Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm4768-201ENSMUST00000206199 686 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Gm7653-201ENSMUST00000214567 508 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Nup37-201ENSMUST00000052355 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Mast1-202ENSMUST00000119820 2078 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Tmem97-201ENSMUST00000103242 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Afdn-216ENSMUST00000170827 7338 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Dync1li1-201ENSMUST00000047404 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Pcdhgc3-201ENSMUST00000076807 4687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Ltbp2-203ENSMUST00000163189 6470 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Gm44775-201ENSMUST00000207266 1456 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Gm44292-201ENSMUST00000205194 2364 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
Trim58Q5NCC9 Spert-202ENSMUST00000164082 1560 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Brd2-201ENSMUST00000025193 4374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Rnf10-202ENSMUST00000112096 3112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Pgm3-201ENSMUST00000070064 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Epb41-203ENSMUST00000084253 5141 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Clca2-203ENSMUST00000198993 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Abra-201ENSMUST00000054742 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Nacc1-201ENSMUST00000001975 4300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Esrp1-203ENSMUST00000108311 3864 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm30725-201ENSMUST00000195170 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Zbtb42-203ENSMUST00000174780 3160 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm44758-201ENSMUST00000206096 2068 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Sfmbt1-206ENSMUST00000228006 3299 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Map4k1-203ENSMUST00000208227 2720 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Map4k1-201ENSMUST00000085835 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 2900097C17Rik-202ENSMUST00000192863 4915 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Alkbh2-202ENSMUST00000112279 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Ccdc103-202ENSMUST00000159834 1156 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 1190007I07Rik-205ENSMUST00000185168 469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm19163-201ENSMUST00000223313 780 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Arid3a-201ENSMUST00000019708 5361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Fmn2-201ENSMUST00000030039 6442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Cyb5rl-203ENSMUST00000106758 2516 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 1110002L01Rik-202ENSMUST00000168012 3569 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Fgfr3-209ENSMUST00000164207 4150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Nif3l1-206ENSMUST00000171597 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Hist1h2be-202ENSMUST00000091704 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 H2-T22-201ENSMUST00000058801 1534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 4930429D17Rik-201ENSMUST00000198193 1624 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Sh3glb2-202ENSMUST00000100215 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Cldn15-202ENSMUST00000111093 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Alg14-201ENSMUST00000039442 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Epb41l5-208ENSMUST00000191046 6870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Tcea1-201ENSMUST00000081551 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Actn1-201ENSMUST00000021554 3734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Irs1-201ENSMUST00000069799 9144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Fam208b-201ENSMUST00000096069 8338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Nrf1-207ENSMUST00000115206 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Ncor2-206ENSMUST00000111402 8862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Plekha7-203ENSMUST00000181998 5149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Fnbp1-203ENSMUST00000100207 1680 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Adi1-201ENSMUST00000020957 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 4933417O13Rik-202ENSMUST00000208893 1571 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Timm10-202ENSMUST00000111631 564 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm10863-204ENSMUST00000147620 776 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Spata3-209ENSMUST00000152501 743 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm16296-201ENSMUST00000159905 325 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 2810039B14Rik-206ENSMUST00000185040 1113 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm6652-201ENSMUST00000186414 1070 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Zfp709-202ENSMUST00000188374 717 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Ociad1-210ENSMUST00000202250 800 ntTSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Plin1-203ENSMUST00000205413 1294 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Nkiras2-202ENSMUST00000051947 831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Med8-203ENSMUST00000084319 1134 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Diaph2-207ENSMUST00000167619 8439 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Adgrl1-204ENSMUST00000131717 5152 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Clpx-202ENSMUST00000113824 2809 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Smad4-202ENSMUST00000114939 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Rcor2-202ENSMUST00000113369 2013 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Tktl2-201ENSMUST00000002025 2021 ntAPPRIS P1 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Slc7a4-202ENSMUST00000090165 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm36266-201ENSMUST00000196660 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Tuba1a-201ENSMUST00000097014 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Tmem104-202ENSMUST00000100235 4561 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Tmem104-201ENSMUST00000061450 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Hmbs-202ENSMUST00000097558 1534 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 2410002F23Rik-206ENSMUST00000107950 3336 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Ackr4-202ENSMUST00000076147 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Celf1-214ENSMUST00000177642 7806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Orc2-201ENSMUST00000027198 3561 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 4933427G23Rik-201ENSMUST00000122963 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Itfg2-201ENSMUST00000001559 2320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 St6galnac6-202ENSMUST00000081879 2345 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Slc8a2-201ENSMUST00000168693 4171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Plekhd1-201ENSMUST00000140770 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Armc8-201ENSMUST00000035043 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Sltm-206ENSMUST00000216816 3755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Srms-201ENSMUST00000016498 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Slco4a1-202ENSMUST00000038259 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 R3hdml-201ENSMUST00000109416 1094 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm28139-201ENSMUST00000189480 643 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Chd3os-203ENSMUST00000218008 1026 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 AC147241.1-201ENSMUST00000222173 785 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm10244-201ENSMUST00000090237 830 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Zbtb20-201ENSMUST00000079441 3086 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Draxin-201ENSMUST00000030862 5200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Rhbdd2-201ENSMUST00000043707 4207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Gm21964-203ENSMUST00000219454 1513 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Trim58Q5NCC9 Senp3-201ENSMUST00000005336 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 68.2 ms