Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm42902-201ENSMUST00000199508 662 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 AC159896.2-201ENSMUST00000214753 269 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 AC154319.1-201ENSMUST00000216330 312 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 AL589735.1-201ENSMUST00000224353 270 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Otud6a-201ENSMUST00000060241 873 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Hdgfl2-210ENSMUST00000225843 2238 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Vps35-201ENSMUST00000034131 3474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Spata21-201ENSMUST00000051907 2526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Fhl4-202ENSMUST00000216889 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Ralgapb-203ENSMUST00000109486 8383 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Chp1-201ENSMUST00000014221 2609 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Chrnd-202ENSMUST00000186373 2949 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Opa3-201ENSMUST00000063976 3366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm42853-201ENSMUST00000201273 1387 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Bach2os-201ENSMUST00000126225 1661 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Nob1-201ENSMUST00000003946 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Adamts3-204ENSMUST00000198151 1833 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm8108-202ENSMUST00000170207 1961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Tbx4-201ENSMUST00000000096 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Map3k20-201ENSMUST00000090824 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Ap2a1-201ENSMUST00000085399 3442 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Olfm1-202ENSMUST00000100244 2686 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Pou4f3-201ENSMUST00000025374 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm43061-201ENSMUST00000198850 2241 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Ccdc94-201ENSMUST00000086869 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 D930019O06Rik-201ENSMUST00000181841 3663 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Bhmt2-201ENSMUST00000015941 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Arfgap1-203ENSMUST00000108860 2326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Rasl10b-203ENSMUST00000164425 3481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Ablim1-202ENSMUST00000099294 6232 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 St13-205ENSMUST00000172107 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Rcsd1-202ENSMUST00000097474 5001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Noxa1-202ENSMUST00000114373 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Krt17-201ENSMUST00000080893 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Dhx58-201ENSMUST00000017974 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Ubxn4-201ENSMUST00000027592 4113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Tmprss11d-202ENSMUST00000122377 2256 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Ndufs5-202ENSMUST00000106206 599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Cacnb2-202ENSMUST00000114719 2117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Selenoh-203ENSMUST00000117299 747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm5940-201ENSMUST00000117582 1068 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm27206-201ENSMUST00000154038 979 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm16379-201ENSMUST00000161469 348 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Agtpbp1-213ENSMUST00000167096 508 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm8762-201ENSMUST00000193486 339 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm37008-201ENSMUST00000195712 319 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm42627-201ENSMUST00000197347 224 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm19710-201ENSMUST00000200257 640 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm29154-230ENSMUST00000215044 1165 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Gm7399-201ENSMUST00000032395 858 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Krtcap2-201ENSMUST00000040888 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Lim2-201ENSMUST00000004732 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Psmd2-201ENSMUST00000007212 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Angel2-203ENSMUST00000110899 3673 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Tmem30a-201ENSMUST00000034878 3658 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 L1td1-204ENSMUST00000173659 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Arfgap1-205ENSMUST00000108862 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
Traf1P39428 Phldb1-213ENSMUST00000144251 3589 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Adamts20-204ENSMUST00000155907 6886 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Slc25a15-201ENSMUST00000033871 3430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Kars-203ENSMUST00000164470 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Pnkp-201ENSMUST00000003044 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Pdss2-202ENSMUST00000159139 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Evl-203ENSMUST00000109854 1870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Pnkd-203ENSMUST00000087226 3054 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Nfatc1-202ENSMUST00000078049 4607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Ilvbl-208ENSMUST00000218875 3020 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Nde1-203ENSMUST00000117958 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dnmt3l-208ENSMUST00000151242 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Rps8-201ENSMUST00000102696 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 1700049J03Rik-201ENSMUST00000011196 421 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Emd-204ENSMUST00000119197 768 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Cdkn1a-202ENSMUST00000119901 748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Dgcr6-203ENSMUST00000143343 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Plekhd1os-201ENSMUST00000153297 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Smim17-203ENSMUST00000161855 664 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm16315-201ENSMUST00000163009 783 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Asgr1-201ENSMUST00000018699 1259 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Hax1-207ENSMUST00000198782 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Msra-205ENSMUST00000210428 1180 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm45880-201ENSMUST00000213041 853 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Comt-201ENSMUST00000000335 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Rpl36-201ENSMUST00000080492 404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Ccdc33-202ENSMUST00000098681 1093 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Tmem169-201ENSMUST00000027380 2928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Mpi-201ENSMUST00000034856 1780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Ahcyl2-201ENSMUST00000064872 2019 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 1810058I24Rik-203ENSMUST00000152147 2521 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Klhl18-203ENSMUST00000198164 4538 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Tcf12-202ENSMUST00000183404 6299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Cpped1-203ENSMUST00000121750 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Mip-201ENSMUST00000026455 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Ctbs-202ENSMUST00000061937 2892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Ccnc-204ENSMUST00000120679 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Tcirg1-201ENSMUST00000001801 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Gm8994-202ENSMUST00000204530 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Nol10-201ENSMUST00000046011 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Art3-204ENSMUST00000119587 1310 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Cplx2-201ENSMUST00000026985 4928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Traf1P39428 Acsl6-201ENSMUST00000000145 2297 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 51.2 ms