Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Ccser2-202ENSMUST00000090024 7509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Hnrnph1-203ENSMUST00000109142 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Fam131b-202ENSMUST00000095974 3992 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Larp4b-202ENSMUST00000188211 5610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm43796-201ENSMUST00000202853 2012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Zfp319-201ENSMUST00000057717 7232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Sema3f-204ENSMUST00000192727 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Bnc2-215ENSMUST00000176691 3385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dnaaf1-201ENSMUST00000093100 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 A430005L14Rik-202ENSMUST00000105645 977 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm26185-201ENSMUST00000157692 266 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 4930447A16Rik-201ENSMUST00000022897 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Tspan8-201ENSMUST00000035563 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Tmem86b-201ENSMUST00000055085 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Prss2-201ENSMUST00000070380 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Tmem40-201ENSMUST00000072933 1272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Nol9-201ENSMUST00000084116 3722 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Slc34a3-201ENSMUST00000006638 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Zfp82-201ENSMUST00000080834 2181 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 BC051019-201ENSMUST00000033334 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Pgghg-201ENSMUST00000079403 2981 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Spg7-202ENSMUST00000125975 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dclk2-206ENSMUST00000193632 2336 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 9030612E09Rik-201ENSMUST00000053792 1859 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Fam71f1-203ENSMUST00000164560 1411 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Hells-201ENSMUST00000025965 5868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Aoc2-202ENSMUST00000107264 2230 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Celf1-214ENSMUST00000177642 7806 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Ddo-203ENSMUST00000213503 1759 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Cplx4-201ENSMUST00000025397 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Stxbp1-202ENSMUST00000077458 3616 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm37795-201ENSMUST00000194216 2459 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dlx5-202ENSMUST00000142635 1324 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Mafk-201ENSMUST00000018287 2849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Mir17hg-201ENSMUST00000134140 3536 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Cenpo-201ENSMUST00000020981 2037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dhx57-201ENSMUST00000038166 4918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gal3st4-203ENSMUST00000161647 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Duoxa2-201ENSMUST00000028656 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Cbl-206ENSMUST00000206147 3452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm8706-201ENSMUST00000197372 1491 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Traf1-202ENSMUST00000113064 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Emc3-201ENSMUST00000032425 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Nptn-206ENSMUST00000176557 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Mir874-201ENSMUST00000104769 76 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Ube2m-208ENSMUST00000165394 1228 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 1700120C14Rik-202ENSMUST00000187967 391 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 1700113H08Rik-202ENSMUST00000189456 974 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 2900093K20Rik-201ENSMUST00000190930 567 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm43179-201ENSMUST00000198797 275 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Pym1-203ENSMUST00000218218 1143 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Hbb-bs-201ENSMUST00000023934 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 n-R5s77-201ENSMUST00000083757 119 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Rph3a-203ENSMUST00000202326 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm4780-202ENSMUST00000215200 2644 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Pcdhga12-201ENSMUST00000044851 5080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Umad1-204ENSMUST00000159433 2025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Zfyve27-207ENSMUST00000169536 5611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Slco3a1-203ENSMUST00000107453 3793 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Fnbp1-209ENSMUST00000113562 4515 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Tnks1bp1-201ENSMUST00000048400 4799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Sim2-201ENSMUST00000072182 3670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Sema4b-201ENSMUST00000032754 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Cd34-202ENSMUST00000110815 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Zfp583-201ENSMUST00000062765 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dlk1-204ENSMUST00000109843 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Stx4a-202ENSMUST00000121705 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Fam19a2-201ENSMUST00000050756 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dnajb4-204ENSMUST00000144950 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm37861-201ENSMUST00000193534 2869 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Pnck-203ENSMUST00000114473 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm26823-201ENSMUST00000181425 2361 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 H3f3b-202ENSMUST00000106454 2514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Smpd2-201ENSMUST00000019965 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Phldb1-214ENSMUST00000147495 5424 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Hsd17b6-201ENSMUST00000026462 1392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 B3gat1-206ENSMUST00000161431 3858 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Cybrd1-201ENSMUST00000028403 5339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Irak2-202ENSMUST00000089022 2974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Klhl32-204ENSMUST00000108218 7143 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 4930556M19Rik-201ENSMUST00000180604 2468 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm12329-201ENSMUST00000120829 1007 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm16479-201ENSMUST00000121706 932 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm12843-201ENSMUST00000137607 601 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Klk11-202ENSMUST00000171458 1260 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Prss54-202ENSMUST00000180075 1152 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Mir6420-201ENSMUST00000185032 102 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Ggt5-203ENSMUST00000189972 648 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm28693-202ENSMUST00000190758 331 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm42839-201ENSMUST00000198978 525 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm43755-201ENSMUST00000200001 408 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Gm32926-201ENSMUST00000214043 681 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 9230110C19Rik-202ENSMUST00000215478 533 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Tpd52l1-205ENSMUST00000215515 857 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Spc24-204ENSMUST00000216057 627 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 AC154171.1-201ENSMUST00000224610 643 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Slc11a2-201ENSMUST00000023774 3025 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Arnt-201ENSMUST00000015666 2603 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Zfp777-201ENSMUST00000095944 3184 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Traf1P39428 Uckl1-201ENSMUST00000057816 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.4 ms