Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Fnbp1-203ENSMUST00000100207 1680 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Serinc4-202ENSMUST00000110613 2240 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Fam71f1-204ENSMUST00000166462 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Creld2-201ENSMUST00000024042 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Actr1a-201ENSMUST00000040270 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Map4-214ENSMUST00000199498 4055 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sfn-201ENSMUST00000057311 1613 ntAPPRIS P1 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Asap1-203ENSMUST00000110115 4535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Caln1-202ENSMUST00000111287 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Pcp4l1-201ENSMUST00000111332 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 H2-M2-201ENSMUST00000016427 1550 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Acad8-202ENSMUST00000120367 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Scpep1-201ENSMUST00000000287 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 1700019D03Rik-201ENSMUST00000050567 3641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tspyl4-201ENSMUST00000047935 3879 ntAPPRIS P1 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Vcp-201ENSMUST00000030164 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Trav13d-2-201ENSMUST00000103596 264 ntAPPRIS P1 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Trav13n-2-201ENSMUST00000103622 264 ntAPPRIS P1 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Faap20-202ENSMUST00000105627 710 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Smim8-202ENSMUST00000108131 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Prl8a6-203ENSMUST00000110355 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm14350-201ENSMUST00000116642 640 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm16202-201ENSMUST00000117532 544 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm14921-201ENSMUST00000118643 908 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm13487-201ENSMUST00000122240 864 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 C430049B03Rik-201ENSMUST00000129764 868 ntTSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm16191-201ENSMUST00000141445 520 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ndufa2-201ENSMUST00000014438 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm17063-201ENSMUST00000168135 456 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Bcl2l2-204ENSMUST00000172844 498 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm3650-201ENSMUST00000180600 747 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm29417-201ENSMUST00000188160 571 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Lsmem2-201ENSMUST00000191791 369 ntTSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 2900022M07Rik-201ENSMUST00000193912 1017 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm42929-201ENSMUST00000198374 1286 ntBASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm11427-203ENSMUST00000215482 1203 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 RMST_1.1-204ENSMUST00000217871 699 ntTSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Epo-201ENSMUST00000031723 715 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Emg1-201ENSMUST00000004379 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Ranbp1-201ENSMUST00000052325 923 ntTSL 3 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Dab2ip-201ENSMUST00000065001 6392 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Krtap19-1-201ENSMUST00000081334 493 ntAPPRIS P1 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Stat5b-202ENSMUST00000107358 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Zmynd8-203ENSMUST00000099084 5232 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Hmox2-201ENSMUST00000004172 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Kcnj5-201ENSMUST00000034533 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Slc22a13b-ps-201ENSMUST00000173185 1458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Irak4-202ENSMUST00000109248 3437 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Abi1-209ENSMUST00000140164 3403 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Agpat3-211ENSMUST00000166360 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Zfp235-201ENSMUST00000056549 3373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tmem168-206ENSMUST00000149123 3337 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Prok1-202ENSMUST00000197758 3063 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Sox8-201ENSMUST00000025003 3000 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Poc1a-201ENSMUST00000072206 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Msantd1-201ENSMUST00000050535 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Lig1-211ENSMUST00000177588 3174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Rpap2-204ENSMUST00000112654 2914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Duoxa2-201ENSMUST00000028656 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm45114-201ENSMUST00000208280 1349 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Serpinb2-202ENSMUST00000064916 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gtf2i-202ENSMUST00000082057 4375 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm27198-201ENSMUST00000184172 1517 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Clec12b-201ENSMUST00000032261 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Stim1-209ENSMUST00000211457 2183 ntTSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Arhgap20-204ENSMUST00000130405 3881 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Zmiz1-208ENSMUST00000162645 7482 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm16440-201ENSMUST00000100900 1089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm5795-201ENSMUST00000100920 984 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Tnfrsf13b-202ENSMUST00000101103 750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Trav5-1-201ENSMUST00000103570 343 ntAPPRIS P1 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm21103-201ENSMUST00000112737 984 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm15937-201ENSMUST00000120727 1235 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm3047-201ENSMUST00000164069 822 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Prr13-204ENSMUST00000164957 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm3029-201ENSMUST00000168306 984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm3685-201ENSMUST00000169215 984 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm7876-201ENSMUST00000169465 984 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm3043-201ENSMUST00000170639 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Prl5a1-201ENSMUST00000017208 1061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm5108-201ENSMUST00000177891 543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm27321-201ENSMUST00000185021 205 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Fcrl1-204ENSMUST00000191666 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm44344-201ENSMUST00000200287 129 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 2310001H17Rik-206ENSMUST00000205051 676 ntTSL 3 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm44662-201ENSMUST00000206970 412 ntTSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Nanos3-202ENSMUST00000210202 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Vmo1-201ENSMUST00000021179 672 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Gm34397-203ENSMUST00000214991 630 ntTSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Chchd1-203ENSMUST00000224633 557 ntBASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Arl3-201ENSMUST00000026009 822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Clec2g-202ENSMUST00000075789 729 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Vmn1r85-201ENSMUST00000094829 927 ntAPPRIS P1 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Zranb2-201ENSMUST00000029831 2540 ntTSL 5 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Akap5-203ENSMUST00000172992 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 1300002E11Rik-202ENSMUST00000181780 1650 ntTSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 BC024139-202ENSMUST00000089654 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cyp4b1-201ENSMUST00000102707 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 Cxcl12-203ENSMUST00000112871 3132 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.38
Rnf40Q3U319 4930463O16Rik-201ENSMUST00000020222 2088 ntTSL 2 BASIC12.69□□□□□ -0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 60.9 ms