Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Rmi1-201ENSMUST00000042450 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 8430408G22Rik-202ENSMUST00000178241 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rabggtb-202ENSMUST00000167111 1418 ntTSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 4930486L24Rik-201ENSMUST00000091569 1432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Wwtr1-201ENSMUST00000029380 4697 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Slc6a18-204ENSMUST00000220650 1728 ntTSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Spata7-203ENSMUST00000101146 1913 ntTSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm11476-201ENSMUST00000127006 2019 ntTSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Tcirg1-211ENSMUST00000145791 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Tmem169-201ENSMUST00000027380 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Pfkl-201ENSMUST00000020522 3730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Lzts3-202ENSMUST00000089561 4169 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Dnaaf2-201ENSMUST00000021356 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Tbkbp1-205ENSMUST00000118375 3288 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Irak2-202ENSMUST00000089022 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Acin1-216ENSMUST00000141453 2381 ntTSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Zeb2-202ENSMUST00000068415 5624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Dclk1-215ENSMUST00000200352 1662 ntTSL 2 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rfc4-202ENSMUST00000115337 416 ntTSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm13944-201ENSMUST00000126572 721 ntTSL 2 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Nop16-202ENSMUST00000148222 790 ntTSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm16312-201ENSMUST00000156285 362 ntTSL 3 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Smyd1-205ENSMUST00000173297 947 ntTSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm8815-201ENSMUST00000173809 620 ntBASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Mir8115-201ENSMUST00000184992 119 ntBASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm17877-201ENSMUST00000192578 814 ntBASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm44329-201ENSMUST00000197469 112 ntBASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm5298-201ENSMUST00000201122 892 ntBASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Cmtm2a-203ENSMUST00000212492 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AC027700.1-201ENSMUST00000213965 370 ntTSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Cinp-204ENSMUST00000221102 536 ntTSL 2 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AC156501.1-201ENSMUST00000228219 270 ntBASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Prrt3-201ENSMUST00000101059 3304 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm38346-201ENSMUST00000192379 2639 ntBASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rnf214-201ENSMUST00000058720 3964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Pitpnm3-201ENSMUST00000075258 6555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Map4k2-201ENSMUST00000025897 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gabpb1-202ENSMUST00000089745 3254 ntTSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rnft2-202ENSMUST00000121369 4431 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rgs12-201ENSMUST00000030984 5472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Itgal-201ENSMUST00000106306 5195 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Fbn1-202ENSMUST00000103234 11971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Pcgf2-202ENSMUST00000103148 1438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Cab39-201ENSMUST00000097666 2369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Thap1-201ENSMUST00000036807 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.09□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Vps4b-201ENSMUST00000094646 4633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Lpcat1-201ENSMUST00000022099 3675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Lrrfip1-202ENSMUST00000068167 2849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Naa50-201ENSMUST00000063520 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Clec18a-201ENSMUST00000039597 1998 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.64
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Usf1Q61069 Myt1l-204ENSMUST00000218198 2735 ntTSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Lmbr1l-202ENSMUST00000109127 2548 ntTSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Lrrc56-202ENSMUST00000070458 2502 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
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Usf1Q61069 4930470G03Rik-201ENSMUST00000122926 2447 ntTSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Spsb1-201ENSMUST00000038562 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Rph3al-201ENSMUST00000021208 1690 ntTSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Arhgef40-202ENSMUST00000100639 4843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
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Usf1Q61069 Ndc80-201ENSMUST00000024851 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
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Usf1Q61069 Pcdhgb8-202ENSMUST00000208907 2796 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
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Usf1Q61069 4631405J19Rik-204ENSMUST00000145926 936 ntTSL 3 BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Gm23218-201ENSMUST00000158124 276 ntBASIC11.08□□□□□ -0.64
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Usf1Q61069 Gm4654-201ENSMUST00000183305 982 ntBASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 1700025F24Rik-201ENSMUST00000185238 894 ntTSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Gm29499-201ENSMUST00000189151 486 ntBASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Gm28329-201ENSMUST00000191208 689 ntBASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Gm29171-201ENSMUST00000191397 486 ntBASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 A430027H14Rik-202ENSMUST00000192797 618 ntTSL 2 BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 2310074N15Rik-201ENSMUST00000198276 582 ntBASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Pgpep1l-202ENSMUST00000207874 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 6430531B16Rik-204ENSMUST00000209335 898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Mrpl23-206ENSMUST00000210662 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Odf3-201ENSMUST00000026555 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 n-R5s211-201ENSMUST00000093689 119 ntBASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Rpusd2-201ENSMUST00000028796 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Ifnlr1-201ENSMUST00000074408 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Bcl2l13-201ENSMUST00000009256 6925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Abca3-201ENSMUST00000039013 6476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 5730409E04Rik-201ENSMUST00000097886 2886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Spg7-202ENSMUST00000125975 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.08□□□□□ -0.64
Usf1Q61069 Hnf1b-201ENSMUST00000021016 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.08□□□□□ -0.64
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