Protein–RNA interactions for Protein: P97436

Nkx3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, mousemouse

Predictions only

Length 237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nkx3-1P97436 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Cept1-203ENSMUST00000121231 2121 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Bex4-201ENSMUST00000116527 837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Mrpl16-201ENSMUST00000167199 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 1700064M15Rik-201ENSMUST00000185726 645 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Bag1-204ENSMUST00000215842 1068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Kcnk15-201ENSMUST00000044798 1199 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Ikzf1-202ENSMUST00000048122 911 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Krtap5-2-201ENSMUST00000067978 937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
Nkx3-1P97436 Gm9207-201ENSMUST00000198773 1115 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Rnf44-208ENSMUST00000128257 1689 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Eva1b-201ENSMUST00000052876 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Rab26-201ENSMUST00000035797 1575 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 C1ql4-201ENSMUST00000064462 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Psip1-202ENSMUST00000107214 1973 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Pnrc1-201ENSMUST00000049357 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Zfp618-201ENSMUST00000030043 1582 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Ss18l2-201ENSMUST00000035113 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Zcchc2-201ENSMUST00000118196 5796 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Hrh3-203ENSMUST00000164442 1242 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Gm9870-201ENSMUST00000063874 645 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Ctage5-211ENSMUST00000176322 2649 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Arnt2-201ENSMUST00000085077 6151 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Gm4553-202ENSMUST00000210925 1044 ntAPPRIS P5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Lrrc59-201ENSMUST00000021239 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Ier3ip1-201ENSMUST00000026487 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Ubtd1-201ENSMUST00000026170 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Psme4-201ENSMUST00000041231 6491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Tsc22d1-203ENSMUST00000101618 1043 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Rps19bp1-201ENSMUST00000052499 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Adgrb1-201ENSMUST00000042035 6228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Agap2-202ENSMUST00000217941 5573 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Zranb1-202ENSMUST00000106157 5008 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Pdcd5-201ENSMUST00000118501 684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Cdv3-ps-201ENSMUST00000169632 827 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
Nkx3-1P97436 Pwwp2b-202ENSMUST00000172136 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Pet117-201ENSMUST00000183618 693 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Txnrd1-208ENSMUST00000219962 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Tmed10-201ENSMUST00000040766 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 0610039K10Rik-202ENSMUST00000184724 952 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 AC138214.1-201ENSMUST00000223838 420 ntAPPRIS P1 BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 C1qc-201ENSMUST00000046332 1203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Lemd3-202ENSMUST00000119944 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Ksr1-201ENSMUST00000018478 5495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Nkx3-1P97436 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.6 ms