Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Eps8l3-201ENSMUST00000037375 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Kmt5b-207ENSMUST00000113974 4150 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 B230359F08Rik-201ENSMUST00000103671 426 ntAPPRIS P1 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Rgs19-203ENSMUST00000108771 1110 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Rgs19-205ENSMUST00000108776 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm12416-201ENSMUST00000120911 1008 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm12151-201ENSMUST00000121374 290 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Oaz2-ps-201ENSMUST00000121735 537 ntBASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Ntpcr-205ENSMUST00000143504 520 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm12840-201ENSMUST00000156081 627 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm20753-201ENSMUST00000190105 545 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm40193-201ENSMUST00000209971 237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 2810047C21Rik1-202ENSMUST00000210322 1179 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Sftpa1-201ENSMUST00000022314 851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Lin37-201ENSMUST00000043975 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Pdik1l-201ENSMUST00000061234 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Otx1-201ENSMUST00000006071 2789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Dcaf1-202ENSMUST00000159645 4945 ntTSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Apol9b-201ENSMUST00000109775 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Nyap1-202ENSMUST00000118326 4565 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Rgs12-201ENSMUST00000030984 5472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Copb2-201ENSMUST00000035033 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Arid5a-204ENSMUST00000115032 4640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Rbbp5-207ENSMUST00000190997 2856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Fnbp1-206ENSMUST00000113555 1776 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Pxn-202ENSMUST00000086523 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Abcd1-201ENSMUST00000002084 3648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Snap23-202ENSMUST00000110711 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Klhdc7b-201ENSMUST00000166926 1818 ntAPPRIS P2 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Tm7sf2-203ENSMUST00000159084 1351 ntTSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Lpar5-201ENSMUST00000088292 1393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Abca7-202ENSMUST00000132517 6696 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Pglyrp2-202ENSMUST00000170392 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.3□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Dmrtc1c1-201ENSMUST00000118218 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Dmrtc1c2-203ENSMUST00000120314 1611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Ndufaf7-201ENSMUST00000024887 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Bicra-201ENSMUST00000094821 5360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Agt-201ENSMUST00000063278 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Dbn1-201ENSMUST00000021950 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Stx11-202ENSMUST00000163425 4032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Apol7a-201ENSMUST00000010745 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Acin1-202ENSMUST00000022794 2365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Camk2b-206ENSMUST00000101585 1650 ntTSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Serpinb12-201ENSMUST00000081277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Tmem201-202ENSMUST00000103208 3620 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Scn5a-201ENSMUST00000065196 8287 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Sorl1-201ENSMUST00000060989 10715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Sdad1-201ENSMUST00000031364 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Smug1-201ENSMUST00000064067 3281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Cops4-201ENSMUST00000045993 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Selenoh-202ENSMUST00000102647 654 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Dancr-202ENSMUST00000120364 575 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm11400-201ENSMUST00000120853 1214 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm14719-201ENSMUST00000121891 340 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 1700060J05Rik-201ENSMUST00000138377 1060 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm15862-201ENSMUST00000146349 361 ntTSL 2 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Skiv2l-ps1-201ENSMUST00000173935 658 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm5354-201ENSMUST00000182417 973 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 2310040G24Rik-202ENSMUST00000189386 775 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm38223-201ENSMUST00000194484 695 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Coq7-205ENSMUST00000209146 799 ntTSL 3 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Erp29-201ENSMUST00000052590 1123 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Rn7sk-201ENSMUST00000083103 331 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm26315-201ENSMUST00000083890 321 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Clpb-201ENSMUST00000001884 4627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Sphk2-203ENSMUST00000210060 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 AC125108.1-201ENSMUST00000218986 2330 ntBASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Trpv1-201ENSMUST00000006106 2340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Zc3h6-202ENSMUST00000110320 4916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Spock1-206ENSMUST00000189373 3128 ntTSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Nde1-203ENSMUST00000117958 1551 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Ilvbl-212ENSMUST00000220430 2350 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Zfp641-201ENSMUST00000023722 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Nt5c3b-203ENSMUST00000107397 1348 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Brms1-201ENSMUST00000116567 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm11978-202ENSMUST00000127510 1303 ntTSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Zfp82-201ENSMUST00000080834 2181 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Tspan13-201ENSMUST00000020896 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Spast-201ENSMUST00000024869 4672 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Tmem206-201ENSMUST00000027940 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Eci2-211ENSMUST00000171229 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Bcl2l1-202ENSMUST00000109820 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gcom1-201ENSMUST00000163998 1726 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm26841-201ENSMUST00000180725 1787 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Fam217b-201ENSMUST00000094251 4541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Pgghg-204ENSMUST00000164580 3001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Suclg1-201ENSMUST00000064740 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm13814-201ENSMUST00000141341 3077 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm45743-201ENSMUST00000212701 2795 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Zfp64-203ENSMUST00000109162 2848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Rtkn2-203ENSMUST00000117086 2246 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Bola2-202ENSMUST00000106369 642 ntTSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Taf3-202ENSMUST00000114906 583 ntTSL 2 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Prcd-202ENSMUST00000116318 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm15371-201ENSMUST00000117057 784 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Ube2j2-206ENSMUST00000118192 922 ntTSL 5 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Abhd14a-202ENSMUST00000171678 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Gm31326-201ENSMUST00000191856 1048 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 Myl6-205ENSMUST00000217969 608 ntTSL 2 BASIC12.28□□□□□ -0.44
Use1Q9CQ56 AC192088.1-201ENSMUST00000227561 301 ntBASIC12.28□□□□□ -0.44
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 38.3 ms