Protein–RNA interactions for Protein: Q9CWT6

Ddx28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddx28Q9CWT6 Sostdc1-201ENSMUST00000041407 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Ppih-203ENSMUST00000106318 800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Blvrb-202ENSMUST00000108357 782 ntTSL 2 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm12742-201ENSMUST00000117326 410 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm13226-201ENSMUST00000117838 404 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Snhg17-206ENSMUST00000152125 1046 ntTSL 3 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm2639-201ENSMUST00000156881 1297 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Mir7085-201ENSMUST00000184353 66 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 AY702102-202ENSMUST00000194651 1173 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm5149-201ENSMUST00000199768 620 ntTSL 3 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Aprt-203ENSMUST00000211823 590 ntTSL 3 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 AC166349.1-201ENSMUST00000220866 695 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 AC147241.1-201ENSMUST00000222173 785 ntTSL 3 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 AC069562.3-201ENSMUST00000225387 587 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 H2-Oa-201ENSMUST00000025192 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tatdn3-201ENSMUST00000027945 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Cebpe-201ENSMUST00000064290 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Rbm39-201ENSMUST00000029149 2711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Sufu-204ENSMUST00000120778 1850 ntTSL 2 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Slc25a22-223ENSMUST00000201710 2565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tmem80-204ENSMUST00000128906 1387 ntTSL 2 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Mtm1-201ENSMUST00000025391 3286 ntTSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Rassf8-201ENSMUST00000032388 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Lhx9-204ENSMUST00000112026 2065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Esr2-202ENSMUST00000101291 3362 ntTSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Steap3-202ENSMUST00000112640 2752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm8706-201ENSMUST00000197372 1491 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm43931-201ENSMUST00000204817 2870 ntBASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Slc45a2-201ENSMUST00000117100 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Spert-202ENSMUST00000164082 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Adamtsl3-204ENSMUST00000173828 2292 ntTSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Lrtm2-204ENSMUST00000168793 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.37□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Myt1l-201ENSMUST00000021009 5027 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tmem56-204ENSMUST00000135818 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 5930430L01Rik-201ENSMUST00000145042 3994 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Rlbp1-202ENSMUST00000179243 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Acsf3-201ENSMUST00000015160 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Nrf1-207ENSMUST00000115206 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Rab11a-208ENSMUST00000172298 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Wdr45-203ENSMUST00000115688 1510 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Nol6-201ENSMUST00000030138 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Mylip-202ENSMUST00000222178 1954 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Abca3-202ENSMUST00000079594 6380 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tmem25-201ENSMUST00000002100 2448 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 D830024N08Rik-201ENSMUST00000212132 2899 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Elmod3-204ENSMUST00000141833 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Parp14-201ENSMUST00000042665 7417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Ralbp1-202ENSMUST00000166543 4089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tbx4-203ENSMUST00000108047 3153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Slc25a42-202ENSMUST00000110127 3196 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Hr-205ENSMUST00000163060 5278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm26872-201ENSMUST00000180862 2261 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Timm10b-202ENSMUST00000106780 671 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tpd52l2-203ENSMUST00000108799 985 ntTSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Leng8-202ENSMUST00000117274 874 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm12384-201ENSMUST00000119228 919 ntBASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm13394-201ENSMUST00000121658 1000 ntBASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Surf2-201ENSMUST00000015017 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Shisa5-203ENSMUST00000154184 1038 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 2010320O07Rik-201ENSMUST00000160935 525 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 1700122O11Rik-201ENSMUST00000178823 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 AC158516.1-201ENSMUST00000213921 205 ntTSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 CT030161.3-201ENSMUST00000218235 367 ntTSL 3 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Mien1-201ENSMUST00000002655 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Lrp8os1-201ENSMUST00000030352 672 ntTSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Rpl18a-201ENSMUST00000054220 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Rpsa-ps10-201ENSMUST00000057740 885 ntBASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Hvcn1-202ENSMUST00000100747 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Pole3-201ENSMUST00000030091 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tm9sf2-201ENSMUST00000026624 3107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Mmachc-201ENSMUST00000030453 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Clca2-203ENSMUST00000198993 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Ugt1a2-201ENSMUST00000049289 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Trpm1-219ENSMUST00000206314 2323 ntTSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Zbtb21-202ENSMUST00000063605 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Pcdha6-201ENSMUST00000193389 4653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Traf7-202ENSMUST00000088464 2504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gng7-203ENSMUST00000117805 3382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Acsm1-201ENSMUST00000047929 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm4735-201ENSMUST00000138679 1302 ntBASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm5855-201ENSMUST00000200240 1305 ntBASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Syt7-202ENSMUST00000076968 6624 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Stat5b-202ENSMUST00000107358 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Grip1-216ENSMUST00000154238 2482 ntTSL 5 BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 4933436I20Rik-202ENSMUST00000190615 1509 ntTSL 5 BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tcf25-202ENSMUST00000108840 2582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Sgk2-201ENSMUST00000018012 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Ppp3cb-202ENSMUST00000159027 3831 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Sgce-201ENSMUST00000004750 1703 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Cyp2s1-202ENSMUST00000108395 3161 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Hao1-201ENSMUST00000028704 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Tom1l2-204ENSMUST00000095254 4940 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Ppargc1b-202ENSMUST00000075299 3656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Trav4-2-201ENSMUST00000103637 370 ntAPPRIS P1 BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Adamtsl1-204ENSMUST00000120678 977 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm14760-201ENSMUST00000121831 999 ntBASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 4933427G23Rik-202ENSMUST00000126393 544 ntBASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm15201-201ENSMUST00000136472 1210 ntTSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Gm16282-201ENSMUST00000162641 451 ntTSL 3 BASIC11.35□□□□□ -0.59
Ddx28Q9CWT6 Pced1c-ps-201ENSMUST00000187740 751 ntBASIC11.35□□□□□ -0.59
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 45.5 ms