Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cdk13-201ENSMUST00000042365 5202 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Spry1-202ENSMUST00000108107 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Rapgefl1-202ENSMUST00000107479 4855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Tmem64-201ENSMUST00000062684 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Gm9934-202ENSMUST00000191246 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Zbed3-201ENSMUST00000045909 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Stau2-217ENSMUST00000162751 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Tbc1d25-204ENSMUST00000172020 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Lgr4-202ENSMUST00000111037 4988 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Smim10l2a-201ENSMUST00000068106 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Donson-203ENSMUST00000117159 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
Rnf40Q3U319 Nrg3-203ENSMUST00000173780 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 N4bp1-201ENSMUST00000034074 6469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Bcl10-201ENSMUST00000029842 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Rab1a-203ENSMUST00000109602 2626 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Oser1-201ENSMUST00000046908 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Dact2-201ENSMUST00000053218 2808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Gab2-202ENSMUST00000206791 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Hrh3-201ENSMUST00000056480 2706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Trp73-204ENSMUST00000105644 5042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Spint1-203ENSMUST00000110817 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Klrg2-201ENSMUST00000096030 2276 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Gm9833-201ENSMUST00000061419 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Dvl3-203ENSMUST00000171572 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Zbed3-202ENSMUST00000221807 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Tmub1-202ENSMUST00000115033 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Vstm2b-201ENSMUST00000044705 2627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Pdzd3-201ENSMUST00000034618 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Gm5112-201ENSMUST00000204407 2368 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Ube2h-202ENSMUST00000102993 4657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Anp32b-201ENSMUST00000102926 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Capns1-203ENSMUST00000126116 1429 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Carm1-202ENSMUST00000115394 3320 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Rnf187-201ENSMUST00000094151 1949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Pacsin2-201ENSMUST00000056177 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Krt76-201ENSMUST00000100179 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 4430402I18Rik-201ENSMUST00000025872 2152 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 AC164883.3-201ENSMUST00000227396 1774 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
Rnf40Q3U319 Ddost-201ENSMUST00000030538 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gjc2-201ENSMUST00000108790 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gm9725-202ENSMUST00000166229 2326 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Six3os1-206ENSMUST00000175921 2737 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 8430422M14Rik-201ENSMUST00000199608 822 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 AC153911.1-201ENSMUST00000220378 758 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Dus1l-209ENSMUST00000167023 1909 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Dus1l-201ENSMUST00000026151 1930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Mrps16-201ENSMUST00000061444 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Rab28-201ENSMUST00000031011 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Ubxn2a-203ENSMUST00000142867 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Pgam1-201ENSMUST00000011896 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Acsl6-209ENSMUST00000108904 2594 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Dedd2-202ENSMUST00000205271 1942 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Bmpr1a-201ENSMUST00000049005 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Zfp213-201ENSMUST00000095606 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Pdcd2-205ENSMUST00000154293 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Smap2-201ENSMUST00000043200 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Gm8093-201ENSMUST00000128935 1892 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Bnc2-214ENSMUST00000176612 3963 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Ccr10-201ENSMUST00000062759 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Rnf40Q3U319 Hoxb6-202ENSMUST00000173432 1964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
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