Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Stx5a-213ENSMUST00000176381 2251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Pogk-202ENSMUST00000128861 4848 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Tbc1d14-210ENSMUST00000140607 4649 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Tax1bp1-201ENSMUST00000080723 3285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Fbxl5-211ENSMUST00000196483 2814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Mrap2-201ENSMUST00000049457 1931 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Tnf-201ENSMUST00000025263 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 2900026A02Rik-203ENSMUST00000212276 5864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Zdhhc20-205ENSMUST00000226057 2179 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Tcf4-252ENSMUST00000202477 1873 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Jak3-203ENSMUST00000110013 4009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Jak3-201ENSMUST00000051995 4019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Runx3-201ENSMUST00000056977 3884 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Trim55-201ENSMUST00000029139 2595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Olfr140-202ENSMUST00000111506 3449 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Nr5a2-202ENSMUST00000168126 3446 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 2810408A11Rik-202ENSMUST00000100969 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Vill-203ENSMUST00000126251 1411 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm26872-201ENSMUST00000180862 2261 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Olfr362-201ENSMUST00000100144 954 ntAPPRIS P1 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Myl4-203ENSMUST00000106957 943 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Higd1b-202ENSMUST00000107072 497 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Higd1b-203ENSMUST00000107073 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Get4-202ENSMUST00000110878 1180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Mvk-206ENSMUST00000137167 1049 ntTSL 2 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm16156-201ENSMUST00000141168 713 ntTSL 3 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 5330439A09Rik-201ENSMUST00000162770 1117 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ube2m-208ENSMUST00000165394 1228 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Esp18-201ENSMUST00000179848 1257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm26839-201ENSMUST00000180686 842 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 1700095B10Rik-201ENSMUST00000182349 978 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm38000-201ENSMUST00000192390 1215 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Mpv17-203ENSMUST00000200833 1171 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm44554-201ENSMUST00000208738 147 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Coa6-202ENSMUST00000211868 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Miox-201ENSMUST00000023282 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ly6g6f-201ENSMUST00000038507 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 2300002M23Rik-201ENSMUST00000044326 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Hist1h2aa-201ENSMUST00000072391 390 ntAPPRIS P1 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ftl1-201ENSMUST00000094434 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Shank2-202ENSMUST00000105900 8169 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 C230014O12Rik-201ENSMUST00000134921 2668 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Exoc3l4-209ENSMUST00000222897 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Itpr3-201ENSMUST00000049308 8990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Kifap3-201ENSMUST00000027877 3946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Spop-201ENSMUST00000107722 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Smc4-201ENSMUST00000042901 4316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Rtn4-202ENSMUST00000078830 3615 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Mtap-201ENSMUST00000058030 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ap3s1-201ENSMUST00000025357 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm26735-201ENSMUST00000180992 2649 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Adam32-202ENSMUST00000121438 2450 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Pcgf2-207ENSMUST00000179765 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ctsc-201ENSMUST00000032779 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Rplp0-201ENSMUST00000086519 1358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Cyyr1-201ENSMUST00000114174 5464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Jak1-201ENSMUST00000102781 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 AC126257.2-201ENSMUST00000215507 2300 ntBASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Klhl8-202ENSMUST00000112811 2577 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Trappc2-203ENSMUST00000116495 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Arhgef9-206ENSMUST00000113884 3784 ntTSL 5 BASIC13.17□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gsdma3-201ENSMUST00000073295 1477 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 1520401A03Rik-205ENSMUST00000201734 2660 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Rgs7bp-201ENSMUST00000063551 7077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ccnh-204ENSMUST00000164127 1718 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm39204-201ENSMUST00000210045 1307 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Zfp772-201ENSMUST00000074455 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Lrp1-203ENSMUST00000121829 2887 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Mroh1-204ENSMUST00000159218 5085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Pygo1-201ENSMUST00000038489 7916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ctps2-205ENSMUST00000112302 3223 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Unc5c-202ENSMUST00000106236 9646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Lamb3-209ENSMUST00000194677 4867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm10999-201ENSMUST00000108743 207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gtf2a2-202ENSMUST00000118198 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Pcp2-204ENSMUST00000136105 504 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Cenpa-206ENSMUST00000149759 346 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm15940-201ENSMUST00000156011 817 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Cep41-210ENSMUST00000169422 438 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Ap2s1-204ENSMUST00000205607 372 ntTSL 3 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm34964-201ENSMUST00000207398 417 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 AC132104.1-201ENSMUST00000213615 260 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm17870-201ENSMUST00000219489 1174 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 4930449E01Rik-201ENSMUST00000022711 595 ntTSL 2 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 AC154276.1-201ENSMUST00000228874 1299 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm26035-201ENSMUST00000083065 308 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Cenpm-201ENSMUST00000089155 1109 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gm5941-201ENSMUST00000096371 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Palld-204ENSMUST00000121785 6349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Eef2k-203ENSMUST00000106488 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gnas-209ENSMUST00000109088 3519 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gnas-201ENSMUST00000080493 3519 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Gucy2e-203ENSMUST00000108665 3645 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 H2-Ob-202ENSMUST00000167280 1878 ntTSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Camsap3-205ENSMUST00000207432 3865 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Vmn1r45-202ENSMUST00000226167 2893 ntBASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Lmbr1-202ENSMUST00000179191 4836 ntTSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Adam32-201ENSMUST00000119720 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.16□□□□□ -0.3
Rnf40Q3U319 Dnmt3c-201ENSMUST00000119996 2223 ntAPPRIS P1 BASIC13.16□□□□□ -0.3
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