Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Fam198a-202ENSMUST00000213773 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Map4k1-203ENSMUST00000208227 2720 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Map4k1-201ENSMUST00000085835 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 March7-203ENSMUST00000102748 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Akp-ps1-201ENSMUST00000188050 1600 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gzf1-201ENSMUST00000028928 4232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Pdlim5-206ENSMUST00000195975 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Tex13c2-201ENSMUST00000197237 1834 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Fbxw7-201ENSMUST00000029727 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 2610037D02Rik-201ENSMUST00000180852 2449 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Ltbp4-201ENSMUST00000038618 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Phldb1-218ENSMUST00000156918 3485 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Spert-202ENSMUST00000164082 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Eif4enif1-213ENSMUST00000179770 3676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Sgo2a-201ENSMUST00000027202 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Arhgef12-202ENSMUST00000165665 10752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Rtl6-201ENSMUST00000069476 4426 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Kiss1r-201ENSMUST00000045529 3163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Mcm8-202ENSMUST00000066559 3397 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gpr19-203ENSMUST00000111932 1711 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Sfmbt1-206ENSMUST00000228006 3299 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 AC159195.1-201ENSMUST00000225867 2086 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Rhbdl2-202ENSMUST00000106204 1120 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Igfbp2-202ENSMUST00000120564 991 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Cabp2-202ENSMUST00000159556 781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Commd6-203ENSMUST00000168587 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm37424-201ENSMUST00000191727 561 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Fgfr3-ps-201ENSMUST00000195511 1137 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm42067-201ENSMUST00000209642 647 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm10371-202ENSMUST00000228010 1081 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Il25-201ENSMUST00000037863 1064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Coro6-203ENSMUST00000079770 1298 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Pafah1b1-202ENSMUST00000102520 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Clpx-202ENSMUST00000113824 2809 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Ddr1-204ENSMUST00000119825 3769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Trmt1-204ENSMUST00000109768 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Actrt2-201ENSMUST00000060062 1435 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Tmeff2-201ENSMUST00000081851 3343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Cd74-202ENSMUST00000097563 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm14243-201ENSMUST00000131401 2172 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Esrp1-203ENSMUST00000108311 3864 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 4930588K23Rik-201ENSMUST00000156827 1963 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm16958-201ENSMUST00000180603 1765 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Wdr25-202ENSMUST00000167816 2657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Tmem80-204ENSMUST00000128906 1387 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Acin1-221ENSMUST00000150371 2494 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Kifc1-201ENSMUST00000114361 2260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Pak6-202ENSMUST00000110853 3677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Slc25a45-202ENSMUST00000125114 2599 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Srms-201ENSMUST00000016498 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Foxred2-202ENSMUST00000117725 4347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Olfr533-204ENSMUST00000216258 2874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Csrnp3-202ENSMUST00000112394 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Zfp41-201ENSMUST00000054555 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Hist1h4b-201ENSMUST00000102965 397 ntAPPRIS P1 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Htr2c-203ENSMUST00000112831 809 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Rpl3-ps2-201ENSMUST00000117131 1214 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm2420-201ENSMUST00000119864 2149 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm14064-201ENSMUST00000134833 727 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm24548-201ENSMUST00000158650 108 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Spdye4b-202ENSMUST00000159781 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm16379-201ENSMUST00000161469 348 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Hmgcll1-207ENSMUST00000183979 1136 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm5850-201ENSMUST00000192923 1206 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm8762-201ENSMUST00000193486 339 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 AC166349.1-201ENSMUST00000220866 695 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Dph3-201ENSMUST00000022461 1057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 AC132317.1-201ENSMUST00000227227 962 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Mal-201ENSMUST00000028853 486 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Mrps21-201ENSMUST00000067298 488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm10244-201ENSMUST00000090237 830 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Pcgf1-201ENSMUST00000092614 866 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Plpbp-201ENSMUST00000033875 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Otub2-201ENSMUST00000021620 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gnai3-201ENSMUST00000000001 3262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Wnk1-223ENSMUST00000177761 11303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm7789-202ENSMUST00000211273 1400 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Retreg1-206ENSMUST00000228306 1430 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 C1qtnf9-201ENSMUST00000025940 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Ttc17-202ENSMUST00000094801 3408 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Rab3a-203ENSMUST00000110092 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 5730409E04Rik-202ENSMUST00000164362 2855 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Coasy-202ENSMUST00000107308 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Slco4a1-202ENSMUST00000038259 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Rpl22-208ENSMUST00000188151 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Dnpep-203ENSMUST00000185419 2833 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Rnf10-202ENSMUST00000112096 3112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Nphp4-202ENSMUST00000081393 5027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Caln1-201ENSMUST00000086029 1801 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 1810032O08Rik-201ENSMUST00000106378 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Pggt1b-201ENSMUST00000025354 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Rabif-201ENSMUST00000047978 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 BC025446-201ENSMUST00000055719 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Npr1-201ENSMUST00000029540 4066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Sec61g-203ENSMUST00000109643 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Cabp1-203ENSMUST00000112112 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Mrps17-205ENSMUST00000119985 859 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 1110018N20Rik-202ENSMUST00000147446 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm14286-201ENSMUST00000155674 464 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Atg4aQ8C9S8 Gm20404-201ENSMUST00000174032 621 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.2 ms