Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Qsox1-202ENSMUST00000111764 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Pdgfra-205ENSMUST00000201711 4088 ntTSL 1 (best) BASIC11.14□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Bhlhb9-204ENSMUST00000180025 2812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 4931414P19Rik-201ENSMUST00000022786 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Tcea1-201ENSMUST00000081551 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Themis3-201ENSMUST00000024914 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Fam49a-201ENSMUST00000069005 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm12248-202ENSMUST00000218429 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Cdc14a-202ENSMUST00000106491 4292 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Inpp5e-205ENSMUST00000145701 4147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rgs16-201ENSMUST00000027748 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Cacna2d2-204ENSMUST00000166799 3474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Dnmt3b-208ENSMUST00000109772 4015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rinl-201ENSMUST00000059857 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ormdl2-201ENSMUST00000026409 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ints6-202ENSMUST00000223585 10883 ntAPPRIS P1 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ankrd34a-201ENSMUST00000058943 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Bag6-203ENSMUST00000172571 3599 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Nub1-201ENSMUST00000068825 3269 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Grin1-202ENSMUST00000114307 4127 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Kif3a-208ENSMUST00000173744 2257 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Krtap4-16-201ENSMUST00000107437 954 ntAPPRIS P1 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rs1-202ENSMUST00000112368 731 ntTSL 3 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Armcx6-202ENSMUST00000113194 2120 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm15725-201ENSMUST00000119947 1090 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm12628-201ENSMUST00000122193 382 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Plgrkt-209ENSMUST00000152936 604 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm15523-201ENSMUST00000160463 439 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Agtpbp1-219ENSMUST00000170378 653 ntTSL 3 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm23045-201ENSMUST00000175041 96 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm6771-201ENSMUST00000182716 1001 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm8956-201ENSMUST00000203939 825 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm19091-201ENSMUST00000208120 978 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm11634-202ENSMUST00000209862 573 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm45575-201ENSMUST00000210283 548 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 2010001M07Rik-201ENSMUST00000214235 364 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Pgpep1l-201ENSMUST00000032770 953 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Zmynd15-201ENSMUST00000039093 2804 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Dnaaf1-201ENSMUST00000093100 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Lbr-201ENSMUST00000005003 3510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Cyp2b10-201ENSMUST00000005477 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Txlng-203ENSMUST00000112315 2525 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Colgalt1-201ENSMUST00000047903 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ttbk2-202ENSMUST00000057135 11066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ddx24-202ENSMUST00000110001 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ppil2-212ENSMUST00000164458 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Lyar-202ENSMUST00000114106 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Lrrc8e-201ENSMUST00000053035 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Mast1-202ENSMUST00000119820 2078 ntTSL 5 BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Twf1-201ENSMUST00000023087 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Sorl1-201ENSMUST00000060989 10715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Mkl1-209ENSMUST00000149582 4366 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Arhgap33-207ENSMUST00000208538 4372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Usp19-203ENSMUST00000166103 4473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Atp8a1-202ENSMUST00000072971 7154 ntTSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Brwd1-202ENSMUST00000099502 8547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm38094-201ENSMUST00000195864 2978 ntBASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Hapln4-201ENSMUST00000007738 3648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.13□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gpd2-201ENSMUST00000028167 5620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rabep2-201ENSMUST00000106405 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Sumf2-204ENSMUST00000171300 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm10392-201ENSMUST00000100807 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rsbn1l-202ENSMUST00000196780 7651 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Tenm3-201ENSMUST00000033965 8961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Slc6a18-210ENSMUST00000223074 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Slc6a6-201ENSMUST00000032185 6186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Mob3c-201ENSMUST00000030477 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Mat2b-202ENSMUST00000101347 2053 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Pcnx-201ENSMUST00000021567 12139 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Styxl1-208ENSMUST00000178515 1651 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Pex19-201ENSMUST00000075895 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Slc23a4-201ENSMUST00000044387 2175 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ucp3-201ENSMUST00000032958 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Hist1h3d-201ENSMUST00000105105 1249 ntAPPRIS P1 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm11949-201ENSMUST00000117640 372 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Mrps17-204ENSMUST00000119604 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Dmrtc1a-204ENSMUST00000121197 1067 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Vps25-205ENSMUST00000121331 790 ntTSL 2 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm13605-201ENSMUST00000124489 658 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 5730437C11Rik-201ENSMUST00000155540 242 ntTSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm38228-201ENSMUST00000193169 1293 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm43186-201ENSMUST00000198130 824 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm18711-201ENSMUST00000199341 750 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gtf3c6-201ENSMUST00000019982 887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AA545190-201ENSMUST00000203495 1053 ntTSL 2 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm45285-201ENSMUST00000210418 749 ntTSL 3 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AC166341.2-201ENSMUST00000220571 120 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AC154257.1-202ENSMUST00000224729 843 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AC154184.3-201ENSMUST00000225620 1090 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AC154176.1-201ENSMUST00000225897 220 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 AC121960.1-201ENSMUST00000227982 564 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Npff-201ENSMUST00000023814 540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Nmur1-201ENSMUST00000027440 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Olfr284-201ENSMUST00000063289 918 ntAPPRIS P1 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Gm5705-201ENSMUST00000066241 711 ntBASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Rpl15-201ENSMUST00000079419 883 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Mcm6-201ENSMUST00000027601 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Tbcel-206ENSMUST00000138506 1534 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Ccdc159-202ENSMUST00000170304 1519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Usf1Q61069 Zeb2-201ENSMUST00000028229 5335 ntTSL 1 (best) BASIC11.12□□□□□ -0.63
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 53.2 ms