Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Mb-202ENSMUST00000166179 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ift27-201ENSMUST00000016781 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Mb-203ENSMUST00000169226 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Prss55-203ENSMUST00000171503 1074 ntTSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm27701-201ENSMUST00000184498 110 ntBASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Dnajb6-210ENSMUST00000196528 1018 ntTSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm43416-201ENSMUST00000201916 1015 ntBASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 AC135669.1-201ENSMUST00000213585 412 ntBASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ngf-201ENSMUST00000035952 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm11563-201ENSMUST00000092695 1012 ntAPPRIS P1 BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Tldc2-201ENSMUST00000099140 608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Sv2a-201ENSMUST00000035371 4334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Rab11fip5-201ENSMUST00000060837 4035 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Sufu-201ENSMUST00000039922 4522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Jph2-202ENSMUST00000109425 4155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Rin2-202ENSMUST00000110005 4641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Setd1a-201ENSMUST00000047075 6487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Fuk-201ENSMUST00000041382 3838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Accsl-201ENSMUST00000099690 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Tenm3-206ENSMUST00000190840 8663 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Etf1-201ENSMUST00000025218 3709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Pnpla6-202ENSMUST00000111070 4496 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.94□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Dgkz-203ENSMUST00000111303 4169 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gfod2-201ENSMUST00000013294 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm9279-201ENSMUST00000223175 1606 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm44758-201ENSMUST00000206096 2068 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Pef1-201ENSMUST00000030563 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Mid1-215ENSMUST00000171433 2546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gata3-201ENSMUST00000102976 3215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm43858-201ENSMUST00000199418 1778 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ly75-202ENSMUST00000112533 6901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ccdc160-201ENSMUST00000101588 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Cngb1-201ENSMUST00000093268 1512 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ptdss2-201ENSMUST00000026568 3624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Cyb561d1-201ENSMUST00000065664 4058 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Cog7-203ENSMUST00000205438 3355 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Zfp961-202ENSMUST00000131237 2689 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ighv5-17-201ENSMUST00000103459 405 ntAPPRIS P1 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Tssc4-202ENSMUST00000105920 895 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Mapkapk5-205ENSMUST00000111786 975 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Map7-202ENSMUST00000116259 3831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Sec11a-202ENSMUST00000117383 1094 ntTSL 2 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Tmem128-202ENSMUST00000119047 726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ccl25-205ENSMUST00000127460 867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Tmem80-205ENSMUST00000132061 667 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Pfdn5-205ENSMUST00000166658 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm5866-201ENSMUST00000177881 973 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm21887-201ENSMUST00000178789 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm34549-203ENSMUST00000208300 896 ntTSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm8463-201ENSMUST00000208573 613 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm45564-201ENSMUST00000210460 530 ntTSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 AC169036.1-201ENSMUST00000227994 296 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm26035-201ENSMUST00000083065 308 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Hmox2-201ENSMUST00000004172 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Pcdhgb5-201ENSMUST00000192535 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Heatr3-202ENSMUST00000121949 3086 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Trim9-209ENSMUST00000222316 3049 ntTSL 2 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Zfp108-203ENSMUST00000206777 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Dab2ip-201ENSMUST00000065001 6392 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 4930423D22Rik-201ENSMUST00000221909 1674 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Ptprt-203ENSMUST00000109443 12112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Incenp-201ENSMUST00000025562 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Arap1-202ENSMUST00000084896 4926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Mast1-202ENSMUST00000119820 2078 ntTSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Prrxl1-201ENSMUST00000068938 1610 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Dhx30-212ENSMUST00000197928 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Cux1-204ENSMUST00000175975 10945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Osbp2-203ENSMUST00000102950 3077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Tcf4-250ENSMUST00000202458 2610 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Krt17-201ENSMUST00000080893 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Cflar-202ENSMUST00000097722 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Mmp28-202ENSMUST00000103209 3438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Acin1-208ENSMUST00000126166 2369 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 AI464131-201ENSMUST00000054920 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Hmgb3-201ENSMUST00000015361 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Smpd4-206ENSMUST00000163997 1722 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 CT009757.3-201ENSMUST00000223367 2320 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Nhlrc2-201ENSMUST00000071423 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Mettl13-201ENSMUST00000028017 4541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Wnt16-202ENSMUST00000128245 3285 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Sema4a-202ENSMUST00000107531 2897 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Rabif-201ENSMUST00000047978 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Foxk1-201ENSMUST00000072837 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Brf2-201ENSMUST00000033877 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Trav13d-2-201ENSMUST00000103596 264 ntAPPRIS P1 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Trav13n-2-201ENSMUST00000103622 264 ntAPPRIS P1 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 R3hdml-201ENSMUST00000109416 1094 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm13612-201ENSMUST00000119276 390 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Arhgap27os1-201ENSMUST00000130556 923 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Mad2l1bp-201ENSMUST00000171172 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm9630-201ENSMUST00000178304 885 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 2700012I20Rik-201ENSMUST00000180525 684 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Neurl3-202ENSMUST00000188666 1206 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm28911-201ENSMUST00000188837 117 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 C330022C24Rik-201ENSMUST00000190581 1077 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 5330425B07Rik-201ENSMUST00000196714 1027 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm18018-201ENSMUST00000198273 408 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Gm43240-201ENSMUST00000198543 630 ntTSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Use1Q9CQ56 Fam24a-203ENSMUST00000207784 600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.9 ms