Protein–RNA interactions for Protein: Q02788

Col6a2, Collagen alpha-2(VI) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,034 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col6a2Q02788 Sh3rf3-202ENSMUST00000135526 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Tmem120b-201ENSMUST00000067505 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Sel1l3-201ENSMUST00000031090 4512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Cep97-205ENSMUST00000121703 609 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Gm22238-201ENSMUST00000175222 88 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Gm46212-201ENSMUST00000220256 1003 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Trir-201ENSMUST00000047281 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Frmd4a-201ENSMUST00000075767 6761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
Col6a2Q02788 Ispd-204ENSMUST00000221452 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Mapk1-201ENSMUST00000023462 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Gpn2-202ENSMUST00000105899 996 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Hs6st3-201ENSMUST00000065904 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Ooep-201ENSMUST00000034900 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Arl5a-201ENSMUST00000036541 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Bcas2-201ENSMUST00000005830 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Dvl1-208ENSMUST00000168552 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Nisch-201ENSMUST00000022469 5559 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Gm10685-201ENSMUST00000196120 433 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Hagh-201ENSMUST00000024974 1101 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Gabbr2-201ENSMUST00000107749 5750 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Fam118b-201ENSMUST00000059057 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Eef1a2-201ENSMUST00000055990 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Timm8a1-201ENSMUST00000054213 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 4930426I24Rik-202ENSMUST00000217797 1232 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Ggnbp2-202ENSMUST00000100686 2275 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Pgbd5-204ENSMUST00000140012 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Apaf1-205ENSMUST00000160788 1596 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Pou2f2-204ENSMUST00000108416 1754 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Grin2d-203ENSMUST00000211713 5244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Efr3a-203ENSMUST00000172756 1411 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Paqr3-203ENSMUST00000112969 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Scamp3-202ENSMUST00000098941 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Porcn-203ENSMUST00000089402 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Alkal2-201ENSMUST00000067087 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Yjefn3-202ENSMUST00000152938 785 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Arf4-201ENSMUST00000022429 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Kcna3-201ENSMUST00000052718 1902 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 Smim19-202ENSMUST00000163774 1435 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.95
Col6a2Q02788 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Rfng-201ENSMUST00000026156 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Atp6v1f-201ENSMUST00000004396 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 H2-Q2-201ENSMUST00000074806 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 C1ql2-201ENSMUST00000037286 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Mad2l2-201ENSMUST00000030860 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 1810010H24Rik-202ENSMUST00000140447 1677 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Cadps-204ENSMUST00000177814 5461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Nsmf-213ENSMUST00000140737 862 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Setd4-201ENSMUST00000023669 1816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Tpm1-211ENSMUST00000113695 1607 ntTSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Btbd19-209ENSMUST00000183310 1620 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Rcor3-206ENSMUST00000192491 1623 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Zcchc11-201ENSMUST00000043368 6054 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Dhrs13-201ENSMUST00000021187 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Qtrt1-201ENSMUST00000002902 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Zfp579-201ENSMUST00000108572 2157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Kcnip1-203ENSMUST00000109340 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 AC161180.2-201ENSMUST00000222567 1015 ntAPPRIS P1 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Svbp-201ENSMUST00000030395 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Ostc-201ENSMUST00000043937 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Chml-203ENSMUST00000210367 1324 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Ltk-201ENSMUST00000028759 3080 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Klf2-201ENSMUST00000067912 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Col6a2Q02788 Wnt5b-204ENSMUST00000178696 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.7 ms