Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 D130043K22Rik-201ENSMUST00000006893 4973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Numa1-201ENSMUST00000084852 7180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Capn3-205ENSMUST00000110719 2778 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm26577-201ENSMUST00000180680 2184 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Slc37a2-201ENSMUST00000115068 5943 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm4316-201ENSMUST00000212411 2617 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Pef1-201ENSMUST00000030563 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gpr12-203ENSMUST00000197431 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Ccdc81-201ENSMUST00000041195 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Armt1-201ENSMUST00000095893 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Men1-210ENSMUST00000166909 295 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Ighv2-3-201ENSMUST00000178229 347 ntAPPRIS P1 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm20033-203ENSMUST00000180912 796 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 2900093K20Rik-201ENSMUST00000190930 567 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm19184-201ENSMUST00000196798 928 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm42627-201ENSMUST00000197347 224 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Crip2-206ENSMUST00000200380 864 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Mrto4-ps1-201ENSMUST00000220565 721 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 CU024892.2-201ENSMUST00000224608 832 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Mrto4-201ENSMUST00000030513 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm17383-201ENSMUST00000078739 1041 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Iffo2-202ENSMUST00000123827 2036 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gucy2e-203ENSMUST00000108665 3645 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Plpbp-201ENSMUST00000033875 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Slc29a1-203ENSMUST00000097317 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Alx1-201ENSMUST00000040859 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Rabep1-203ENSMUST00000100928 3860 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Cds2-201ENSMUST00000089461 8073 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Pole2-201ENSMUST00000021359 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Cox10-201ENSMUST00000049091 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Phf21b-201ENSMUST00000016768 3377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 C130050O18Rik-201ENSMUST00000052176 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Rnf180-205ENSMUST00000226044 3279 ntAPPRIS ALT2 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Hmgcs2-202ENSMUST00000120541 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Abat-203ENSMUST00000115839 2414 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Olfr61-202ENSMUST00000210241 1348 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Mapk4-201ENSMUST00000091851 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Tpra1-219ENSMUST00000203345 3359 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Zscan29-201ENSMUST00000079024 2465 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gnb2-202ENSMUST00000111020 1470 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gsdma3-201ENSMUST00000073295 1477 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Pank4-202ENSMUST00000070953 2706 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Ephb6-201ENSMUST00000114732 3762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Arap1-202ENSMUST00000084896 4926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 C5ar1-202ENSMUST00000168818 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Usp3-205ENSMUST00000127569 5607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Tex19.1-201ENSMUST00000039088 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 6030458C11Rik-202ENSMUST00000227299 3206 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Abi1-203ENSMUST00000093171 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm38140-201ENSMUST00000193617 2755 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Ptprh-201ENSMUST00000049113 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Cpsf4l-203ENSMUST00000106617 1123 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Pole-203ENSMUST00000112482 747 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Spdye4b-202ENSMUST00000159781 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Synj2bp-205ENSMUST00000169158 691 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Rwdd3-209ENSMUST00000170781 1111 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm17180-201ENSMUST00000172211 435 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Calhm3-201ENSMUST00000178630 1044 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Proscos-202ENSMUST00000178990 666 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Dcdc2b-203ENSMUST00000179209 864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm29019-202ENSMUST00000188623 564 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm38266-201ENSMUST00000194931 421 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Dkkl1-204ENSMUST00000210741 662 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Spc24-204ENSMUST00000216057 627 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Eaf2-201ENSMUST00000023537 849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Tmem86b-201ENSMUST00000055085 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Utp23-201ENSMUST00000059599 740 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm3695-201ENSMUST00000087222 1009 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Trpt1-201ENSMUST00000088223 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Cct3-ps1-201ENSMUST00000118023 1647 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Zfp207-206ENSMUST00000165565 2311 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Trmt61b-202ENSMUST00000137830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Serpina1f-202ENSMUST00000117053 2830 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Tspan12-201ENSMUST00000031678 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Cd300lg-201ENSMUST00000017453 2353 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Tacc2-201ENSMUST00000033141 3940 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Trappc5-202ENSMUST00000207787 4411 ntAPPRIS P1 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Cxadr-202ENSMUST00000114229 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Car3-201ENSMUST00000029076 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Clpx-201ENSMUST00000015501 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gpat3-201ENSMUST00000031255 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Sorcs1-206ENSMUST00000209783 3489 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Gm28036-202ENSMUST00000132494 5505 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Lgr5-208ENSMUST00000173740 2508 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Mei4-202ENSMUST00000189391 1817 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Got1-201ENSMUST00000026196 2058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Rbm14-201ENSMUST00000006625 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Trpv1-201ENSMUST00000006106 2340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.51
Lire1P11260 St6galnac6-202ENSMUST00000081879 2345 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
Lire1P11260 Rasa3-201ENSMUST00000117551 4404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Paqr8-202ENSMUST00000167119 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 AC160410.1-201ENSMUST00000219298 1972 ntBASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Gfm1-201ENSMUST00000077271 4078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Taok1-202ENSMUST00000058496 12409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Oprm1-215ENSMUST00000105607 2369 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Atp5f1-201ENSMUST00000118209 1604 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Nptn-206ENSMUST00000176557 1898 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Gm26878-201ENSMUST00000181778 1644 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Hnrnpf-203ENSMUST00000167182 2271 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.83□□□□□ -0.52
Lire1P11260 Wdr13-201ENSMUST00000033506 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.2 ms