Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 2810404F17Rik-201ENSMUST00000156615 1704 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Dnmt3l-205ENSMUST00000138785 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gprc5c-208ENSMUST00000177952 1809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Trappc5-202ENSMUST00000207787 4411 ntAPPRIS P1 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 A630075F10Rik-201ENSMUST00000180895 1913 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Ttc14-201ENSMUST00000099153 9661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Ddx55-202ENSMUST00000111438 2737 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gdpd5-208ENSMUST00000213887 2711 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm4995-201ENSMUST00000117247 432 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm12656-201ENSMUST00000118149 577 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm11233-201ENSMUST00000122357 634 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Med11-202ENSMUST00000151013 445 ntTSL 2 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 2810403D21Rik-208ENSMUST00000153212 1005 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Nnat-209ENSMUST00000173793 386 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm9061-201ENSMUST00000182707 1006 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm27533-201ENSMUST00000183800 152 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm28455-201ENSMUST00000189105 1290 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm43125-201ENSMUST00000201724 730 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 AC159263.1-201ENSMUST00000220746 482 ntTSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 AC154595.1-201ENSMUST00000225533 1059 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 AC154683.1-201ENSMUST00000228409 1284 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Rps10-201ENSMUST00000025052 519 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Fam241b-202ENSMUST00000064050 1096 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm6594-201ENSMUST00000097278 288 ntAPPRIS P1 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm5136-201ENSMUST00000218023 1397 ntAPPRIS P1 BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Palb2-201ENSMUST00000063587 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 2900041M22Rik-201ENSMUST00000155384 1784 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm19692-201ENSMUST00000203856 2084 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Svopl-202ENSMUST00000096040 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Knop1-206ENSMUST00000126792 3253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Cbx7-201ENSMUST00000089293 3388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Frmd4a-202ENSMUST00000091497 6208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Zfp536-202ENSMUST00000175941 4423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 AC122811.1-201ENSMUST00000222257 2921 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Nuak2-201ENSMUST00000072177 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Hvcn1-202ENSMUST00000100747 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm37580-201ENSMUST00000192408 2800 ntBASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Ccdc189-201ENSMUST00000072155 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Ttll10-202ENSMUST00000051509 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 0610040F04Rik-201ENSMUST00000137478 1734 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Asb13-201ENSMUST00000042288 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm26681-201ENSMUST00000180851 1440 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm2109-201ENSMUST00000189326 1409 ntTSL 1 (best) BASIC12.88□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gripap1-202ENSMUST00000101694 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Rbm10-207ENSMUST00000177738 2790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm45187-201ENSMUST00000207697 2760 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Calm1-202ENSMUST00000110082 4115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Rnf170-201ENSMUST00000014022 3929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Hs3st1-202ENSMUST00000117944 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 AC091764.2-201ENSMUST00000218190 1590 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Frmd8-201ENSMUST00000025728 4504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Lef1-201ENSMUST00000029611 3482 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 B3gntl1-201ENSMUST00000062654 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Aicda-201ENSMUST00000043301 2405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm11622-201ENSMUST00000120525 691 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm14966-202ENSMUST00000129675 649 ntTSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 4933427I22Rik-201ENSMUST00000138672 393 ntTSL 3 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm13849-201ENSMUST00000153328 835 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Mymx-202ENSMUST00000169137 616 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Trp53tg5-201ENSMUST00000017864 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 2310040G24Rik-202ENSMUST00000189386 775 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Fam71e1-204ENSMUST00000205422 366 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm17795-201ENSMUST00000214505 757 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Ndufaf2-202ENSMUST00000223734 556 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Tssk3-201ENSMUST00000000421 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Vmn1r35-201ENSMUST00000071414 891 ntAPPRIS P1 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Spink11-201ENSMUST00000097587 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Tmcc1-210ENSMUST00000204353 2851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Sugp1-201ENSMUST00000011450 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Aars2-201ENSMUST00000024733 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Slc25a45-202ENSMUST00000125114 2599 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Onecut1-201ENSMUST00000056006 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Pbrm1-208ENSMUST00000112098 6566 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Inpp4a-206ENSMUST00000132615 3038 ntTSL 5 BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Alms1-ps1-201ENSMUST00000159498 2166 ntBASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gck-201ENSMUST00000102920 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm10767-202ENSMUST00000168767 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Trim11-202ENSMUST00000108809 3522 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gstcd-201ENSMUST00000029651 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Ccdc7a-202ENSMUST00000108747 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Crispld2-201ENSMUST00000034282 2898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Vrk1-204ENSMUST00000220629 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Fetub-201ENSMUST00000023587 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Fuca2-201ENSMUST00000060212 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm12968-201ENSMUST00000138291 1454 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Caln1-201ENSMUST00000086029 1801 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Mir466f-2-201ENSMUST00000104805 94 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Etfrf1-204ENSMUST00000111723 842 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm12291-201ENSMUST00000121627 311 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Hras-203ENSMUST00000124314 1073 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Mcfd2-202ENSMUST00000129616 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm14040-201ENSMUST00000139058 697 ntTSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm29456-201ENSMUST00000189894 768 ntTSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm44081-201ENSMUST00000204406 643 ntTSL 3 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 AC087891.2-201ENSMUST00000219293 658 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Gm34466-201ENSMUST00000222218 505 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 AC154730.1-201ENSMUST00000227874 816 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 H2-Oa-201ENSMUST00000025192 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Zscan10-201ENSMUST00000095595 2698 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
Rnf40Q3U319 Oplah-209ENSMUST00000171340 4085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.2 ms