Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Crybg2-201ENSMUST00000121391 4761 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ccdc97-201ENSMUST00000002683 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Stom-201ENSMUST00000028241 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Cep128-210ENSMUST00000141429 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Taf3-202ENSMUST00000114906 583 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm24590-201ENSMUST00000116699 119 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm6415-201ENSMUST00000118488 348 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm15376-201ENSMUST00000122258 783 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Mir1895-201ENSMUST00000122615 79 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm20407-201ENSMUST00000172891 598 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm24158-201ENSMUST00000175263 71 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm29538-201ENSMUST00000190783 471 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Nckipsd-206ENSMUST00000195323 467 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm43055-201ENSMUST00000198859 879 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ighv8-10-201ENSMUST00000199579 358 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm42734-201ENSMUST00000201656 878 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Hapln3-202ENSMUST00000205782 930 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm44777-203ENSMUST00000206930 571 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm6458-201ENSMUST00000211573 635 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 4930593C16Rik-202ENSMUST00000214011 714 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 AC131743.2-201ENSMUST00000221031 968 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Olfr1076-201ENSMUST00000076263 942 ntAPPRIS P1 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Zfp597-201ENSMUST00000090522 5668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Myf5-201ENSMUST00000000445 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ube2l6-201ENSMUST00000102642 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Bpifa6-201ENSMUST00000109753 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 B230209E15Rik-201ENSMUST00000209115 1597 ntTSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Plekha5-201ENSMUST00000087622 7382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Spag8-202ENSMUST00000107870 1342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm21319-201ENSMUST00000164517 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Dnmt1-201ENSMUST00000004202 5367 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm12280-201ENSMUST00000155836 1624 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm6034-201ENSMUST00000097331 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 4933431E20Rik-201ENSMUST00000131345 5407 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Taco1-201ENSMUST00000002048 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Bean1-206ENSMUST00000213077 1373 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ubl4b-201ENSMUST00000052853 1387 ntAPPRIS P1 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Tmeff2-201ENSMUST00000081851 3343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Wdr13-201ENSMUST00000033506 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm10406-202ENSMUST00000170738 1955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Armc3-202ENSMUST00000114640 2818 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Adgrg5-201ENSMUST00000074570 2802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Radil-203ENSMUST00000110784 3106 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Cdc7-204ENSMUST00000118261 3129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Plekha1-202ENSMUST00000075181 2301 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Mmel1-202ENSMUST00000080559 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Hnf1b-202ENSMUST00000108113 2376 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Rmi1-201ENSMUST00000042450 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Kif1a-201ENSMUST00000086819 5097 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Hyal1-202ENSMUST00000112387 2706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Rab8a-201ENSMUST00000003121 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Btnl1-201ENSMUST00000080254 1861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Nlrp6-203ENSMUST00000183845 4436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Sik2-205ENSMUST00000176663 4107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Mif4gd-202ENSMUST00000106506 993 ntTSL 3 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Tmsb4x-201ENSMUST00000112172 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 H2af-ps-201ENSMUST00000119066 295 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Cep97-204ENSMUST00000121129 989 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Tspan5-203ENSMUST00000121826 1114 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm13185-201ENSMUST00000131044 944 ntTSL 3 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Immp2l-202ENSMUST00000132121 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 1700021F05Rik-202ENSMUST00000147196 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm26464-201ENSMUST00000157094 305 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Vmn1r5-201ENSMUST00000164307 1056 ntAPPRIS P1 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Khdc3-202ENSMUST00000167514 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Dynlt1b-201ENSMUST00000179569 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm7967-201ENSMUST00000190991 399 ntTSL 3 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Myl10-202ENSMUST00000196068 911 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm43094-201ENSMUST00000196549 921 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm43263-201ENSMUST00000201619 560 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Mpv17-209ENSMUST00000202241 903 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Olfr1468-ps1-201ENSMUST00000207287 1208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 0610005C13Rik-209ENSMUST00000211209 974 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 AC154245.1-201ENSMUST00000224615 601 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 AC140368.1-202ENSMUST00000226131 658 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Cidea-201ENSMUST00000025404 1164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Prdx4-201ENSMUST00000026328 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm9898-201ENSMUST00000065469 1161 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Zswim7-201ENSMUST00000072916 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ndufb6-201ENSMUST00000095128 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Olfr615-201ENSMUST00000098198 942 ntAPPRIS P1 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Msh5-201ENSMUST00000007250 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Frmpd2-203ENSMUST00000208577 5192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Topbp1-201ENSMUST00000035164 5224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Glrb-206ENSMUST00000194085 1341 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm45272-203ENSMUST00000211111 1693 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Trub2-201ENSMUST00000048044 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm18630-201ENSMUST00000222109 1397 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 AC101945.2-201ENSMUST00000227886 1377 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Fam214a-205ENSMUST00000215370 4205 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ocln-201ENSMUST00000022140 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Gm28719-201ENSMUST00000187779 1757 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Klhl3-202ENSMUST00000160860 7149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Celf2-225ENSMUST00000183091 2177 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Stim1-202ENSMUST00000209255 4362 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ccnt1-208ENSMUST00000169707 7397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Rnf25-201ENSMUST00000027357 1479 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 AU019823-201ENSMUST00000131351 3316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 AU019823-205ENSMUST00000171462 3339 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.78□□□□□ -0.36
Rnf40Q3U319 Ccl22-201ENSMUST00000034231 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.9 ms