Protein–RNA interactions for Protein: Q62158

Trim27, Zinc finger protein RFP, mousemouse

Predictions only

Length 513 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim27Q62158 Acin1-208ENSMUST00000126166 2369 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Ggn-202ENSMUST00000098609 2653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Rnf182-201ENSMUST00000059986 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Hist1h4b-201ENSMUST00000102965 397 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Ighv7-3-201ENSMUST00000103461 361 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm24231-201ENSMUST00000104315 133 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Tpd52l2-203ENSMUST00000108799 985 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Pkig-203ENSMUST00000109400 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fam71f2-201ENSMUST00000115286 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm13492-201ENSMUST00000119772 665 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Igfbp2-202ENSMUST00000120564 991 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm11658-201ENSMUST00000120913 1008 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 1110018N20Rik-202ENSMUST00000147446 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm12678-201ENSMUST00000154177 692 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Tead1-207ENSMUST00000165036 1248 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 4833427G06Rik-201ENSMUST00000170947 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Tead1-212ENSMUST00000171197 1074 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 BC023719-201ENSMUST00000174728 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 1700122O11Rik-201ENSMUST00000178823 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 4930516B21Rik-201ENSMUST00000181600 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm2467-201ENSMUST00000182266 1010 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm6981-201ENSMUST00000182467 1008 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm44170-201ENSMUST00000203181 549 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm42067-201ENSMUST00000209642 647 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 AC132317.1-201ENSMUST00000227227 962 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 1700123K08Rik-201ENSMUST00000031501 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fau-201ENSMUST00000043074 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm10244-201ENSMUST00000090237 830 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Rnf14-201ENSMUST00000072376 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fam214b-205ENSMUST00000107959 3060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fam214b-201ENSMUST00000036462 3074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 CT009757.3-201ENSMUST00000223367 2320 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Prkcsh-201ENSMUST00000003493 2012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Med8-204ENSMUST00000106384 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fetub-203ENSMUST00000167399 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Eef1akmt3-201ENSMUST00000116231 2719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Apaf1-201ENSMUST00000020157 6577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Foxp1-205ENSMUST00000113324 2121 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Foxp1-207ENSMUST00000113328 2121 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Foxp1-228ENSMUST00000177307 2121 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Bcs1l-203ENSMUST00000113733 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Ephb6-201ENSMUST00000114732 3762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Mmgt2-203ENSMUST00000129162 1828 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Pdlim5-206ENSMUST00000195975 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Chrna9-201ENSMUST00000031108 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Txn2-202ENSMUST00000100486 676 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Rhbdl2-202ENSMUST00000106204 1120 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm14286-201ENSMUST00000155674 464 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Dcdc2b-203ENSMUST00000179209 864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 1700120C14Rik-202ENSMUST00000187967 391 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 2010310C07Rik-202ENSMUST00000190889 842 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fgfr3-ps-201ENSMUST00000195511 1137 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 AC147241.1-201ENSMUST00000222173 785 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Hbb-bs-201ENSMUST00000023934 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm22058-201ENSMUST00000083393 310 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Setd3-202ENSMUST00000109879 2387 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fam173b-203ENSMUST00000161061 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Rita1-207ENSMUST00000177800 1668 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Sh3bp2-201ENSMUST00000067638 2885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Cebpd-201ENSMUST00000096232 3746 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm26841-201ENSMUST00000180725 1787 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Slc35d1-203ENSMUST00000150285 4242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Dnmt3l-205ENSMUST00000138785 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm7789-202ENSMUST00000211273 1400 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Osbpl1a-201ENSMUST00000074352 3956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Gm996-204ENSMUST00000191602 4812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Lat2-205ENSMUST00000200998 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Grin3a-202ENSMUST00000093859 7491 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Neurog3-201ENSMUST00000050103 1540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fgfr3-209ENSMUST00000164207 4150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Tgm6-201ENSMUST00000028888 3327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Zmat1-202ENSMUST00000113185 3378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Ttc3-201ENSMUST00000117648 7417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Fuca2-201ENSMUST00000060212 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Rab31-201ENSMUST00000070673 3476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Rbm39-217ENSMUST00000146297 2580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Caskin2-201ENSMUST00000041684 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
Trim27Q62158 Pole2-201ENSMUST00000021359 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Gm20700-201ENSMUST00000176749 2206 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Hspa4l-201ENSMUST00000108086 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Wfdc9-202ENSMUST00000109335 547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Mrps17-205ENSMUST00000119985 859 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Gm11597-201ENSMUST00000121423 964 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 1700016P03Rik-201ENSMUST00000134252 863 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Gm11630-201ENSMUST00000152825 382 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 AC108416.1-202ENSMUST00000228927 1201 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Mrto4-201ENSMUST00000030513 930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Comt-201ENSMUST00000000335 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Alkbh6-201ENSMUST00000060834 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Olfr463-201ENSMUST00000081417 936 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Gm43721-201ENSMUST00000199677 2313 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Smim13-201ENSMUST00000165561 4483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Erich5-201ENSMUST00000060894 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Tmem56-204ENSMUST00000135818 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Asap1-218ENSMUST00000177374 4582 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 4930581F22Rik-201ENSMUST00000093873 2402 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Bckdhb-205ENSMUST00000190166 1398 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 AC117194.1-201ENSMUST00000224847 3002 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Tmem201-202ENSMUST00000103208 3620 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Trim27Q62158 Tdrd6-203ENSMUST00000168073 7062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 177.6 ms