Protein–RNA interactions for Protein: Q3TIX9

Usp39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, mousemouse

Predictions only

Length 564 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp39Q3TIX9 Gm11427-203ENSMUST00000215482 1203 ntTSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 AC125350.2-201ENSMUST00000224737 727 ntBASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Sh3bgrl3-201ENSMUST00000030651 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Haus7-202ENSMUST00000077243 1032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Lypla1-201ENSMUST00000027036 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Bud13-201ENSMUST00000074957 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Six4-202ENSMUST00000175693 6817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Vill-203ENSMUST00000126251 1411 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Cnmd-201ENSMUST00000022603 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Arhgef2-229ENSMUST00000177303 3000 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Snph-202ENSMUST00000094456 4607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm16010-202ENSMUST00000145410 4427 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Chodl-203ENSMUST00000114216 1550 ntTSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ttbk2-203ENSMUST00000085840 11152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Pphln1-204ENSMUST00000165935 3473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Kctd11-201ENSMUST00000050555 3146 ntAPPRIS P1 BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Saraf-201ENSMUST00000033933 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.68□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Mnt-201ENSMUST00000000291 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Trpm4-201ENSMUST00000042194 4234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ywhab-201ENSMUST00000018470 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Mtmr3-201ENSMUST00000040448 5534 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 AC164107.1-201ENSMUST00000227730 2161 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Urm1-201ENSMUST00000091142 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ankfn1-201ENSMUST00000050983 2665 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm14703-201ENSMUST00000145894 1820 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm1661-203ENSMUST00000165128 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm45643-201ENSMUST00000211364 1484 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Acot7-202ENSMUST00000075363 1457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Eif4g3-204ENSMUST00000105830 3252 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Evc2-201ENSMUST00000056365 4091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm36356-201ENSMUST00000209224 2277 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Racgap1-201ENSMUST00000023756 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ehd1-201ENSMUST00000025684 3353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 1700001C02Rik-203ENSMUST00000127815 660 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm16194-204ENSMUST00000141797 475 ntTSL 3 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Hectd2-208ENSMUST00000169036 3842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Arf5-202ENSMUST00000169841 768 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm9002-201ENSMUST00000178437 499 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm29608-201ENSMUST00000190444 463 ntBASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Coprs-202ENSMUST00000209371 601 ntTSL 3 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Dkkl1-204ENSMUST00000210741 662 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 9230110C19Rik-202ENSMUST00000215478 533 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Isca2-201ENSMUST00000021667 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Smim11-201ENSMUST00000063641 517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Eme2-201ENSMUST00000119848 5226 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ccdc22-201ENSMUST00000033483 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Kctd18-202ENSMUST00000114410 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ccrl2-203ENSMUST00000199839 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ccdc85a-202ENSMUST00000093253 5431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Trim26-210ENSMUST00000179968 3203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Atp8a1-202ENSMUST00000072971 7154 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Hoxd10-201ENSMUST00000061745 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Tesmin-203ENSMUST00000142193 2279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Rab10os-202ENSMUST00000177896 2872 ntTSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Chfr-202ENSMUST00000112519 3159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.67□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Eya1-201ENSMUST00000027066 4347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Cap2-201ENSMUST00000021802 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Pltp-202ENSMUST00000109316 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Hoxc10-201ENSMUST00000001699 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Max-201ENSMUST00000082136 1926 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Reps2-201ENSMUST00000101102 7630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Dysf-205ENSMUST00000113823 6578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Srd5a1-202ENSMUST00000091514 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ibtk-201ENSMUST00000039213 5650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gab3-201ENSMUST00000037374 2153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Glis3-202ENSMUST00000112612 3016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Ptgir-201ENSMUST00000086101 2725 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Corin-201ENSMUST00000005352 4862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Asap1-218ENSMUST00000177374 4582 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Trav3d-3-201ENSMUST00000103599 276 ntAPPRIS P1 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Trav3n-3-201ENSMUST00000103625 276 ntAPPRIS P1 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Rasgrp2-207ENSMUST00000113475 573 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm6161-201ENSMUST00000121942 1102 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Hoxd8-203ENSMUST00000151380 557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Hnrnpa3-207ENSMUST00000164947 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm6254-201ENSMUST00000168178 1072 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm6153-201ENSMUST00000172004 1058 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm9242-201ENSMUST00000177820 1074 ntAPPRIS P1 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 A330069E16Rik-201ENSMUST00000181191 887 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Trav3-3-202ENSMUST00000183835 276 ntAPPRIS P1 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Lrcol1-202ENSMUST00000185691 764 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm31728-201ENSMUST00000192164 435 ntTSL 3 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gm5641-202ENSMUST00000198699 1080 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 CT030161.3-201ENSMUST00000218235 367 ntTSL 3 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Sftpa1-201ENSMUST00000022314 851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 CT573086.1-201ENSMUST00000227202 1074 ntBASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Rsph9-201ENSMUST00000024762 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Tada3-203ENSMUST00000099118 1282 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Slc35d1-203ENSMUST00000150285 4242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Gpd1l-202ENSMUST00000129305 2543 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Mb21d1-201ENSMUST00000034898 3231 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Mtmr2-201ENSMUST00000034396 3788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Pik3r1-202ENSMUST00000055518 7113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 C130050O18Rik-201ENSMUST00000052176 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Agrn-201ENSMUST00000071248 4831 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Alkbh4-201ENSMUST00000041100 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Tcf4-226ENSMUST00000201094 2172 ntTSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Etfrf1-205ENSMUST00000111724 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Brd3-202ENSMUST00000077737 5272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.38
Usp39Q3TIX9 Nrg1-210ENSMUST00000208488 2403 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.66□□□□□ -0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 46.3 ms