Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Rem1-201ENSMUST00000000369 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC35.26■■■■□ 3.24
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp15-201ENSMUST00000037715 715 ntTSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Ccsap-201ENSMUST00000034452 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Tinagl1-209ENSMUST00000175992 1847 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.25■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Stub1-201ENSMUST00000044911 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 AC115037.1-201ENSMUST00000223391 2173 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Vamp4-204ENSMUST00000135241 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk1-202ENSMUST00000212831 1309 ntTSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 C1qtnf4-201ENSMUST00000111466 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp346-202ENSMUST00000159147 1146 ntTSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 1700051O22Rik-202ENSMUST00000195451 638 ntBASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Sdsl-202ENSMUST00000052258 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Pithd1-201ENSMUST00000105851 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Marc1-201ENSMUST00000048462 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9780-202ENSMUST00000184915 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.23■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 0610010K14Rik-209ENSMUST00000108579 667 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp36l1-204ENSMUST00000219642 545 ntTSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Tcte2-201ENSMUST00000053376 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Git2-214ENSMUST00000155908 2338 ntTSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15202-201ENSMUST00000154188 393 ntTSL 3 BASIC35.22■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc74a-201ENSMUST00000056962 1273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.22■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Sucla2-201ENSMUST00000022706 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.21■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Dctn3-203ENSMUST00000171641 885 ntTSL 3 BASIC35.21■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp768-202ENSMUST00000205266 2513 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.21■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Letm2-209ENSMUST00000210810 1538 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrfip2-205ENSMUST00000196981 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.2■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.23
Ccdc88bQ4QRL3 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Timmdc1-201ENSMUST00000002925 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpa1-206ENSMUST00000153609 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Sox8-202ENSMUST00000173447 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.19■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Rexo2-208ENSMUST00000216470 454 ntTSL 3 BASIC35.19■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gnas-206ENSMUST00000109084 1695 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Ankra2-205ENSMUST00000150916 1028 ntTSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Kiss1-203ENSMUST00000193888 624 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Golgb1-201ENSMUST00000023534 498 ntBASIC35.17■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Get4-201ENSMUST00000026976 2107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 4930439D14Rik-201ENSMUST00000186765 359 ntBASIC35.16■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Tarbp2-201ENSMUST00000023813 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.15■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 H3f3aos-201ENSMUST00000097448 2905 ntBASIC35.15■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Tor2a-208ENSMUST00000177382 396 ntTSL 5 BASIC35.15■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Endod1-203ENSMUST00000214236 419 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.15■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC35.15■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 March8-204ENSMUST00000123405 2102 ntTSL 5 BASIC35.14■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Homer2-201ENSMUST00000026922 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 D130020L05Rik-203ENSMUST00000221044 803 ntTSL 2 BASIC35.14■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Pbx1-201ENSMUST00000064438 1020 ntTSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 St3gal5-202ENSMUST00000114112 2439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.14■■■■□ 3.22
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc14-206ENSMUST00000196975 1711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC35.13■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC35.13■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.13■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Grb2-201ENSMUST00000021090 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs2-201ENSMUST00000013737 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gng12-202ENSMUST00000114222 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Bex1-202ENSMUST00000113118 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.12■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Rem2-201ENSMUST00000164697 1194 ntTSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 A930032L01Rik-201ENSMUST00000195845 957 ntBASIC35.12■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5b-201ENSMUST00000005518 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.12■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Rhod-201ENSMUST00000048197 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.12■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Slc36a4-202ENSMUST00000115588 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 AC140930.3-201ENSMUST00000222935 274 ntBASIC35.11■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r18os-201ENSMUST00000145804 784 ntTSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Epdr1-204ENSMUST00000221014 692 ntTSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 2810025M15Rik-201ENSMUST00000061537 1194 ntTSL 1 (best) BASIC35.1■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44866-201ENSMUST00000208774 391 ntTSL 2 BASIC35.09■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem185a-202ENSMUST00000114630 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Ikbip-202ENSMUST00000020150 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp1-201ENSMUST00000025025 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd11-207ENSMUST00000212937 943 ntTSL 1 (best) BASIC35.09■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnq5-205ENSMUST00000173058 2472 ntTSL 5 BASIC35.08■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 AC116713.1-201ENSMUST00000215074 430 ntBASIC35.08■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.21
Ccdc88bQ4QRL3 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.07■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl6-201ENSMUST00000023219 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp963-202ENSMUST00000154063 640 ntTSL 3 BASIC35.06■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Dgcr6-201ENSMUST00000066027 1050 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC35.06■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Tsen34-202ENSMUST00000108627 1319 ntTSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Dleu2-211ENSMUST00000183066 788 ntTSL 3 BASIC35.05■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Eif2b3-203ENSMUST00000106448 1555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.05■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Nle1-201ENSMUST00000103213 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
Ccdc88bQ4QRL3 Adssl1-201ENSMUST00000021726 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 14.4 ms