Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Dnmbp-202ENSMUST00000212032 5074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Olfr157-202ENSMUST00000215442 1766 ntAPPRIS P1 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Cnbd2-202ENSMUST00000073942 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Bace1-201ENSMUST00000034591 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Rgs6-222ENSMUST00000202210 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm44863-201ENSMUST00000207613 1422 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm38157-201ENSMUST00000194178 1698 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gstm7-201ENSMUST00000004137 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Agt-201ENSMUST00000063278 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Mapt-204ENSMUST00000106992 5253 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Vps4b-202ENSMUST00000112736 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Zeb2-211ENSMUST00000153561 2070 ntTSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm5989-201ENSMUST00000096092 2077 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Fancc-218ENSMUST00000220684 2006 ntTSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Sh3bp5l-201ENSMUST00000073128 2977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Mettl1-201ENSMUST00000006915 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Pnck-201ENSMUST00000002087 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Edc3-201ENSMUST00000043990 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Psmd8-207ENSMUST00000209034 1983 ntTSL 2 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm3476-201ENSMUST00000112742 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm22709-201ENSMUST00000116893 111 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm16198-201ENSMUST00000118766 670 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Hist1h3h-201ENSMUST00000188775 411 ntAPPRIS P1 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Hist1h3i-201ENSMUST00000189457 411 ntAPPRIS P1 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Krt10-202ENSMUST00000211768 557 ntTSL 3 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm19540-201ENSMUST00000221843 810 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 AC154252.1-201ENSMUST00000226041 473 ntBASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Oosp3-201ENSMUST00000069760 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Qrich2-201ENSMUST00000093909 2156 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Uhrf1bp1-201ENSMUST00000114849 8584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Itga3-203ENSMUST00000120375 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Corin-201ENSMUST00000005352 4862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gcdh-202ENSMUST00000109745 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Nckipsd-201ENSMUST00000035218 3360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Sp3-202ENSMUST00000102689 4181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gpatch4-203ENSMUST00000193398 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Arfgap1-214ENSMUST00000185115 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Ankrd61-203ENSMUST00000110718 1774 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 5330426L24Rik-201ENSMUST00000200008 2175 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Bcl2l1-202ENSMUST00000109820 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Sncaip-209ENSMUST00000179625 2568 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Lipe-208ENSMUST00000206861 3171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Faap100-201ENSMUST00000026448 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Rcan2-202ENSMUST00000044895 3363 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm5069-201ENSMUST00000050581 1328 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 L1td1-204ENSMUST00000173659 2547 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Ibtk-201ENSMUST00000039213 5650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Mcph1-201ENSMUST00000039412 4662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Sorcs1-206ENSMUST00000209783 3489 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Mafk-202ENSMUST00000110836 3097 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Abcg8-203ENSMUST00000171915 2284 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Krt36-201ENSMUST00000107416 1671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Rcsd1-202ENSMUST00000097474 5001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Ero1lb-201ENSMUST00000071973 4239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Il11ra2-201ENSMUST00000108006 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Dlk1-203ENSMUST00000109842 1129 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm14659-201ENSMUST00000117667 843 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Tmem262-201ENSMUST00000143303 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm21739-202ENSMUST00000188917 933 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gm43049-202ENSMUST00000198942 559 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Gzmm-201ENSMUST00000020549 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 6430710M23Rik-201ENSMUST00000210843 1191 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Jakmip1-215ENSMUST00000212047 1191 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 4930555F03Rik-201ENSMUST00000033963 717 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Ifi27l2b-201ENSMUST00000044687 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 1700120B22Rik-201ENSMUST00000054837 464 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Cdkn2d-201ENSMUST00000086374 1264 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Plpbp-201ENSMUST00000033875 3603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Misp-201ENSMUST00000046833 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Paf1-201ENSMUST00000003529 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Sgip1-201ENSMUST00000066824 4305 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Epb41l2-207ENSMUST00000218903 4115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Asxl1-205ENSMUST00000227428 6981 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
Rnf40Q3U319 Cyb5rl-201ENSMUST00000030364 2360 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 4921504A21Rik-201ENSMUST00000180594 2156 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Tmem201-203ENSMUST00000105687 3697 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Ip6k1-201ENSMUST00000035214 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Capn9-201ENSMUST00000093033 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Lpar1-205ENSMUST00000107575 3421 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Rpe-201ENSMUST00000027157 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Pcnx2-204ENSMUST00000131127 3782 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 S1pr1-201ENSMUST00000055676 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Atat1-201ENSMUST00000056034 1930 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Rab39-201ENSMUST00000068449 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Drc3-202ENSMUST00000094140 2438 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Sppl2a-201ENSMUST00000028844 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Rbm47-204ENSMUST00000113726 4703 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Dpysl5-202ENSMUST00000101442 1309 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Zfp536-203ENSMUST00000176114 4341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Klhdc4-210ENSMUST00000174717 1662 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Myh7-204ENSMUST00000168485 6230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Alx4-202ENSMUST00000111254 7056 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Pdxdc1-204ENSMUST00000115804 2880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Cdc7-203ENSMUST00000117196 2864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Gm1661-203ENSMUST00000165128 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Gm43908-201ENSMUST00000205074 1472 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 CT025626.1-201ENSMUST00000223735 1455 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Rnf182-201ENSMUST00000059986 3544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Phactr3-205ENSMUST00000108917 4858 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
Rnf40Q3U319 Cdc37l1-207ENSMUST00000225210 4163 ntAPPRIS ALT2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 65.7 ms