Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERP3

Trim54, Tripartite motif-containing protein 54, mousemouse

Predictions only

Length 366 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim54Q9ERP3 E2f7-201ENSMUST00000073781 5473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Kcnc2-204ENSMUST00000219301 2944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Nars-201ENSMUST00000025483 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Pcdhgb6-201ENSMUST00000003599 4684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Zfp286-211ENSMUST00000207597 1668 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 2810403A07Rik-201ENSMUST00000029696 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Bcl6-201ENSMUST00000023151 3525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Smad4-202ENSMUST00000114939 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Pik3r1-202ENSMUST00000055518 7113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Hnrnph2-202ENSMUST00000059297 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tnnt3-206ENSMUST00000105944 753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tnnt3-210ENSMUST00000105948 753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tnnt3-212ENSMUST00000105950 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Krtap4-8-201ENSMUST00000107439 983 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Eef1akmt2-202ENSMUST00000120425 573 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 4930595D18Rik-201ENSMUST00000121608 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Retn-202ENSMUST00000169234 1139 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tnnt3-224ENSMUST00000169299 1013 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm19459-201ENSMUST00000176240 835 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tnnt3-226ENSMUST00000180152 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm18711-201ENSMUST00000199341 750 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Timm9-201ENSMUST00000021486 794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AC141438.2-201ENSMUST00000215068 271 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AC153830.1-201ENSMUST00000218522 594 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AC135114.1-201ENSMUST00000228682 270 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Snf8-201ENSMUST00000006217 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Olfr117-201ENSMUST00000073636 954 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Olfr130-201ENSMUST00000087129 954 ntAPPRIS P1 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Sidt1-201ENSMUST00000047446 4279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Egfl6-201ENSMUST00000000412 2704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Klc2-202ENSMUST00000113727 2874 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Fastkd3-201ENSMUST00000051784 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Lnx1-206ENSMUST00000121690 2302 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Bmp2-201ENSMUST00000028836 3555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ddx19b-202ENSMUST00000065784 3104 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 AC171277.1-201ENSMUST00000216902 1441 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Nckipsd-201ENSMUST00000035218 3360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gne-209ENSMUST00000173234 2149 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Smug1-201ENSMUST00000064067 3281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cacna1c-227ENSMUST00000220022 7765 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Zbtb44-205ENSMUST00000216649 3157 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ndufs4-201ENSMUST00000022286 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Map3k2-201ENSMUST00000096575 10791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Washc5-201ENSMUST00000022976 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Pprc1-201ENSMUST00000062322 5205 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Fam217b-201ENSMUST00000094251 4541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Col26a1-202ENSMUST00000111103 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Myo18a-220ENSMUST00000164334 5381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm44260-201ENSMUST00000204946 2094 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Rbm14-201ENSMUST00000006625 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Spata18-203ENSMUST00000113548 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tmem201-203ENSMUST00000105687 3697 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gjc1-202ENSMUST00000092567 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Samd4-202ENSMUST00000100672 4165 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Taf6l-202ENSMUST00000010249 848 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ppil6-201ENSMUST00000105507 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ttc4-202ENSMUST00000106772 935 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Cdk2ap1-202ENSMUST00000111472 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm12857-201ENSMUST00000117678 592 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gng13-202ENSMUST00000172002 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm28686-201ENSMUST00000187404 609 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm42817-201ENSMUST00000198962 607 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 S100a3-205ENSMUST00000200508 587 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm5051-201ENSMUST00000204085 485 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm44126-201ENSMUST00000204831 514 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm35060-201ENSMUST00000207669 825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm40983-201ENSMUST00000222524 502 ntTSL 3 BASIC13.11□□□□□ -0.31
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Trim54Q9ERP3 Cd320-202ENSMUST00000087559 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Olfr1428-201ENSMUST00000087824 945 ntAPPRIS P1 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Fank1-201ENSMUST00000065359 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ccdc30-202ENSMUST00000063642 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm43154-214ENSMUST00000211225 1420 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Epm2aip1-201ENSMUST00000060711 7149 ntAPPRIS P1 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Pja1-204ENSMUST00000113797 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Slc16a2-201ENSMUST00000042664 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Taf6-203ENSMUST00000110937 2093 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Brwd1-202ENSMUST00000099502 8547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Smpd3-201ENSMUST00000067512 5148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ccdc162-208ENSMUST00000179614 2739 ntTSL 5 BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ank2-217ENSMUST00000182610 2231 ntTSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tcf25-203ENSMUST00000211932 5002 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Pex5-205ENSMUST00000112532 3148 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm26616-202ENSMUST00000195676 3107 ntBASIC13.11□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Arntl2-203ENSMUST00000111638 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Arntl2-201ENSMUST00000080530 1740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Exosc1-202ENSMUST00000112123 1499 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm595-201ENSMUST00000114928 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Tgm1-201ENSMUST00000002389 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Efna1-202ENSMUST00000118587 1632 ntTSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm18782-201ENSMUST00000209023 1399 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Fcna-201ENSMUST00000028307 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Msh6-201ENSMUST00000005503 4254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Htr2c-207ENSMUST00000156697 4654 ntTSL 5 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Agpat5-202ENSMUST00000149565 10779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Fut8-201ENSMUST00000062804 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Gm9072-201ENSMUST00000218390 1514 ntBASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Nr3c1-201ENSMUST00000025300 4989 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Ccdc187-201ENSMUST00000057224 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.1□□□□□ -0.31
Trim54Q9ERP3 Duox1-201ENSMUST00000099461 5267 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.1□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 39.3 ms