Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Tnk1-201ENSMUST00000001626 2778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Sema4f-201ENSMUST00000000641 4086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Tmem63b-201ENSMUST00000113523 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Spred2-201ENSMUST00000093298 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm29480-201ENSMUST00000188589 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm22323-201ENSMUST00000103832 109 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rap1a-ps2-201ENSMUST00000118467 559 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Igf1-206ENSMUST00000122100 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm12130-201ENSMUST00000133599 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Cdk3-ps-202ENSMUST00000174177 915 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 AA914427-201ENSMUST00000193194 1166 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm43050-201ENSMUST00000201062 338 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm30459-201ENSMUST00000206203 1193 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Emp3-203ENSMUST00000210297 601 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm33104-201ENSMUST00000214178 1010 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Hspb2-202ENSMUST00000217159 552 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rsph1-201ENSMUST00000024832 1164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Zfp280d-205ENSMUST00000183468 1834 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Atxn2l-203ENSMUST00000167759 4023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 AC123619.2-202ENSMUST00000225097 1568 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Krt31-201ENSMUST00000007318 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm26584-201ENSMUST00000180551 3216 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rab11fip1-203ENSMUST00000209377 3769 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Nek5-202ENSMUST00000209656 2253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm12200-201ENSMUST00000144876 1858 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Zfp853-203ENSMUST00000212715 3133 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Fbxo18-201ENSMUST00000071564 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Katnal2-207ENSMUST00000137354 1482 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rsbn1l-202ENSMUST00000196780 7651 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Arhgef9-206ENSMUST00000113884 3784 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ibsp-201ENSMUST00000031246 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Dip2a-202ENSMUST00000105417 6383 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Trak1-213ENSMUST00000211439 3533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Pigo-201ENSMUST00000067481 3525 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm10851-201ENSMUST00000192087 1685 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Itgb4-203ENSMUST00000106458 5779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Btnl2-202ENSMUST00000178562 2563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Btnl2-201ENSMUST00000025198 2564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Pcdhgb6-201ENSMUST00000003599 4684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Aurkaip1-202ENSMUST00000105591 773 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Mgat1-203ENSMUST00000109194 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 1700049J03Rik-201ENSMUST00000011196 421 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Psma1-203ENSMUST00000135570 960 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rbm10-207ENSMUST00000177738 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ank3-234ENSMUST00000182993 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Tcf4-252ENSMUST00000202477 1873 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm8956-201ENSMUST00000203939 825 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ctrc-201ENSMUST00000037059 951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rbm10-201ENSMUST00000064911 2793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Prss43-201ENSMUST00000077549 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Fam71f1-201ENSMUST00000090487 1584 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Pcdhga11-201ENSMUST00000061279 4756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Cyp26b1-204ENSMUST00000204146 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Mark4-201ENSMUST00000085715 3886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Pfkfb3-220ENSMUST00000192949 4801 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Phactr1-206ENSMUST00000131942 2056 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Serpina1b-203ENSMUST00000186166 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm43242-201ENSMUST00000199507 1776 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rgma-202ENSMUST00000119206 3481 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Mast1-201ENSMUST00000109741 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Olfm4-201ENSMUST00000088735 1640 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rab8a-201ENSMUST00000003121 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Eng-202ENSMUST00000113272 3021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 AC127242.1-201ENSMUST00000222861 1464 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Bicra-201ENSMUST00000094821 5360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Prrt3-204ENSMUST00000205075 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm45897-201ENSMUST00000212679 1998 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Myo15b-208ENSMUST00000222123 5154 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Pnpla6-202ENSMUST00000111070 4496 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ppp1r3b-204ENSMUST00000211648 4386 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm6015-201ENSMUST00000217493 1586 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Matn2-202ENSMUST00000163455 3577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Zc3h6-202ENSMUST00000110320 4916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ctnnbl1-201ENSMUST00000029178 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm15587-201ENSMUST00000146326 3493 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Nmi-202ENSMUST00000112705 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm14723-201ENSMUST00000118686 215 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 0610037L13Rik-205ENSMUST00000119394 741 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Myl3-203ENSMUST00000136695 614 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Sh2d6-203ENSMUST00000159877 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Sh2d6-206ENSMUST00000162561 1251 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ppm1h-208ENSMUST00000162969 811 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Rps28-202ENSMUST00000166693 271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm17099-201ENSMUST00000166780 412 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 9330159M07Rik-202ENSMUST00000180783 1044 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm43962-201ENSMUST00000203898 190 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Olfr1347-205ENSMUST00000220413 964 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Tnfrsf4-201ENSMUST00000030952 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Olfr1347-201ENSMUST00000036357 964 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 BC027072-201ENSMUST00000057405 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ube2v1-202ENSMUST00000109207 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Ablim2-203ENSMUST00000114203 1333 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Mfsd13b-201ENSMUST00000033166 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Cd72-201ENSMUST00000030179 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 4930432B10Rik-201ENSMUST00000181688 2085 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Pnma5-202ENSMUST00000114540 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Cxcr5-202ENSMUST00000179828 2824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm43807-201ENSMUST00000200678 1781 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gm18986-201ENSMUST00000216029 1986 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
Trim58Q5NCC9 Gnb4-205ENSMUST00000155737 5997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.9 ms