Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Hes7-201ENSMUST00000024543 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Mbp-208ENSMUST00000114676 1685 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Tpm1-206ENSMUST00000113686 998 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Yy1-201ENSMUST00000021692 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Wrap73-201ENSMUST00000030895 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Asph-201ENSMUST00000038564 1174 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Asph-205ENSMUST00000098275 1007 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Ears2-201ENSMUST00000033159 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Amn-201ENSMUST00000021707 1701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 9230116N13Rik-201ENSMUST00000181746 2097 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Fndc4-201ENSMUST00000041266 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Dctn3-203ENSMUST00000171641 885 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Mcoln1-201ENSMUST00000004683 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Hif1a-203ENSMUST00000110464 1759 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Prr7-201ENSMUST00000046533 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Tle1-205ENSMUST00000107337 2067 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 2700081O15Rik-202ENSMUST00000159348 4989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Uchl5-206ENSMUST00000189936 1696 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Ikbip-202ENSMUST00000020150 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20387-201ENSMUST00000173609 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Hoxa9-202ENSMUST00000114425 851 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Spr-203ENSMUST00000174769 1029 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Gm4430-201ENSMUST00000192413 1943 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
Ccdc39Q9D5Y1 Slc35e2-203ENSMUST00000118607 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Scarb1-202ENSMUST00000111390 2367 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Sumf1-206ENSMUST00000172188 723 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gm21956-201ENSMUST00000179946 522 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Polr1d-201ENSMUST00000050970 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Smim19-201ENSMUST00000033935 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Morf4l1-201ENSMUST00000085248 1882 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gm15202-201ENSMUST00000154188 393 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Prpsap2-204ENSMUST00000168115 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Slc30a1-201ENSMUST00000044954 5244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12922-201ENSMUST00000120626 809 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Shisa8-201ENSMUST00000179269 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 E130307A14Rik-201ENSMUST00000129191 2011 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Kdm3b-204ENSMUST00000224715 2032 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Setd6-201ENSMUST00000034096 1707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gm42418-201ENSMUST00000182010 1831 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13429-202ENSMUST00000128242 692 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem191c-213ENSMUST00000164950 1394 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Amh-201ENSMUST00000036016 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Grap-201ENSMUST00000004959 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Zcchc2-202ENSMUST00000119166 6368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Fastk-201ENSMUST00000030800 1893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 E130307A14Rik-202ENSMUST00000133302 438 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Rgs6-202ENSMUST00000161801 2141 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
Ccdc39Q9D5Y1 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Kctd20-201ENSMUST00000057174 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Maf1-201ENSMUST00000023212 1686 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Gm13001-201ENSMUST00000154285 774 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ccdc39Q9D5Y1 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.4 ms