Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
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Rnf40Q3U319 Cnbp-208ENSMUST00000204653 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Fbxo24-201ENSMUST00000031732 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Cnbp-201ENSMUST00000032138 2178 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Mvb12b-201ENSMUST00000041555 4998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Slc35a2-201ENSMUST00000096514 1757 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Bag5-201ENSMUST00000054636 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Cacna2d2-201ENSMUST00000010210 5783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Elavl1-201ENSMUST00000098950 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Slc27a3-201ENSMUST00000029541 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Noc2l-201ENSMUST00000179543 2785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Gsx2-201ENSMUST00000040477 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Aktip-205ENSMUST00000125257 2079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Gm43403-201ENSMUST00000198011 1786 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Adad2-201ENSMUST00000098361 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Parp12-201ENSMUST00000038398 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Fance-204ENSMUST00000114804 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Paip1-201ENSMUST00000026520 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Tcte3-201ENSMUST00000040746 788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Tcte3-202ENSMUST00000097398 632 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Rnf40Q3U319 Ccdc85c-202ENSMUST00000222310 4298 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 5730488B01Rik-201ENSMUST00000192889 2311 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Trmt61a-202ENSMUST00000168338 2131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Crlf3-203ENSMUST00000103233 2230 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Ppm1b-201ENSMUST00000080217 2753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Fgfrl1-201ENSMUST00000013633 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Lrrc10b-201ENSMUST00000171400 2077 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Dtnb-216ENSMUST00000173736 2175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Nudt3-201ENSMUST00000025050 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Cars2-201ENSMUST00000049461 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Cnrip1-201ENSMUST00000058159 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Ubxn2a-201ENSMUST00000020962 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Magi2-206ENSMUST00000197443 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 AC117245.4-201ENSMUST00000217388 1646 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
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Rnf40Q3U319 Foxd1-201ENSMUST00000105098 5064 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Mum1-201ENSMUST00000020365 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Nrbp2-208ENSMUST00000228366 1863 ntAPPRIS P1 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Whrn-204ENSMUST00000095037 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Mcmbp-202ENSMUST00000119081 2347 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Ccng2-201ENSMUST00000031331 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Txnrd2-212ENSMUST00000177856 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Kcnk15-202ENSMUST00000109396 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
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Rnf40Q3U319 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
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Rnf40Q3U319 Msl3l2-201ENSMUST00000063138 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Snap91-203ENSMUST00000074501 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 Rasa1-201ENSMUST00000109552 4563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
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Rnf40Q3U319 Hras-207ENSMUST00000168550 2272 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
Rnf40Q3U319 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Gm16286-205ENSMUST00000127234 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Hira-201ENSMUST00000004222 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Rell2-211ENSMUST00000176902 1835 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Gm15893-201ENSMUST00000143208 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Mmp24-201ENSMUST00000029141 4306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ccdc34-201ENSMUST00000028580 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ccdc88a-202ENSMUST00000109477 1716 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Tnks2-201ENSMUST00000025729 6481 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Sirt1-207ENSMUST00000177694 3353 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Rspo1-201ENSMUST00000030687 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 4933408J17Rik-201ENSMUST00000181835 1859 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Lzts2-202ENSMUST00000178087 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 H2afj-201ENSMUST00000074556 1831 ntAPPRIS P2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Celf6-201ENSMUST00000034840 2765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Bfsp1-201ENSMUST00000028907 2372 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ntf5-201ENSMUST00000058879 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ppp3ca-202ENSMUST00000070198 4758 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Gabra5-201ENSMUST00000068456 2671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
Rnf40Q3U319 Adrb1-201ENSMUST00000038949 2491 ntAPPRIS P1 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 58.8 ms