Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Cd27-203ENSMUST00000112282 588 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm14208-201ENSMUST00000119645 678 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Hsbp1l1-201ENSMUST00000166219 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Adtrp-204ENSMUST00000179758 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm5523-201ENSMUST00000180415 997 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Lhx1-201ENSMUST00000018842 3846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 3830422I06Rik-201ENSMUST00000200199 1181 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm42067-201ENSMUST00000209642 647 ntTSL 2 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Mpzl2-205ENSMUST00000217097 1175 ntTSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 H2-Oa-201ENSMUST00000025192 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Nppc-201ENSMUST00000027449 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Psmb2-201ENSMUST00000030642 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Bcdin3d-201ENSMUST00000040313 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Rpl10a-ps2-201ENSMUST00000071184 642 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Ints3-202ENSMUST00000071488 4038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Ccdc151-201ENSMUST00000044926 2197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Ubc-202ENSMUST00000136312 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Paqr8-202ENSMUST00000167119 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Kdm8-201ENSMUST00000033010 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Nfasc-208ENSMUST00000188307 3049 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Igf1-203ENSMUST00000105300 1673 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm38157-201ENSMUST00000194178 1698 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Cers5-202ENSMUST00000109035 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Nsun7-203ENSMUST00000201100 2775 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Asb18-201ENSMUST00000086882 3862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Lmo7-201ENSMUST00000100337 6092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Nfyc-203ENSMUST00000118902 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Aatk-201ENSMUST00000064307 5336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Lrp10-201ENSMUST00000022782 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Map3k9-202ENSMUST00000222322 3303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm26850-201ENSMUST00000181653 2669 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Slc35c2-204ENSMUST00000109300 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Acap2-201ENSMUST00000058033 6493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Tmc8-202ENSMUST00000106334 2644 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 9130024F11Rik-202ENSMUST00000185204 2628 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Mpi-201ENSMUST00000034856 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 AC159649.2-201ENSMUST00000222984 3223 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Nbeal2-210ENSMUST00000167320 8803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Unc5d-204ENSMUST00000210785 3404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Ccnj-201ENSMUST00000025983 3819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm43399-201ENSMUST00000202546 2374 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Zfp568-203ENSMUST00000148442 4005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
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Usf1Q61069 Hsd3b6-202ENSMUST00000170847 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm10787-201ENSMUST00000099552 1548 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Cyp11a1-201ENSMUST00000034874 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm16244-201ENSMUST00000159313 2327 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Ankrd17-201ENSMUST00000014421 10458 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
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Usf1Q61069 Palm-201ENSMUST00000046945 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Zc3h4-201ENSMUST00000098789 6039 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 F3-201ENSMUST00000029771 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Xlr-202ENSMUST00000067782 1860 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
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Usf1Q61069 4930539M17Rik-201ENSMUST00000194792 846 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
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Usf1Q61069 Pbx2-203ENSMUST00000173328 1990 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Pank4-201ENSMUST00000030931 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Nmbr-201ENSMUST00000020015 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Sfta3-ps-201ENSMUST00000218376 2128 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Rlbp1-201ENSMUST00000053718 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
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Usf1Q61069 Tnpo2-201ENSMUST00000093360 4863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Fhad1-202ENSMUST00000105779 4263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Papd5-203ENSMUST00000119033 4624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Cdk2-202ENSMUST00000026416 2406 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Clcnka-201ENSMUST00000042617 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 4732471J01Rik-203ENSMUST00000206300 1887 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Iah1-204ENSMUST00000223345 1890 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Sapcd2-201ENSMUST00000028329 3121 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 4930423D22Rik-201ENSMUST00000221909 1674 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Atp2b3-202ENSMUST00000088429 4483 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm996-204ENSMUST00000191602 4812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Zfp82-201ENSMUST00000080834 2181 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Casc3-204ENSMUST00000169695 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm9083-201ENSMUST00000120423 819 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Rpsa-ps12-201ENSMUST00000120596 892 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Rpl19-ps12-201ENSMUST00000121251 591 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm11985-201ENSMUST00000122910 1007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm13388-201ENSMUST00000126659 425 ntTSL 3 BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Mitd1-205ENSMUST00000139725 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 4921514A10Rik-201ENSMUST00000181450 2114 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm44262-201ENSMUST00000204969 372 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Plin1-203ENSMUST00000205413 1294 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 4933436H12Rik-201ENSMUST00000207304 658 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Spata24-201ENSMUST00000025209 701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Usf1Q61069 Gm8385-201ENSMUST00000058999 643 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63 ms