Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Crx-203ENSMUST00000172758 1469 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Tmed9-203ENSMUST00000224741 1450 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Matr3-206ENSMUST00000187389 3107 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Uhrf1bp1l-201ENSMUST00000020112 6448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Avpr2-201ENSMUST00000033765 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm37844-201ENSMUST00000192473 4097 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Tgm1-203ENSMUST00000178034 2730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Aspg-201ENSMUST00000079400 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Thoc6-204ENSMUST00000115490 1157 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm31651-201ENSMUST00000198864 560 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm34466-201ENSMUST00000222218 505 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Majin-201ENSMUST00000025699 1239 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 5730409E04Rik-202ENSMUST00000164362 2855 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Pomgnt1-201ENSMUST00000106494 2226 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Mllt10-203ENSMUST00000114671 5063 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Usf1-207ENSMUST00000160486 1878 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Pde10a-202ENSMUST00000089085 7717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Rpusd2-201ENSMUST00000028796 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Cdc73-201ENSMUST00000018337 11586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm9924-202ENSMUST00000192760 2311 ntBASIC15.08■□□□□ 0
Traf1P39428 Brinp1-201ENSMUST00000030036 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 AI839979-202ENSMUST00000201790 1539 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Cyp1b1-201ENSMUST00000024894 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm4782-201ENSMUST00000168705 2046 ntBASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Kif5c-201ENSMUST00000028102 6856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Fbxl12-207ENSMUST00000151861 1668 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm42688-201ENSMUST00000101253 3628 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Gcfc2-201ENSMUST00000043195 4192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Igf2-201ENSMUST00000000033 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Foxred2-201ENSMUST00000016696 4793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Acsl6-210ENSMUST00000108905 5807 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Gas5-210ENSMUST00000159706 557 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 4930516B21Rik-201ENSMUST00000181600 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Lsmem2-201ENSMUST00000191791 369 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm38411-201ENSMUST00000197971 941 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 AC139319.1-201ENSMUST00000223331 690 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Tatdn3-201ENSMUST00000027945 1196 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Myo1d-201ENSMUST00000041065 5354 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Egfl7-201ENSMUST00000100290 1348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Fpr1-201ENSMUST00000061516 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 A530072M11Rik-201ENSMUST00000151122 1852 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm9754-201ENSMUST00000031305 3004 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Iffo2-201ENSMUST00000040023 5227 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Eml6-201ENSMUST00000058902 8083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Ermard-203ENSMUST00000097393 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Ephx2-201ENSMUST00000070515 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Ptgdr2-201ENSMUST00000037261 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Scin-202ENSMUST00000078481 2654 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Prdm5-202ENSMUST00000031976 2155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Fnbp4-201ENSMUST00000013759 4691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 Rfx7-205ENSMUST00000184015 1554 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
Traf1P39428 St8sia3-201ENSMUST00000025477 6282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Ndufaf7-201ENSMUST00000024887 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Ankrd61-201ENSMUST00000079624 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Smim14-205ENSMUST00000139122 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Wwox-203ENSMUST00000109108 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Mknk1-201ENSMUST00000019677 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Malt1-202ENSMUST00000224056 4028 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Zfp541-202ENSMUST00000209369 4879 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gpr4-201ENSMUST00000060225 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm43423-201ENSMUST00000198390 2094 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Fam71f2-201ENSMUST00000115286 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Mrps17-205ENSMUST00000119985 859 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm11793-201ENSMUST00000120433 981 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Hspb9-201ENSMUST00000017976 652 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm26542-201ENSMUST00000180443 1235 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm26618-201ENSMUST00000181123 497 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm27501-201ENSMUST00000183599 107 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Mir7221-201ENSMUST00000184009 72 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm27230-202ENSMUST00000184671 857 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm37042-201ENSMUST00000193816 581 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Crip2-206ENSMUST00000200380 864 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 AC022775.2-201ENSMUST00000227885 646 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm9823-201ENSMUST00000051212 327 ntBASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Rpl10-201ENSMUST00000008826 799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Actn4-201ENSMUST00000068045 3877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gnas-204ENSMUST00000087877 3947 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Ddx24-202ENSMUST00000110001 3063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gm29724-201ENSMUST00000214688 3062 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Lmod3-201ENSMUST00000095655 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Apol6-206ENSMUST00000149569 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Gpr18-201ENSMUST00000055475 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Rbpjl-201ENSMUST00000017151 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Mks1-201ENSMUST00000038196 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Alx1-201ENSMUST00000040859 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Ddi2-202ENSMUST00000177592 3539 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Olfr71-202ENSMUST00000107862 2587 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Tbc1d5-205ENSMUST00000224528 4764 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Ankrd42-202ENSMUST00000118157 2782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Phka1-206ENSMUST00000122022 6115 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Phka1-202ENSMUST00000052012 6115 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Selenbp1-201ENSMUST00000090839 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Selenbp2-201ENSMUST00000090848 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Ap1s2-201ENSMUST00000033734 1785 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Fbxo34-205ENSMUST00000168833 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Traf1P39428 Rbmx-203ENSMUST00000114730 2019 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
Traf1P39428 Got1-201ENSMUST00000026196 2058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Traf1P39428 Miga2-208ENSMUST00000140075 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Traf1P39428 Abat-203ENSMUST00000115839 2414 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Traf1P39428 Sqle-201ENSMUST00000022977 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.6 ms