Protein–RNA interactions for Protein: O54941

Smarce1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily E member 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 411 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Smarce1O54941 Lrp1-202ENSMUST00000118455 2097 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Smarce1O54941 Snap23-202ENSMUST00000110711 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Smarce1O54941 Pnma3-201ENSMUST00000060418 3405 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Smarce1O54941 Dnd1-201ENSMUST00000061522 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Smarce1O54941 Capn8-202ENSMUST00000168514 2483 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Smarce1O54941 Ccdc160-201ENSMUST00000101588 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Smarce1O54941 Smad4-202ENSMUST00000114939 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm43666-201ENSMUST00000197116 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Zfp783-204ENSMUST00000130490 4419 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Rab11a-208ENSMUST00000172298 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm8206-201ENSMUST00000164139 1956 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 CT009713.10-201ENSMUST00000225013 1986 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Dnm1-202ENSMUST00000091089 3764 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Cpt1c-206ENSMUST00000212836 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm8213-201ENSMUST00000118191 441 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm13123-201ENSMUST00000122173 492 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Prss55-203ENSMUST00000171503 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Nudt22-201ENSMUST00000041686 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Tmem107-201ENSMUST00000075980 779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Hnrnph2-202ENSMUST00000059297 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Opcml-201ENSMUST00000073822 2378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Fnbp1-203ENSMUST00000100207 1680 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 2610037D02Rik-201ENSMUST00000180852 2449 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Stau1-201ENSMUST00000049412 2840 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ralgps2-207ENSMUST00000188656 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Tcea1-201ENSMUST00000081551 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Pbxip1-201ENSMUST00000038942 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ube2j2-204ENSMUST00000105582 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Pcnx3-202ENSMUST00000113615 7264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Dph2-201ENSMUST00000030265 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ppp1r18-203ENSMUST00000127442 3524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ncald-211ENSMUST00000168992 3538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Nrf1-207ENSMUST00000115206 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Tnk2-205ENSMUST00000115124 4424 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Zbtb42-203ENSMUST00000174780 3160 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Smarce1O54941 Bmp7-201ENSMUST00000009143 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Zcchc18-202ENSMUST00000101227 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 A730020E08Rik-201ENSMUST00000180421 3387 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm28590-201ENSMUST00000185679 1609 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Rita1-207ENSMUST00000177800 1668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Cpeb1-201ENSMUST00000098331 3111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Nsmce2-202ENSMUST00000168722 2679 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Hoxd3os1-202ENSMUST00000139005 1701 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm27177-202ENSMUST00000183514 2703 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Egfl6-201ENSMUST00000000412 2704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Lcor-201ENSMUST00000067795 4810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Trav13d-2-201ENSMUST00000103596 264 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Trav13n-2-201ENSMUST00000103622 264 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm11637-201ENSMUST00000120601 592 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 A530058N18Rik-202ENSMUST00000134129 411 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm13134-202ENSMUST00000144347 387 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm28911-201ENSMUST00000188837 117 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm37922-201ENSMUST00000195596 455 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 AC134254.1-201ENSMUST00000221362 167 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Capg-201ENSMUST00000071044 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm10188-201ENSMUST00000086544 720 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Olfr615-201ENSMUST00000098198 942 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Rbm48-201ENSMUST00000042753 2368 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Sec61g-203ENSMUST00000109643 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm36970-201ENSMUST00000193688 1859 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Zufsp-201ENSMUST00000048222 2991 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Olfr649-202ENSMUST00000106859 1382 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm37437-201ENSMUST00000194451 1937 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Trmt1-204ENSMUST00000109768 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Rfx7-203ENSMUST00000183372 1457 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Cacna1g-205ENSMUST00000107786 7984 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Wsb2-202ENSMUST00000111959 1526 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 AC157950.1-201ENSMUST00000217561 2168 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Pcdhb22-202ENSMUST00000192409 6609 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
Smarce1O54941 Etfrf1-205ENSMUST00000111724 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 4933431E20Rik-209ENSMUST00000146337 1636 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Sp7-201ENSMUST00000078508 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Fgd3-203ENSMUST00000110087 4698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Psmd9-201ENSMUST00000100729 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 F3-201ENSMUST00000029771 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Tbc1d2-201ENSMUST00000084621 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Serpinb2-202ENSMUST00000064916 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Cdc7-203ENSMUST00000117196 2864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ighv5-17-201ENSMUST00000103459 405 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Tmem128-202ENSMUST00000119047 726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm2420-201ENSMUST00000119864 2149 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ccl25-205ENSMUST00000127460 867 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ift27-201ENSMUST00000016781 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Fam24a-203ENSMUST00000207784 600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Lats2-202ENSMUST00000038381 933 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Cracr2a-201ENSMUST00000071563 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm2423-201ENSMUST00000074863 733 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Pin1rt1-201ENSMUST00000099659 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Mcf2l-203ENSMUST00000110866 5108 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Pcdhb16-201ENSMUST00000051442 5225 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Smc4-201ENSMUST00000042901 4316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Ppargc1b-202ENSMUST00000075299 3656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Trmt1l-201ENSMUST00000065625 2749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Gm5053-201ENSMUST00000208361 1678 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Kpna1-201ENSMUST00000004054 5039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Slamf8-201ENSMUST00000065679 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Mmgt2-203ENSMUST00000129162 1828 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Samd5-201ENSMUST00000100070 6818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Smarce1O54941 Slc7a4-202ENSMUST00000090165 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Smarce1O54941 Spast-201ENSMUST00000024869 4672 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 59.4 ms