Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Cacna1g-208ENSMUST00000107790 8035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Ddah1-201ENSMUST00000029845 3764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Olfr648-202ENSMUST00000216612 2929 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Cercam-201ENSMUST00000047521 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Sept10-201ENSMUST00000165971 2532 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Gsdmcl2-203ENSMUST00000185431 1911 ntBASIC13.9□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Limch1-204ENSMUST00000118242 5050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Gm16845-201ENSMUST00000180419 1415 ntTSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Aifm2-203ENSMUST00000099706 3086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Prex1-203ENSMUST00000109246 2386 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Ccdc126-202ENSMUST00000114491 2372 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Zscan20-202ENSMUST00000097877 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Crat-201ENSMUST00000028207 3833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Fbxl12-201ENSMUST00000086458 2056 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Fbxl12-202ENSMUST00000086459 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Dnpep-209ENSMUST00000187836 1862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Draxin-201ENSMUST00000030862 5200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Map3k8-201ENSMUST00000025078 2507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Fbf1-201ENSMUST00000103031 5252 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Foxp1-205ENSMUST00000113324 2121 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Foxp1-207ENSMUST00000113328 2121 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Speg-202ENSMUST00000113587 1254 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 4933405L10Rik-201ENSMUST00000013302 1214 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Snu13-203ENSMUST00000166578 1061 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Foxp1-228ENSMUST00000177307 2121 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 1810008I18Rik-202ENSMUST00000187848 819 ntTSL 3 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm17790-201ENSMUST00000191545 1228 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm43452-201ENSMUST00000201873 991 ntBASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Dcdc2c-201ENSMUST00000020963 1041 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm30934-201ENSMUST00000215803 815 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Ly96-201ENSMUST00000026881 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Lce1a2-201ENSMUST00000029530 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Slc25a40-201ENSMUST00000066921 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Prkcd-203ENSMUST00000112203 1927 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm45332-201ENSMUST00000210508 1949 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Cd163l1-204ENSMUST00000209637 3210 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Pianp-206ENSMUST00000162000 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tbc1d2-201ENSMUST00000084621 4315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Irs4-201ENSMUST00000067841 6294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Hipk3-201ENSMUST00000028600 7454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tkfc-201ENSMUST00000037678 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Armcx2-201ENSMUST00000035559 3384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Ptdss2-201ENSMUST00000026568 3624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Ylpm1-202ENSMUST00000101202 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Lmnb2-201ENSMUST00000057623 3531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Mmp21-201ENSMUST00000033278 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Sidt1-205ENSMUST00000136381 4404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tfe3-205ENSMUST00000115678 2658 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Csrnp2-201ENSMUST00000061457 4126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tufm-201ENSMUST00000098048 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Mroh5-202ENSMUST00000110021 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Cdkl2-203ENSMUST00000113140 2559 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Alppl2-202ENSMUST00000188310 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Spata33-202ENSMUST00000212161 2941 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Eif4enif1-202ENSMUST00000110048 3712 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Slc6a4-201ENSMUST00000021195 2725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Shisa9-202ENSMUST00000170672 3421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Wdfy1-204ENSMUST00000113512 4551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Wdfy1-205ENSMUST00000113513 4551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Wdfy1-206ENSMUST00000113514 4551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Wdfy1-207ENSMUST00000113515 4551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Per1-206ENSMUST00000166748 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Bad-203ENSMUST00000113426 740 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm13597-201ENSMUST00000121239 375 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm15173-201ENSMUST00000122049 433 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tmem141-205ENSMUST00000142087 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Mcub-204ENSMUST00000153506 1005 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm12718-202ENSMUST00000156144 660 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm6649-201ENSMUST00000199743 1165 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm43084-201ENSMUST00000200696 947 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tpt1-ps4-201ENSMUST00000210908 503 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Pym1-203ENSMUST00000218218 1143 ntTSL 3 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 AC154616.1-201ENSMUST00000226995 804 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Olfr30-201ENSMUST00000055204 1066 ntAPPRIS P1 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm6756-201ENSMUST00000180647 1620 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tnip1-204ENSMUST00000108885 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Kif13a-201ENSMUST00000056978 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Xlr-202ENSMUST00000067782 1860 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gtf2i-201ENSMUST00000059042 4455 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Mgat1-203ENSMUST00000109194 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Thoc5-202ENSMUST00000101615 2116 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm43868-201ENSMUST00000205187 2114 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Prodh-205ENSMUST00000136776 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Zfp148-202ENSMUST00000165418 9431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Zfand4-202ENSMUST00000112900 3220 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Mael-202ENSMUST00000194057 1691 ntTSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Acad12-202ENSMUST00000111776 2269 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Catsper3-202ENSMUST00000109898 1311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Cog7-203ENSMUST00000205438 3355 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Tepsin-202ENSMUST00000093901 2770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Egr1-202ENSMUST00000165033 3036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Lin28a-201ENSMUST00000051674 3505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Pxn-202ENSMUST00000086523 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Adam33-202ENSMUST00000110232 3165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Ppp1r18-205ENSMUST00000187690 3185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Sstr5-202ENSMUST00000165183 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Psmd11-201ENSMUST00000017572 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Gm2670-201ENSMUST00000180668 2804 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
Rnf40Q3U319 Larp4-202ENSMUST00000100206 6523 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.7 ms