Protein–RNA interactions for Protein: Q3ULJ3

Upf3a, MCG3697, isoform CRA_c, mousemouse

Predictions only

Length 422 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Upf3aQ3ULJ3 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Hnrnpab-202ENSMUST00000101249 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 2810001G20Rik-202ENSMUST00000146333 959 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Erh-201ENSMUST00000021559 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 1700007K13Rik-201ENSMUST00000086370 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Slc25a38-201ENSMUST00000035106 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gm10642-201ENSMUST00000098589 1610 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Tcte2-202ENSMUST00000127032 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Fbxw2-204ENSMUST00000113077 1670 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Josd2-211ENSMUST00000134398 563 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Pigx-211ENSMUST00000189013 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Pigx-201ENSMUST00000096109 993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Spata33-201ENSMUST00000060133 491 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gtf2e2-202ENSMUST00000170705 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Cntln-202ENSMUST00000102819 2239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gm21964-202ENSMUST00000213641 1649 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Mrpl38-201ENSMUST00000106439 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Tmem230-202ENSMUST00000110163 1551 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Cetn4-203ENSMUST00000102955 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Siglec15-201ENSMUST00000170760 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 AC104834.1-201ENSMUST00000222611 1056 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Twist2-201ENSMUST00000007949 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Specc1-206ENSMUST00000201015 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Camsap1-212ENSMUST00000183461 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Eif5a-209ENSMUST00000108612 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Hsd17b3-202ENSMUST00000166224 1286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gp1bb-201ENSMUST00000051160 645 ntAPPRIS P3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Gpx4-201ENSMUST00000097227 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Becn1-217ENSMUST00000172233 1493 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Upf3aQ3ULJ3 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 4930539J05Rik-202ENSMUST00000182865 511 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Trmt112-201ENSMUST00000088257 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm13448-201ENSMUST00000143469 1847 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Dusp28-201ENSMUST00000060913 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Nol7-205ENSMUST00000222499 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Cdkn2aipnl-201ENSMUST00000102763 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Tm2d1-202ENSMUST00000102793 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Pkig-204ENSMUST00000126182 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm14205-201ENSMUST00000138427 739 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Ppp2r2c-203ENSMUST00000201156 461 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Cblc-202ENSMUST00000108449 1514 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Ankrd13c-202ENSMUST00000164582 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Fuz-214ENSMUST00000209132 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm3448-203ENSMUST00000179539 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Gm3448-201ENSMUST00000097399 787 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Mapk12-201ENSMUST00000088827 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Rnf187-202ENSMUST00000217262 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 1700056E22Rik-201ENSMUST00000050306 967 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Upf3aQ3ULJ3 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Krt8-ps-201ENSMUST00000208495 945 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm6139-201ENSMUST00000079261 882 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Ankrd9-207ENSMUST00000148765 1431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Far2os2-201ENSMUST00000149815 980 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Pigx-210ENSMUST00000155966 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Cyc1-201ENSMUST00000023210 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Oaz1-201ENSMUST00000060987 1071 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Adora2b-201ENSMUST00000018644 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Eri3-201ENSMUST00000037127 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Tcte2-209ENSMUST00000143162 1221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Kcnma1-215ENSMUST00000190339 890 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Gltpd2-201ENSMUST00000057685 1216 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Sc5d-202ENSMUST00000169609 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Rbm34-203ENSMUST00000212618 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Llph-202ENSMUST00000130198 1463 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Upf3aQ3ULJ3 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.2 ms