Protein–RNA interactions for Protein: P35123

Usp4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, mousemouse

Predictions only

Length 962 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usp4P35123 Gm34030-202ENSMUST00000211434 1126 ntTSL 5 BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 AC135669.1-201ENSMUST00000213585 412 ntBASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm33337-201ENSMUST00000219594 228 ntTSL 3 BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Acbd5-208ENSMUST00000226571 3802 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Lamtor1-201ENSMUST00000033131 1119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gstp2-201ENSMUST00000042700 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Cited1-201ENSMUST00000050551 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Fbln1-201ENSMUST00000057410 3659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm17435-202ENSMUST00000212699 1998 ntBASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Usp16-202ENSMUST00000119504 2562 ntTSL 5 BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Cenpt-201ENSMUST00000040776 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gpd1l-202ENSMUST00000129305 2543 ntTSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Tfe3-206ENSMUST00000115679 3239 ntTSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Ankrd61-203ENSMUST00000110718 1774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Alox12e-201ENSMUST00000019051 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Tex19.1-201ENSMUST00000039088 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm20554-201ENSMUST00000177421 2352 ntBASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Olfr160-203ENSMUST00000215727 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Tmem201-202ENSMUST00000103208 3620 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Specc1-202ENSMUST00000092415 6797 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.01□□□□□ -0.17
Usp4P35123 B3galt4-201ENSMUST00000087543 1569 ntAPPRIS P1 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm26577-201ENSMUST00000180680 2184 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Nap1l1-208ENSMUST00000219961 1512 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Otx2-201ENSMUST00000118578 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Nr4a3-201ENSMUST00000030025 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Lrrc8e-201ENSMUST00000053035 3878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Olfr667-202ENSMUST00000217177 2695 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Zeb2-211ENSMUST00000153561 2070 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm3365-201ENSMUST00000216296 1480 ntBASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Dhx57-201ENSMUST00000038166 4918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Grip1-202ENSMUST00000077871 3720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gale-202ENSMUST00000102541 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Kcnk2-202ENSMUST00000110920 3572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Dnpep-209ENSMUST00000187836 1862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Qrfp-201ENSMUST00000057407 2927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Fis1-203ENSMUST00000111097 601 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gfpt1-202ENSMUST00000113655 1255 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 D11Bhm181e-201ENSMUST00000122252 282 ntBASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Iqcf1-202ENSMUST00000164965 523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Cpsf4l-205ENSMUST00000173655 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Fis1-201ENSMUST00000019198 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Fmc1-201ENSMUST00000019833 479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm44855-201ENSMUST00000205725 362 ntBASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm45785-201ENSMUST00000209690 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Bet1l-209ENSMUST00000211624 769 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Pym1-203ENSMUST00000218218 1143 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Mrpl27-201ENSMUST00000025278 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Ndufc2-201ENSMUST00000032882 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Mt1-201ENSMUST00000034215 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Aspdh-201ENSMUST00000035929 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Cav3-201ENSMUST00000075477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Tmem107-202ENSMUST00000094081 1263 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Dpp6-204ENSMUST00000122171 4720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Dnm2-206ENSMUST00000172482 2613 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Pja1-201ENSMUST00000036354 2563 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Asl-202ENSMUST00000159619 2088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gypc-202ENSMUST00000174000 2072 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Lrpprc-201ENSMUST00000112308 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Frmpd4-204ENSMUST00000112149 8456 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Slc29a1-209ENSMUST00000166119 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Slc6a18-208ENSMUST00000222029 2005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
Usp4P35123 4930458D05Rik-201ENSMUST00000142871 3055 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Ube2k-210ENSMUST00000202679 4682 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Fgfr1-201ENSMUST00000084027 5025 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Tbc1d4-209ENSMUST00000161991 6483 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 2410002F23Rik-206ENSMUST00000107950 3336 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Rbl1-201ENSMUST00000029170 4862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Pdgfra-205ENSMUST00000201711 4088 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Cacna2d1-205ENSMUST00000167946 7436 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Syt7-204ENSMUST00000223586 1344 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm10044-201ENSMUST00000081331 1312 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Exoc6b-203ENSMUST00000160197 5439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Rbm14-201ENSMUST00000006625 3165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Hnrnpdl-202ENSMUST00000128187 2752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm38385-201ENSMUST00000194454 2351 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Sntb1-201ENSMUST00000039769 4919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Hist1h2ae-201ENSMUST00000102969 704 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Rpl36al-203ENSMUST00000110620 757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm5566-201ENSMUST00000116118 459 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm15487-201ENSMUST00000122373 465 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
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Usp4P35123 Tmem109-207ENSMUST00000147699 1096 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm17344-202ENSMUST00000173980 621 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Smim22-206ENSMUST00000184256 381 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Dap-204ENSMUST00000186425 597 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm35549-203ENSMUST00000204619 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Pim2-204ENSMUST00000223553 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Ramp3-201ENSMUST00000045374 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Hist1h2ah-201ENSMUST00000091742 405 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Slc25a42-201ENSMUST00000063788 3081 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Afap1l1-201ENSMUST00000120472 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Herpud1-205ENSMUST00000161576 1952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Gm2762-202ENSMUST00000201517 2339 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Ebna1bp2-201ENSMUST00000030501 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Cyfip1-201ENSMUST00000032629 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Tor1aip2-207ENSMUST00000128941 2925 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Zbtb2-202ENSMUST00000100078 3226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Cd81-201ENSMUST00000037941 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Fgfr3-215ENSMUST00000202138 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Usp4P35123 Mos-201ENSMUST00000105158 1449 ntAPPRIS P1 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.9 ms