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Col14a1-201ENSMUST00000023053 6457 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Dsp-201ENSMUST00000124830 9592 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Rab11fip3-203ENSMUST00000122103 5015 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Fam126a-203ENSMUST00000115109 2195 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 S100a16-206ENSMUST00000107335 926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Camk1d-202ENSMUST00000114987 1295 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm13916-201ENSMUST00000117368 628 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Hemk1-202ENSMUST00000118051 453 ntTSL 3 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 1700003G13Rik-202ENSMUST00000131342 705 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm3948-201ENSMUST00000147795 421 ntTSL 3 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm17168-201ENSMUST00000169146 345 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Rpl19-201ENSMUST00000017548 751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm4131-201ENSMUST00000186010 1264 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm29499-201ENSMUST00000189151 486 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm28329-201ENSMUST00000191208 689 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm29171-201ENSMUST00000191397 486 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Mir7686-201ENSMUST00000200604 57 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm31597-201ENSMUST00000211176 515 ntTSL 2 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 1700008C04Rik-201ENSMUST00000218606 797 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 AC154290.1-201ENSMUST00000223786 1240 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Mcee-201ENSMUST00000037205 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm9785-201ENSMUST00000062642 1006 ntBASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Rpl19-202ENSMUST00000092425 737 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Pgm3-201ENSMUST00000070064 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm10277-201ENSMUST00000092883 2295 ntAPPRIS P1 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Fibin-201ENSMUST00000099626 2267 ntAPPRIS P1 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Hnf1b-201ENSMUST00000021016 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Nup205-201ENSMUST00000043815 6412 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gck-203ENSMUST00000109823 2361 ntTSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Rnf113a2-201ENSMUST00000183146 1383 ntAPPRIS P1 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Nsun7-204ENSMUST00000202994 3632 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Runx1-201ENSMUST00000023673 5861 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Atp6v0a1-210ENSMUST00000168757 3967 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Haus6-201ENSMUST00000070607 6158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Dnajc13-201ENSMUST00000035170 8012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gfra1-203ENSMUST00000129100 4415 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Dram1-201ENSMUST00000020249 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Pabpc2-201ENSMUST00000063219 2586 ntAPPRIS P1 BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 1110032A03Rik-201ENSMUST00000042468 2082 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Spata33-208ENSMUST00000212892 2940 ntTSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.55
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Ubfd1Q78JW9 Susd3-201ENSMUST00000021816 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Mylk-201ENSMUST00000023538 7824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Rab31-201ENSMUST00000070673 3476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Sfxn3-203ENSMUST00000111954 2867 ntTSL 5 BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 0610038B21Rik-201ENSMUST00000181420 1687 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Hps1-209ENSMUST00000162061 2608 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Acly-203ENSMUST00000107389 4426 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
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Ubfd1Q78JW9 Dusp13-204ENSMUST00000120984 976 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
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Ubfd1Q78JW9 Gm28516-201ENSMUST00000190257 663 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
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Ubfd1Q78JW9 Gm9774-201ENSMUST00000047300 1064 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Cthrc1-201ENSMUST00000067072 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Ufc1-201ENSMUST00000080001 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Strada-201ENSMUST00000007444 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
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Ubfd1Q78JW9 Tmem269-201ENSMUST00000030394 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
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Ubfd1Q78JW9 Ccpg1-206ENSMUST00000140675 2839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
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Ubfd1Q78JW9 Hcls1-201ENSMUST00000023531 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Pgap2-204ENSMUST00000120879 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Slc29a1-204ENSMUST00000163492 2216 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Themis3-201ENSMUST00000024914 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Pigk-201ENSMUST00000045029 1761 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 8430408G22Rik-202ENSMUST00000178241 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm13910-201ENSMUST00000121752 1428 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 F10-205ENSMUST00000152034 1449 ntTSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Slc14a2-202ENSMUST00000163367 1428 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Myo9b-202ENSMUST00000168839 7102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Mapkapk5-204ENSMUST00000111783 1513 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Rbm39-203ENSMUST00000109587 2810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Clpx-202ENSMUST00000113824 2809 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 AC159314.1-201ENSMUST00000216917 3485 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Coasy-202ENSMUST00000107308 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm11494-201ENSMUST00000142279 1738 ntTSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Tfdp1-201ENSMUST00000170909 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Tns2-202ENSMUST00000169627 4707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Cdc37l1-208ENSMUST00000225310 4079 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Map1b-203ENSMUST00000223725 2669 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Vamp5-202ENSMUST00000101285 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm15566-201ENSMUST00000121130 590 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm12176-201ENSMUST00000121420 875 ntBASIC11.61□□□□□ -0.55
Ubfd1Q78JW9 Gm17231-203ENSMUST00000170133 637 ntTSL 3 BASIC11.61□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 56.2 ms