Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 Cage1-202ENSMUST00000089840 3449 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Lrrc7-204ENSMUST00000199890 6326 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Nacc2-201ENSMUST00000028300 6378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Ccdc159-202ENSMUST00000170304 1519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Ttc23-202ENSMUST00000107470 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Spred3-201ENSMUST00000048923 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Ubap2l-202ENSMUST00000064639 4073 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Ighg2c-201ENSMUST00000103416 1214 ntAPPRIS P5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
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Trim28Q62318 Platr29-201ENSMUST00000130022 830 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Gm14249-201ENSMUST00000156239 1017 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
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Trim28Q62318 Gm5369-201ENSMUST00000217499 588 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Ift43-205ENSMUST00000222821 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Ms4a8a-201ENSMUST00000025636 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
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Trim28Q62318 St8sia1-201ENSMUST00000032421 8991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Phactr3-203ENSMUST00000108915 2694 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 1520401A03Rik-205ENSMUST00000201734 2660 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Azi2-201ENSMUST00000044454 3396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
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Trim28Q62318 Med14-202ENSMUST00000096495 6963 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 5430419D17Rik-201ENSMUST00000050586 2928 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Trim28Q62318 Adam23-201ENSMUST00000087374 6426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
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Trim28Q62318 Ttc34-201ENSMUST00000050220 3200 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
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Trim28Q62318 Cbs-203ENSMUST00000118504 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
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Trim28Q62318 Gm28778-201ENSMUST00000190734 785 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 S100a3-205ENSMUST00000200508 587 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
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Trim28Q62318 Snf8-201ENSMUST00000006217 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Polrmt-202ENSMUST00000159016 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
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Trim28Q62318 Lhfpl1-201ENSMUST00000040084 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Slc19a2-201ENSMUST00000044021 3571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Rftn2-202ENSMUST00000114428 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Ndufs4-201ENSMUST00000022286 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Klhl8-202ENSMUST00000112811 2577 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Zc3hc1-203ENSMUST00000115184 1504 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Pgghg-201ENSMUST00000079403 2981 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Ccdc89-201ENSMUST00000061391 2093 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Thap1-201ENSMUST00000036807 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Batf2-201ENSMUST00000045042 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 AC159308.2-201ENSMUST00000213592 2325 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Cacna1g-201ENSMUST00000021234 8139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Det1-202ENSMUST00000107431 1439 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 St13-205ENSMUST00000172107 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Mdga1-208ENSMUST00000171691 8339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Tbc1d30-201ENSMUST00000064107 5695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Slc7a3-201ENSMUST00000073927 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Trim28Q62318 Cpne4-201ENSMUST00000057742 3959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.4 ms